טרם הפשיטה על שיפא, ראש מנהלת התיאום והקישור לעזה קיים שיחת אזהרה עם מנכ"ל משרד הבריאות ברצועה, והזהיר אותו - כך מסר לפנות בוקר (שני) דובר צה"ל. "אנחנו רואים שארגון הטרור חמאס ממשיך את הפעילות הצבאית שלו בתוך בתי החולים", טען ראש מנהלת הקישור, "אנחנו מוכנים לספק כל סיוע המוניטרי שיידרש. הבקשה שלנו היא פשוטה, הפסקה מיידית של כל פעילות הטרור בבתי החולים".