בחורף של ינואר 1988 נרטבו חיילי צה"ל בשלוליות עזה והגדה המערבית במרדפים אחר מיידי אבנים. הפיקוד עדיין לא ידע כיצד לעכל את ההתקוממות העממית בשטחים, שלימים תקרא "האינתיפאדה הראשונה". גם בגבול הצפוני לא היה שקט, שם נהרג צנחן בהתקלות עם מחבלים. השב"כ עצר את שבתאי קלמנוביץ' בחשד לריגול וראש הממשלה משה שמיר ושר החוץ שלו, שמעון פרס, לא הפסיקו להתקוטט.
אזרחי ישראל ייחלו לקצת שקט ויציבות, אולם לקראת סוף אותו החודש התאכזבו לגלות כי גם מערכת המשפט רועדת. כותרות העיתונים גילו כי שלושה שופטים יועמדו לדין ואחרים ייחקרו. הפרסומים נגעו למה שכונה אז "פרשת השופטים". שלושה שופטים בתל אביב - שניים מבית המשפט לתעבורה ואחד בבית משפט השלום, נחשדו בעבירות של הפרת אמונים. בנוסף לכך, גם מזכיר בית המשפט לתעבורה שבעיר נחקר בחשד לשוחד.
לקריאה נוספת בנושא
פערי גרסאות והיעדר ראיות: נסגר התיק בפרשת השופטת גרסטל
"תיראי מופתעת": המסרונים של השופטת רונית פוזננסקי-כץ והחוקר
לאחר ניכוי שליש: השופט בדימוס דן כהן שהורשע בשוחד ישוחרר ממאסר
זמן קצר לאחר מכן, אישה מאשקלון העוסקת בזנות התלוננה כי קיימה כמה מפגשים עם שופט וטענה כי היו ביניהם יחסי מין. הסיפור נחקר והמשטרה סגרה את התיק מחוסר אשמה.
בעוד שחקירת השופט מהדרום נסגרה ללא אשמה פלילית, הרי שבתל אביב העניינים הסתבכו. התברר כי מערכת היחסים בבית המשפט לתעבורה בין השופטים לבין הנאשמים ועורכי דינם, התנהלה יותר מדי פעמים באזורים אפורים. מזכיר בית המשפט הואשם כי נהג לקבל כסף, שירותי מוסך, בשר בהנחה וירקות ופירות בחינם. בין הטובין שקיבל היו גם כרטיסים בחינם למשחקי קבוצת הכדורסל מכבי תל אביב. את הכרטיסים השאיר במזכירות בית המשפט עורך הדין שמעון מזרחי.
במהלך החקירה, עלו חשדות נגד שופט אחר שהזהיר את המזכיר מפני החקירה המתנהלת נגדו וכן עלה חשד כי דאג שיבוטל כתב אישום שקיבל על נהיגה ללא רישיון רכב.עוד עלה כי שופט נוסף קיבל כמה פעמים כרטיסי חינם למשחקים של מכבי תל אביב. שני שופטים עמדו לדין משמעתי והועברו מתפקידם למרות שכבר הודיעו לפני כן כי בכוונתם לפרוש מתפקידם.
למרות הכותרות המפוצצות, שופטי התעבורה לא הועמדו לבסוף לדין פלילי, אלא בפני בית דין משמעתי לשופטים. נקבע כי מתן הכרטיסים מידי עורך הדין שמופיע לעתים בבית המשפט "אינה חס ושלום משום לקיחת שלמונים, אך יש כאן משום פגיעה בשלמותה ובשלומה של המערכת השיפוטית".
על שופט אחר שהקל בעונש של שופט חבר וביטל פסקי דין, ללא נוכחות התובעת, למרות שכתב כי נכחה בדיונים, נקבע כי מדובר היה ב"התנהגות שפוגעת מאוד בדמותו של בית המשפט ובתדמיתה של המערכת השיפוטית", כתבו שופטי בית הדין. שופט תעבורה נוסף שהואשם בשוחד, בטענה שקיבל 300 דולר מאדם אחד וכמה קילוגרמים דגים מאדם אחר, זוכה לחלוטין.
כמה שנים קודם לכן, ב-1981, הועמד לדין משמעתי השופט דן כהן, בעקבות אמירה שהשמיע במהלך דיון. נטען כי אמר: "שופטי בית המשפט העליון יכולים לנשק לי את התחת". השופט נחשב להבטחה והיה השופט הצעיר בישראל שהתמנה לבית משפט מחוזי. הוא היה רק בן 36. לאחר שהוחלט להעבירו מבית המשפט המחוזי בבאר שבע לבית המשפט המחוזי בנצרת, פרש מתפקידו. לימים מונה לבכיר בדירקטוריון חברת חשמל ובתפקיד זה הורשע באחת מפרשיות השוחד הגדולות שהיו בישראל.
באותה תקופה עלו טענות דומות לאלו שעולות היום, על מערכת לחצים כוחנית בהליך בחירת השופטים. העיתונאי והסופר יגאל לב כתב בפברואר 1990 במדור שפרסם בסופי שבוע בעיתון "מעריב", כי "אחד הסיפורים המתגלגלים בלשכות השופטים עוסק בנציג לשכת עורכי הדין בוועדה למינוי שופטים שנכנס בוקר אחד ללשכתו של שופט השלום הצעיר יצחק רביבי. הפרקליט ניסה לכרוך את מעמדו כמקדם שופטים עם התיק שיתברר בפני השופט".
עוד נכתב במדור כי "רביבי פתח את הדלת וסילק אותו בתקיפות. הבאתי סיפור חריג זה כעיטור לפרשה אחרת. יו"ר לשכת עורכי הדין, יעקב רובין, מאיים בהתפטרות שני נציגי לשכת עורכי הדין בוועדה למינוי שופטים. הללו לא הצליחו להעביר מינויים של עורכי דין פרטיים לשופטים מחוזיים והרוב בוועדה העדיפו לקדם על פניהם שופטי שלום. אני מציע לקבל האיום ברוח טובה. שרים, ח"כים וחברי לשכה בוועדה למינוי שופטים יודעים, כי מותר לאיים, אך אסור להוציא את האיום לפועל כי לעולם אין לאבד עמדת כוח".
גם שנות ה-2000 סיפקו לא מעט פרשיות במערכת בתי המשפט. בשנת 2006 הודחה השופטת הילה כהן שפיברקה פרוטוקולים לשני ימי דיונים שכלל לא נערכו.
השופט הבכיר ביותר שהסתבך בעבירה פלילית היה השופט יצחק כהן, שכבר הגיע עד לתפקיד נשיא בית המשפט בנצרת, והורשע בהטרדה מינית. לפי כתב האישום, במהלך כהונתו כסגן נשיא בית המשפט המחוזי בנצרת, הושיב כהן על ברכיו עובדת שנכנסה ללשכתו ומסרה לו מסמך. לאחר מכן נגע בגבה מתחת לחולצתה. במבוכתה, החלה המתלוננת לספר לו על חתונתה הקרבה, ולאחר זמן מה קמה. בתגובה קם כהן וחיבק אותה.
באפריל האחרון התפוצצה "פרשת המסרונים", בה נחשפה תכתובת מסרונים של שופטת המעצרים בבית משפט השלום בתל אביב, רונית פוזננסקי-כץ, עם עו"ד ערן שחם שביט מרשות ניירות ערך, שטיפל בהליכי המעצר בתיק 4000 (פרשת בזק). בית הדין המשמעתי החליט להדיחה מתפקידה, לאחר שערערה על העונש החליט בג"ץ כי לא היה צריך להדיחה.
