משטרת בוסטון הודיעה לפנות בוקר כי החשוד בביצוע הפיגוע במרתון בוסטון, ג'וחאר צ'רנייב בן ה-19, נלכד על ידי כוחות המשטרה כשהתחבא בסירה בעיירה ווטרטאון שבאזור בוסטון, כך דיווחה לפנות בוקר (שבת) רשת CNN. צ'רנייב נמלט אמש מכוחות המשטרה לאחר שאחיו טמרלן, החשוד עמו בביצוע הפיגוע, נורה למוות במהלך המרדף אחריהם. צ'רנייב הובהל לבית החולים "בית ישראל" בבוסטון והוא מטופל כשמצבו חמור. ככל הנראה הוא היה פצוע כבר מתקרית הירי אתמול. המשטרה סיפרה שנמצא כשהוא מכוסה בדם, והבולשת תעדכן על מצבו בהמשך.
תושבי בוסטון לא הסתירו את התרגשותם מלכידתו של המחבל השני בפיגוע שהסעיר את המטרופולין, וגזר עליהם עוצר. הם יצאו לרחובות עם היוודע דבר לכידתו של צ'רנייב, והניפו דגלי ארצות הברית לעיני אנשי כוחות הביטחון והמשטרה, בכל פעם שאלה חלפו על פניהם. זאת ועוד, המונים שחגגו ברחובות צעקו "U-S-A! U-S-A!", ושרו את ההמנון.
מקום מסתורו של ג'וחאר צ'רנייב התגלה לאחר שהמשטרה קיבלה מידע מתושב ווטרטאון אשר זיהה כתמי דם בחצר ביתו בקרבת הסירה בה התחבא החשוד הצ'צ'ני.
נשיא ארצות הברית, ברק אובמה, קיים הלילה מסיבת עיתונאים עקב לכידתו צ'רנייב ובירך את תושבי בוסטון על "עמידתם האיתנה", בתקופת שלאחר הפיגוע במרתון ובמהלך המצוד אחר החשודים. כמו כן, בירך אובמה את כוחות הביטחון אשר פעלו בנחישות ובמהירות לאיתורו ולכידתו של החשוד הנמלט. הנשיא האמריקאי אמר כי הוא ממליץ "לא לקפוץ למסקנות" באשר למניעיהם של האחים צ'רנייב בביצוע הפיגוע, וכי עניין זה ייחקר וייבחן בקפידה על ידי רשויות החוק.
הפרבר השקט ווטרטאון היה תחת מצור ביממה האחרונה, במסגרת החיפושים אחר ג'וחאר צ'רנייב. שוטרים מקומיים עברו מדלת לדלת, התושבים התבקשו להסתגר בבתיהם והתחבורה הציבורית הופסקה. ארצות הברית עוקבת ביממה האחרונה אחרי המצוד אחר האחים ג'וחאר וטמרלן, שהדהימו את משפחתם וחבריהם לאחר שזוהו בתור המחבלים האחראים למותם של שלושה בני אדם במרתון ושל שוטר נוסף באוניברסיטת MIT.
יריות במצוד בווטרטאון:
זמן קצר טרם הדיווחים אודות איתורו האפשרי של ג'וחאר צ'רנייב, הודיע מושל מסצ'וסטס, דוואל פטריק, כי הוחלט להסיר את העוצר שהוטל על תושבי אזור בוסטון על אף שצ'רנייב טרם אותר, נכון לשעת הודעתו של פטריק. פטריק סיפר כי החיפושים אחר החשוד נמשכים, וכי על התושבים להישאר ערניים ולדווח למשטרה במידה והם מזהים את החשוד. אחד מתושבי העיירה ווטרטאון, כאמור דיווח למשטרה על החשוד בחצר ביתו.
ג'וחאר, המוכר היום בתור "חשוד מספר 2", חי בשנה האחרונה בקיימברידג', מסצ'וסטס. ג'וחאר ואחיו בן ה-26, טמרלן, שנהרג בקרב יריות בשישי, הגיעו לארצות הברית מקירגיסטן בשנת 2002 או 2003. רשת סי.אן.אן דיווחה כי באופן מצמרר, ג'וחאר קיבל אזרחות אמריקנית ב-11/9/12, יום השנה ה-11 לאסון התאומים. אחיו, לעומת זאת, החזיק רק באשרת שהייה זמנית. לדברי מורה של אחד האחים, משפחתם חיה זמן קצר בדגסטן עד שעברה לארצות הברית. דובר מטעם מנהיג צ'צ'ניה אמר לסוכנות הידיעות הרוסית אינטרפלקס כי המשפחה חיה בקזחסטן ו"עברה למחוז אחר לפני שנים רבות".
שלשום פרסמו אנשי הבולשת תמונות של שני החשודים כפי שנצפו בסרטוני וידאו מאירוע המרתון. ריצ'רד דולורייה, סוכן הבולשת שהופקד על הפרשה הזהיר: "החשודים ככל הנראה חמושים ומסוכנים מאוד. אסור ליצור עמם קשר. אם אתם יודעים משהו על זהותם, צרו קשר עם המשטרה. איתור החשודים הוא בעדיפות ראשונה".
זמן קצר לאחר מכן, השניים ירו למוות בשוטר שאיתו התעמתו לאחר ששדדו באיומי אקדח חנות של רשת מכולות פופולרית, עצרו כלי רכב שחלף ברחוב וחטפו את הרכב. שוטרים שהוזעקו לאוניברסיטה בעקבות הירי ביצעו מספר מעצרים במקום, אולם לא של החשודים עצמם. השניים נמלטו מקמפוס האוניברסיטה לעיירה סמוכה - ווטרטאון - כ-12 קילומטרים מהקמפוס בקיימברידג'. המשטרה פתחה במצוד נרחב אחרי שני החשודים - שבאותה הנקודה עדיין לא היה ברור האם הם קשורים לפיגוע במרתון. על פי אחד הדיווחים, במהלך מנוסתם, השליכו החשודים מטעני-נפץ ממכוניתם.
כוחות משטרה רבים שהוזרמו לווטרטאון, על פי אחד הדיווחים כ-900 אנשי רשויות אכיפת החוק, הצליחו לאתר את החשודים לאחר שאחד החשודים נקלט במצלמות האבטחה של החנות שנשדדה. במהלך קרב היריות שמתפתח נהרג אחד החשודים, ונפצע שוטר תנועה שהיה באזור. המשטרה פתחה במצוד נרחב אחרי החשוד שנמלט והודיעה לכל אנשי העיירה: אל תצאו מהבתים, ואל תפתחו דלתות אלא לשוטרים.
