המבוקרים בפרשת הרפז קיבלו לפני זמן קצר (חמישי) מעטפה סגורה ובה טיוטת דו"ח מבקר המדינה. את הטיוטה, שאורכה כ-276 עמודים, קיבלו מבוקרי הפרשה הרמטכ"ל לשעבר רב-אלוף (במיל') גבי אשכנזי, עוזרו אלוף-משנה ארז וינר, סגן-אלוף (במיל') בועז הרפז, שר הביטחון אהוד ברק וראש מטה שר הביטחון יוני קורן באמצעות שליחי דואר לאחר חודשים ארוכים של חקירה.
"מעיון ראשוני בטיוטת דו"ח מבקר המדינה, עולה בבירור שרא"ל במיל' אשכנזי וסביבתו לא היו מעורבים בכתיבת המסמך, זיופו או הדלפתו" - נמסר זמן קצר לאחר קבלת המסמך מטעם הרמטכ"ל לשעבר, גבי אשכנזי. "ברור כי רא"ל במיל' אשכנזי לא ביקש מעולם הארכת כהונתו לשנה חמישית כרמטכ"ל, ובעיקר כי אין שום יסוד לטענת הפוטש או לטענה בדבר התערבות בהליך מינוי הרמטכ"ל".
מלשכתו של ברק נמסר: "שר הביטחון מביע סיפוק מהממצאים העולים מטיוטת דו"ח הרפז שהופצה הערב וזאת מבלי להיכנס לתכנים בטיוטה. שר הביטחון ברק, ציין את הערכתו לעבודה היסודית של מבקר המדינה וצוותו".
בסביבת שר הביטחון ברק מעריכים כי חומר החקירה הרב שהועבר למבוקרים, על פי הנחיית בג"ץ, לא הוביל לתפנית בביקורת החריפה של המבקר עד כה על התנהלותם של וינר ואשכנזי. בטיוטת הדו"ח שפורסמה בחודש מרץ בהרחבה בכלי התקשורת, מייחס המבקר לשעבר, מיכה לינדנשטראוס, ללשכת אשכנזי את הפעלת בועז הרפז ואיסוף חומרים שליליים נגד שר הביטחון ואנשיו. כמו כן, מיקד המבקר את הפעלת בועז הרפז לארז וינר ולכן ניתן להניח שמרבית הביקורת תתנקז אליו.
לגבי הרמטכ"ל לשעבר, אשכנזי הוא זה שהכיר בין בועז הרפז לארז וינר והנחה את הרפז לדבר עם האחרון, אך לא ברור האם אשכנזי לוקח אחריות לגבי הפעולות שנעשו לאחר מכן בין וינר להרפז במהלכן, טען המבקר בטיוטת הדו"ח הראשונה, נאסף חומר שלילי. בסביבת אשכנזי מצפים שאנשי המבקר ינהגו כלפיו בהגינות ויחקרו את כל הצדדים באותה מידה ובאותו היקף ולא ישאירו שאלות פתוחות כמו היעלמות התקליטור שהקליט שיחות בלשכת ברק או טענות לכאורה לאיסוף חומר עליו מצד אנשי ברק.
המבקר יידרש להכריע בשאלה הקריטית על מידת האחריות לאיסוף החומרים השליליים ועל חלקו של אשכנזי אם בכלל במלאכה. אנשי אשכנזי מתעקשים כי לא השאיר מבחינתו שום שאלה באוויר והשיב על כל השאלות שנשאל, הוא לא ביקש מעולם חיסיון למרות שביקש חומרים מהחקירה ולא קיבל את כולם ולשמחתו הרבה מרבית הטענות כלפיו שהועלו בפרשה הופרכו. עננה כבדה עדיין מרחפת מעל ראשו שעלולה לפגוע, ולו זמנית, בהתמודדות עתידית תיאורטית בפוליטיקה ועל מקום בהנהגת המדינה.
לווינר, שהפך מדמות שולית בפרשה לדמות מרכזית, מייחס המבקר על פי הטיוטה הראשונית - את הפעלת בועז הרפז ואיסוף חומר שלילי נגד שר הביטחון ואנשיו. תמלילי השיחות, כפי שפורסמו בטיוטה, מגלים סגנון שפה שעורר עליו את הביקורת, לא רק במחנה ברק, אלא גם בקרב קצינים בכירים בצה"ל. בראייתו של הקצין הוא נקלע לעין הסערה, כשמטרתו הייתה לגונן על לשכת הרמטכ"ל, שניהלה מערכת יחסים סוערת ועכורה עם לשכת שר הביטחון.
בסביבתו הקרובה של הקצין נאמר כי הוא סיפק תשובות מדויקות ומשמעותיות לטענות נגדו. וינר, שכיהן כעוזרו של אשכנזי, מכה היום על חטא בשל האופן שבו בחר לדבר עם הרפז, אך הוא התעקש בפני מקורביו כי היו אלו שיחות סגורות ובמרביתן הוא היה צד מקשיב.
בעקבות הפרשה, זימן הרמטכ"ל, רא"ל בני גנץ, את וינר לשיחה לפני מספר חודשים והודיע לו כי הוא לא יהיה קצין חינוך ראשי. וינר ביקש מגנץ לשקול זאת בשנית ולהמתין לדו"ח המבקר הסופי. גנץ המתין ולבסוף ביטל את המינוי - עליו החליט אשכנזי.
על סיכויו להיחלץ מהפרשה, החליט הפרקליט הצבאי הראשי תא"ל דני עפרוני, שסגנן מכתב בו ימליץ ליועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, לפתוח בחקירה פלילית נגד אשכנזי ווינר על הפרת אמונים. וינר, מבלי שהתכוון, דבק בו כתם והוא ייאלץ להשקיע את כל כוחותיו ומשאביו כדי לטהר את שמו אחרת, נראה, שייאלץ להתמודד עם פרישה מצה"ל בטרם עת.
לגבי שר הביטחון ברק, נראה היה כי המבקר ציפה ממנו להיות הגורם האחראי והבוגר שיפעל להרגעת הרוחות בין הצדדים - והוא לא עשה כן. במערכת הביטחון מעריכים כי הדו"ח ימתח עליו ביקורת בנושא הזה וכך גם בנוגע לתהליך בחירת הרמטכ"ל. עוד מעריכים מקורבי ברק, כי אין להשוות בין הביקורת שהעלה המבקר בטיוטה הראשונה לאמת בשטח. שאלה לא פתורה שמרחפת באוויר היא עניין מערכת הקלטת השיחות בלשכת השר שנפגמה ולכן לא ניתן היה לבחון את התנהלות לשכת ברק בפרשה באותו הדיוק שנבחנה לשכת אשכנזי. על כך יידרש המבקר להשיב בדו"ח.
ראש מטה שר הביטחון, יוני קורן, הצטייר עד כה כמי שהגיע לתפקידו כדי לעשות סדר בלשכת שר הביטחון ולבלום את ההתקפות של לשכת הרמטכ"ל עליה. אין ספק כי הבוטות והאגרסיביות בה בחר קורן להשתמש עם כניסתו לתפקיד כלפי כל מי שניסה לפגוע באינטרסים של ברק, מיתגה אותו במחנה אשכנזי כדמות מאיימת, מרתיעה ואימפולסיבית. המבקר יידרש בדו"ח הסופי להכריע האם בדרך ביצע קורן מעשים שאסור היה לעובד מדינה לבצע, למרות שעד כה לא הועלתה נגדו טענה כזו באופן רשמי על ידי אנשי מבקר המדינה.
מקורביו של קורן ביטלו בתוקף את הטענות נגדו בנושא אמינות ודחו אותן על הסף. כבר כמה פעמים הוא עמד לסיים את תפקידו מסיבות אישיות, אך דחה את המועד למרות שכבר מועמד אחד ביקר בנציבות שירות המדינה כמחליפו. נראה שעם הגשת הטיוטה הסופית ובמידה ולא תמתח ביקורת חריפה על התנהלותו, עשוי קורן לפרוש ולחזור לעסקיו.
בועז הרפז, הדמות המרכזית בפרשה, ומקורבו של אשכנזי לפחות בתחילתה, שטען בחדרי החקירות של משטרת ישראל כי הוא זייף את המסמך ולאחר מכן חזר בו, הפך בזכות יועץ התקשורת רונן וצור, ואולי גם בזכות המבוקרים האחרים, לדמות שולית.
בשלב זה טרם החליטו פרקליטות המדינה והיועץ המשפטי לממשלה האם להגיש נגדו כתב אישום ועל אילו סעיפים. כעת, נראה שהטיוטה האחרונה של מבקר המדינה, תאיץ את ההליך בעניינו. בימים אלו הוא שוקד על כתיבת ספר שעל כתיבתו החליט מספר פעמים וחזרו בו מההחלטה.
גדי אייזנקוט הוא, לפחות לדברי מקורבי גנץ, המועמד המוביל לתפקיד סגן הרמטכ"ל במקומו של האלוף יאיר נווה. בסביבת הרמטכ"ל טוענים כי העיכוב בבחירת סגן הרמטכ"ל לא נעוצה בממצאי דו"ח המבקר, שכן אייזנקוט ידע ועוד איך ידע על מסמכי הרפז ולא דיווח עליהם לשר הביטחון, שאותו שרת בעבר כמזכירו הצבאי.
בינתיים, ממתין אייזנקוט להחלטת הרמטכ"ל ושר הביטחון מאז סיים את תפקידו כאלוף פיקוד צפון, ונמצא כעת בתקופת לימודים באוניברסיטת חיפה. גורם בכיר במשרד הביטחון טוען כי השר לא החליט במאה אחוז לגבי מידת המעורבות של אייזנקוט והוא מחכה לטיוטה הסופית של המבקר כדי לראות אם יתגלו ממצאים חדשים בנושא. עוד טוען הגורם, כי לדברי אחת הדמויות הקרובות לברק, אין מחילה על מעשיו של אייזנקוט ומידת הצפייה מאלוף במטה הכללי לא תואמת את הציפייה מתמרי פרדו (ראש המוסד שנחשף טרם מונה לתפקידו למסמכי הרפז - א.ב.) שלא נשא בתפקיד רשמי במוסד ולא הכיר את ברק אישית, כשם שהכיר אייזנקוט.
גורם המקורב לברק, אמר בימים האחרונים כי לו היה הרמטכ"ל כל כך בטוח בבחירת סגנו העתידי, היה יכול להמליץ מזמן שכן היה חוסך בכך כסף רב לקופת המדינה מאחר והמשכורות משולמות לשני אלופים, אייזנקוט ואלוף אבי מזרחי, שממתינים להחלטה.
הפרקליט הצבאי הראשי, תא"ל דני עפרוני, הטיל פצצה לפני כשלושה שבועות, כשבחן את האפשרות להמליץ ליועץ המשפטי לממשלה לפתוח בחקירה פלילית בגין הפרת אמונים נגד גבי אשכנזי ואל"מ וינר. הרעיון הוגדר על ידי מקורבי אשכנזי כ"תמוה".
נושא זה מעלה שאלות נוקבות נגד התנהלות משטרת ישראל בפרשה למרות המנדט הצר שקיבלה, בהתאם לתלונה שהגיש איל ארד לאחר שלוגו משרדו זויף, כדי לאתר רק את מזייף המסמך ותו לא. למרות שביכולתו של הפצ"ר להורות על פתיחה בחקירה נגד וינר כבר עתה, הוא תלוי בחוות הדעת של היועמ"ש בגלל רגישות הפרשה והמעורבים בה.
במערכת הביטחון מבינים כי הגשת הטיוטה הסופית של מבקר המדינה לשעבר למבוקרים איננה אומרת כי מדובר בסוף פסוק ועוד נכונו התגוששויות בין המבוקרים בצורה ישירה ועקיפה בכלי התקשורת ומאחורי הקלעים. מספר מעורבים העריכו בפני מקורביהם כי לא מן הנמנע שאם בטיוטה האחרונה יתברר כי לא הצליחו לשכנע את אנשי מבקר המדינה באמת שלהם, ישקלו פנייה לבג"ץ בניסיון להעביר את המשך הטיפול לגורמים אחרים או להתעמת מול הקביעות של המבקר בדימוס.