במערכת הביטחון משבחים את המודיעין שהביאו שב"כ ואמ"ן לקראת הפשיטה בהפתעה על בית החולים שיפא בעזה מכמה סיבות. לדברי גורמים במערכת הביטחון, הפשיטה על מרחב בית החולים, שמוגדר כסמל, ניפצה את ההערכה של חמאס בפרט, ושל כלל הפלסטינים ברצועת עזה, שצה"ל לא יעז להגיע מחדש למרחב הזה בגלל חשש מביקורת בינלאומית.
"ההחלטה להגיע מחדש לשיפא מראה שאין חשש בישראל מפעולה כזו", אמר גורם ביטחוני לוואלה! והוסיף, "מעבר לכך, היא מצביעה על שינוי קונספציה. אין מקום ללא נגישות ברצועת עזה - ויש לכך גם נחישות, גם אם זה מורכב וקשה".
לא אמרתם שטיהרתם את שיפא? המבצע השני בבית החולים בעזה מעלה שאלות מטרידות
הסיבה השלישית היא ההצלחה של אוגדה 162 בפיקודו של תא"ל איציק כהן בליווי של גורמי המודיעין, לתזמן את הפשיטה לאחר סדרת תרגילי הונאה בתקופה האחרונה ולמנוע ממספר גדול של מחבלים להימלט ממתחם בית החולים. גורמי ביטחון מגדירים כ"הצלחה גדולה מאוד" את מעצר מפקדי השטח הבכירים שנעצרו, שהפכו בשנים האחרונות לקריטיים לבניית תשתיות במוקדים מסוימים. "מדובר בפעילי אופרציה, מפקדי שטח חשובים מאוד, לבניית תשתיות", אמר הגורם, "אם היית אומר לפני המלחמה שיש סיכוי שנעצור אותם ונביא אותם לחקירה בישראל הייתי אומר לך שאתה חולם. הם מאוד חשובים לחמאס ולג'יהאד האסאלמי, החקירה שלהם תעזור להבין דברים רבים".
ההערכה בשלב הזה במערכת הביטחון היא כי בכירי מפקדי השטח של החמאס והג'יהאד האסלאמי התמקמו בביה"ח שיפא תחת הבנה שצה"ל לא יחזור שוב לביה"ח, ומתוך מטרה להקים שם את המפקדה הגדולה של אזור הצפון, כדי להחזיר את השליטה על השטחים שצה"ל כבש וטיהר. אחת המשימות שלהם הייתה לבנות תשתיות טרור חדשות בתחום הרקטות, מנהור ועוד.