המבצע בבית החולים שיפא בעזה נפתח הלילה (שני) בעקבות מודיעין של אמ"ן ושב"כ, לפיו מחבלי חמאס ובעלי תפקידים שלו בצפון הרצועה התנקזו בבית החולים. מהמודיעין התברר שהמחבלים השתמשו בבית החולים כמפקדה, תוך שהם מנצלים שוב את האוכלוסיה האזרחית כמגן אנושי. בצה"ל חיכו לעיתוי הנכון למבצע זה, שהיה הלילה.
המבצע החל ב-02:30 לפנות בוקר, אז פשט צה"ל במפתיע על בית החולים, וכיתר את האזור שבפיקוד אוגדה 162, בשיתוף פעולה עם שב"כ. חטיבה משוריינת 401 וכוחות מיוחדים השתתפו במבצע.
עם הגעתו לשם, הצבא התייצב במספר מבנים וכיתר אותם, והמחבלים ששהו בהם לא הצליחו לברוח מהם. ההגעה החשאית המהירה של הכוחות אפשרה לצבא לסגור במהרה את כל בית החולים. במהלך כל אותו זמן, ירי בוצע ממספר חלונות ומבנים לעבר הכוחות.
עד כה דווח על מספר מחבלים הרוגים, ונעצרו יותר מ-80 אנשים במתחם. באזור עדיין מתנהלת לחימה במרחב של הכוחות של חטיבה 401 וגדוד 932. בתוך בית החולים הושגה שליטה, ונכון לשעות הבוקר כורזים למחבלים לצאת מהמתחמים.
לפי הערכות, עשרות מחבלים ואף יותר מתבצרים במבנים של בית החולים, ויורים על הכוחות. מהדיווח עולה כי הם מחזיקים בצוותים הרפואים, וככל הנראה גם בחולים כבני ערובה. בשעות האחרונות מתנהל איתם מעין משא ומתן באמצעות כריזות על ידי אנשי שב"כ ואנשי יחידת 504.
לפי צה"ל, חמאס מנסה להפוך מחדש את בית החולים למפקדה, וממנו לצאת לפעולות טרור. הוא אף התריע מראש על כך שישנה פעילות טרור בבתי החולים, ושיפעל נגדה, מבלי שנקב במועד מדויק. עוד נמסר כי האזרחים שיצאו מבית החולים נבדקו כדי לראות האם יש ביניהם מחבלים. במקום ישנם צוותים רפואיים של צה"ל, שידעו לתת מענה לכוחות ולאוכלוסיה המקומית. פצוע אחד של צה"ל פונה לקבלת טיפול רפואי.
חמאס מתאמץ מאוד לשקם את התשתיות שלו בצפון הרצועה. בארגון העריכו שצה"ל לא יחזור לבית החולים שיפא כדי להתמודד עם מחבלים, ולכן הוא הופתע. בצה"ל מתעקשים למנוע מחמאס לשקם תשתיות טרור בצפון הרצועה ולהתארגן מחדש כמפקדה.