המידע המודיעיני על הזרימה הבלתי פוסקת של מחבלים ומפקדי חמאס אל מתחם בית החולים שיפא, לא הותיר ספק בצמרת צה"ל כי יש לצאת לפעולה שתכלול מעצר או חיסול מחבלים במקום.
במערכת הביטחון התקיימו מספר דיונים בנושא בגלל הרגישות שיש סביב בתי חולים ברצועת עזה, והביקורת הבינלאומית על מה שנוצר סביב מתקניים רפואיים במרחב חאן יונס. נקבעו לוחות זמנים, שנדחו מספר פעמים בגלל עניינים מבצעים, ולבסוף, לפנות בוקר יצאה אוגדה 162 לפעולה בשילוב כוחות מיוחדים, שריון, חי"ר, חיל האוויר, חיל הים, שב"כ ואמ"ן.
פעולת ההונאה והכיתור של המתחם היו כל כך מוצלחות, שכבר בשלב הראשון נעצרו כ-80 מחבלים שהועברו לחקירה. במהלך חילופי האש נפצע לוחם אחד באורח קל והועבר לטיפול בישראל. במבנים נוספים באזור התבצרו מחבלים שהפכו את הצוותים הרפואיים ואת האזרחים שלא הספיקו לברוח למגן אנושי.
למרות המודיעין המדויק והפעולה המהירה והיצירתית נותרו כמה שאלות באוויר ללא מענה: כיצד הצליחו מחבלים להגיע שוב לבית החולים שיפא? האם ביתור הרצועה לשני חלקים אינו מספיק הרמטי? האם העובדה שמחבלי חמאס בחרו שוב בשיפא כמפקדה לא מצביע על ההרתעה שנשחקת בזמן שהדרג המדיני לא ממצה עד תום את הישגי המלחמה? ואם זה מה שקורה בשיפא, מה קורה בשאר בתי החולים ברצועת עזה שאותם טיהר צה"ל ממחבלים? שלא לדבר על שאר המתקנים הרגישים.
בזמן שהדרג המדיני מגמגם בכל מה שקשור לתמרון לרפיח או למחנות המרכז כבר כמה חודשים, ובזמן שצה"ל מרדד כוחות ברצועת עזה, וכשהרמטכ"ל הרצי הלוי מדבר על "העמקת ההישג", מתאמצת הזרוע הצבאית של חמאס לשקם כוחות ולהחזיר כשירות למשל בתחום משגרי הרקטות בצפון הרצועה. בנוסף, אף אחד בצה"ל לא מתחייב שכלל אתרי הייצור של הרקטות ברצועת עזה נהרסו באופן מוחלט. חמאס הוכיח בשבועות האחרונים שיש לו יכולות שיגור מהאזורים שבהם נמצא צה"ל.
הפשיטה השנייה על בית החולים שיפא היא אומנם הישג מודיעיני ומבצעי, אבל באותה נשימה היא גם העדות לכך שהישגי המלחמה נשחקים, ובמהירות, ודורשים תחזוקה תמידית. בדיוק כמו ביהודה ושומרון. השאלה היא האם צה"ל ערוך לזה.
אוגדה 162 פשטה על בית החולים שיפא עם שמינית הכוח מזו שנכנסה בפעם הראשונה, ועדיין, יש לבצע אבחנה בין חלקה הצפוני של רצועת עזה למחנות הרכז, ודרום הרצועה לשם נמלטו מרבית המחבלים.
כבר עכשיו ברור שברגע שצה"ל ייצא מהשטח או ימשיך לרדד כוחות, מחבלי חמאס ינועו מדרום והמרכז אל צפון הרצועה כדי לשקם תשתיות טרור. הם ינצלו את בעיות הלגיטימיות שיש לישראל בזירה הבינלאומית ויקימו מחדש מפקדות טרור, וייצאו להתקפות על חיילי צה"ל והעורף הישראלי עם מסגרות לחימה גדולות.