כבר ביומו הראשון לתפקיד, ממלא מקום נציב שירות בתי הסוהר קובי יעקובי ערך היום (ראשון) ישיבה ראשונה עם סגל הפיקוד הבכיר בארגון ופרס בפניהם שורה של החלטות שבכוונתו לקדם, שעל פיו דבריו יהוו "חוליה חשובה ומרכזית בשרשרת הלחימה בטרור ובפשיעה".
גונדר יעקובי הציג את מטרותיו, כשהראשונה בסדר העדיפויות היא החמרת תנאי הכליאה של האסירים הביטחוניים. זאת, בהתאם להמלצות של ועדת קעטבי, שלא יושמו עד היום נוכח התנגדות גורמי ביטחון וגורמים מדיניים. לפי התכנון, יוקם מטה ייעודי לטיפול מקצועי באסירים ביטחוניים, ליישום מדיניות רוחבית בכלל האגפים ובתי הסוהר, זאת לצד קידום המיסוך הסלולרי על האגפים הביטחוניים. תכנית נוספת שהציג יעקובי במהלך הישיבה היא קידום הקמת אגף ייעודי ובהמשך מתקן ייעודי למחבלים בכירים וראשי ארגוני פשיעה.
בהתייחסות לפרשת הסוהרות, אמר יעקובי כי לא ניתן להתעלם מהמקרה, וכי בין היתר יקדם שימוש בבדיקת פוליגרף על בכירי הארגון - כערובה לטוהר מידות ולאמון הציבור במשרתיו. לאור זאת, הנחה יעקובי את יועמ"ש שב"ס ערן נהון, שהוחזר לתפקידו היום אחרי שהודח מתפקידו על ידי הנציבה הפורשת קטי פרי, לקדם במהירות תיקון לפקודת בתי הסוהר. על פי התיקון, קציניו הבכירים של הארגון ובעלי התפקידים הרגישים יעברו, בדומה למשטרת ישראל, בדיקות התאמה תעסוקתית הכוללות פוליגרף.
"שב"ס עבר טלטלות לא פשוטות בתקופה האחרונה. בריחת האסירים הביטחוניים מבית הסוהר גלבוע, פתיחתה המחודשת של פרשת הסוהרות, אירועים נוספים וקשים שהתגלו בבית הסוהר רמון ובמתקנים נוספים", אמר יעקובי בישיבת הסגל, "כל אלה מחייבים אותנו לבחינה מעמיקה וחסרת פשרות. אין בכוונתי לשרטט כאן תמונה שלילית ושחורה של הארגון, אבל אני לא מתכוון לעצום עיניים. זהו האתגר של כולנו. כאמור, אסור לנו לפטור את הפרשות האלה כבעיות מקומיות ורבים מהנושאים שעלו ואלו שעוד יעלו חלקם נגזרת מאירועי ולקחי העבר".
טרם מינויו, שימש יעקובי כמזכיר הביטחוני של השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר. כעת, עם התחלת תפקידו כממלא מקום נציב שב"ס, הודיע המשרד על מינויו של תנ"צ משה פינצ'י לתפקיד המזכיר הביטחוני של השר.
פינצ'י, בן 52, אב לשלושה ומתגורר בירושלים, בעל תואר ראשון במנהל עסקים ותואר שני בהיסטוריה של המזרח התיכון. פינצ'י מילא בשנים האחרונות תפקידים רבים במשטרת ישראל בהם רח"ט דוברות, עוזר המפקח הכללי, מפקד מרחב אילת, סגן מפקד מרחב קדם, סגן מפקד בסיס הדרכה במשמר הגבול, מפקד תחנת שדות.