בצה"ל חוששים כי מתנחלים יצאו הלילה (שבת) לפעולות נקם נגד פלסטינים בחווארה, בעקבות הפיגוע בחווארה שבו נרצו אב ובנו מוקדם יותר היום. החשש הוא שאחרי צאת השבת והדיווח על הרצח יתפתחו מהומות באזור. בשל כך, הוחלט על הקמת צוות מיוחד המשתף כמה גורמים של כוחות הביטחון, בהם שב"כ, צה"ל ומג"ב.
בתוך כך, מתחקיר צה"לי ראשוני של הפיגוע עולה שורת כשלים של הצבא, למרות שמדובר בזירה מדממת במיוחד. תחילה, הציר לא תוגבר במהלך השבת, ועל כן הכוחות שהיו באזור לא שמעו את הירי וכלל לא ראו את המחבל נמלט. עוד עלה בתחקיר כי הישראלים נכחו בכפר כמה שעות לצורך סידורים.
הרמטכ"ל הרצי הלוי, הגיע לפני זמן קצר לנקודת הפיגוע בחווארה יחד עם מפקד האוגדה ומפקד חטיבת שומרון, וקיים תחקיר ראשוני לפיגוע. כמו כן, המפקדים ערכו הערכת מצב, במסגרתה הוצגה לרמטכ"ל פריסת הכוחות והחסימות במרחב והמאמצים המודיעיניים לתפיסת המחבל. "מדובר בפיגוע קשה, שנתחקר מה הביא להתממשותו. צה"ל וכוחות הביטחון פועלים כעת בשטח למרדף אחר המחבל, הגנה על הצירים ומניעת טרור", אמר הרמטכ"ל בזירה.
בחודש פברואר האחרון, מאות מתנחלים תקפו פלסטינים בכניסה לחווארה ובצומת תפוח. עשרות מכוניות, חנויות ובתי משפחות הוצתו - וכן נהגים פלסטינים הותקפו באבנים. זאת, כמה שעות לאחר הפיגוע שהתרחש בחווארה, בו נרצחו שני אחים תושבי השומרון.
עשרות משפחות פלסטיניות פונו מבתיהם לאחר שהוצתו. כוחות הביטחון פעלו להרחקת המפגינים ורכב משטרתי מסוג מכת"זית נכנס למקום, אולם רק כעבור שעות הושגה שליטה - לאחר שאלו המשיכו לתקוף ולהצית מבנים באיזור. משרד הבריאות הפלסטיני דיווח על 20 פצועים קל משאיפת עשן, ועל פצוע קשה מפגיעת אבן בראש. כעבור כמה שעות, החלו הצתות בכמה מוקדים נוספים בשומרון וכן בגזרת יריחו.