דובר צה"ל, תא"ל דניאל הגרי, אמר הבוקר (רביעי) כי כוחות הביטחון ייכנסו שוב לג'נין כדי להשלים מעצרים על פי מודיעין שצפוי להתקבל בהמשך. "אנחנו נחזור למחנה, על פי מידע מודיעיני, נעצור את הנותרים ונטפל בהם", הסביר בריאיון ב-103FM בתוכנית עם ינון מגל וחיים לוינסון. "אנחנו נערכים לפעילות שגרתית שהיא לחימה בטרור, אין כאן פתרון קסם".
"כשיש מודיעין מגיעים לכל נקודה, מסכלים כוחות על מנת למנוע טרור, ואם אין מודיעין אז סוגרים חשבון עם מי שביצע את הפיגוע", המשיך הגרי. "תשתיות הטרור בתוך מחנה פליטים, מצלמות ברחובות, מכשירי קשר טקטיים. מתחת לאספלט ישנם מטעני גחון, ומעבר לזה ממקמים בתוך מסגדים ובתי דירות מטעני חבלה. תשתית הכי טובה ביהודה ושומרון, אין יעד מודיעיני שלא הגענו אליו פיזית, איתרנו והשמדנו את האמצעים וניתקנו מגע בסוף הפעולה".
דובר צה"ל ענה לביקורת מימין, לפיה המבצע הושפע יתר על המידה מדעת הקהל העולמית. לדבריו, "אחד מהעקרונות ללחימה בטרור בזירה הפלסטינית הוא לבדל את האוכלוסייה שלא מעורבת מהטרור. במבצע הזה לא נהרגו אזרחים פלסטינים, רק מחבלים. עצרנו 300 מעוכבי חקירה, מתוכם 30 הם אלה שחיפשנו, אז איפה השאר? ברחו, לא באו להילחם. השליטה במחנה הפליטים היא של חמאס והג'יהאד האסלמי ולא של הרשות. אני מקווה שאחרי הפעולה שלנו גם הרשות הפלסטינית תוכל לחזק את האחיזה שלה".
הלילה השלימו כוחות צה"ל יציאה מלאה מג'נין, ובכך תם מבצע "בית וגן", שארך יומיים. בזמן יציאת הכוחות התפתחו חילופי אש קשים בין חמושים לכוחות הביטחון, בהם נהרג לוחם אגוז, רב סמל דוד יהודה יצחק. הכוח הופתע מהירי, שהגיע מתוך מבנה בעיר, והשיב באש לעבר היורים. לאחר מכן, החמושים עברו לבניין בית החולים הסמוך - וירו גם מתוכו.
לאחר שאיתרו את מקור הירי, הכוחות, בהם לוחמי יחידת אגוז, דובדבן ומגלן, כיתרו את המבנה, וחילופי האש המשיכו מטווח קצר. במקביל, כלים אוויריים חגו מעל המבנה וצה"ל הזעיק סיוע של כלי טיס חמושים. לבסוף, צלף של יחידת אגוז הצליח לפגוע בשניים מהמחבלים. בתום ההיתקלות, צה"ל החל להסיג את הכוחות מג'נין. בזמן יציאת הכוחות, כלי טיס של צה"ל תקף חוליית מחבלים שהייתה ממוקמת בבית קברות בפאתי ג'נין, שסיכנה את הכוחות.