הרמטכ"ל אביב כוכבי אמר היום (שני), לאחר שקיבל את התחקיר על הפיגוע במחסום בשועפאט, כי "מדובר באירוע חמור, מקצועית וערכית". הוא ביקר בחריפות את הלוחמים במקום בעקבות מה שכינה "חוסר מקצועיות ואי חתירה למגע" שבעקבותיהם "המחבל לא נוטרל ולא נעצר". לדבריו, "יש לבצע את הפעולות המיידיות שהוגדרו למימוש לקחי התחקיר בהקדם, ולהטמיע אותן בקרב כלל כוחות הביטחון. אני שולח את תנחומיי העמוקים למשפחת לזר, מחזק ומחבק אותה". הרמטכ"ל שיבח את התחקיר שהוגש על ידי מג"ב.
בעקבות הדברים החליט כוכבי על הפסקת פעילותם של לוחמי צה"ל במחסום שועפט תוך חודש ימים, זאת בעקבות אופי המשימה במחסום. בהמשך לכך, הרמטכ"ל הנחה להגדיל את הקצאות הלוחמים למג"ב, לטובת הצבתם במשימת הבידוק במחסום שועפט. עד להכשרת הלוחמים, הורה מפקד מג"ב על הסטת פלוגת לוחמים ממג"ב איו"ש למחסום.
תחקיר האירוע שבו נפלה נועה לזר הוצג לרמטכ"ל, למפכ"ל המשטרה קובי שבתאי ולשר לביטחון פנים עמר בר-לב על ידי מפקד מג"ב ניצב אמיר כהן. בהודעה שנמסרה ממג"ב ומדובר צה"ל נאמר כי מיד בסיום התחקיר הראשונה קבע מפקד מג"ב שהאירוע היה צריך להסתיים בתפיסת המחבלים או נטרולם. את התחקיר ביצע מפקד עוטף ירושלים תת ניצב עמי נידם, ובו "זוהו כשלים בשגרת הפיקוד במחסום, במהירות התגובה ובאיכותה, ובאי חתירה למגע עם המחבל על ידי הכוחות הפועלים במעבר. עוד נמצא בתחקיר כי התנועה הרגלית במעבר, המתקיימת כדבר שבשגרה על פי נהלי המעבר, היא בגדר "תקלה חמורה", ויציאת המחבל מהרכב התאפשרה כתוצאה מכך.
בעקבות הממצאים הורה מפקד מג"ב לקיים הכשרה ייחודית מקצועית למפקדי המעבר, להתקין תשתית טכנולוגית מספקת לצורכי המשימה ולקיים מנגנון פיקוח קפדני. מפקד מג"ב הורה ליישם באופן מיידי את כלל הלקחים בכל המעברים שבאחריות מג"ב בעוטף ירושלים.
בסיום התחקיר, החליט מפקד מג"ב לנקוט צעדים משמעתיים ובהם נקיטת הליך הדחה של שלושה שוטרים בקבע על אי עמידה בערכי מג"ב, הליך הדחה מתפקיד פיקודי לשנה של קצין מג"ב ומתן הערה פיקודית למ"פ מג"ב ולמג"ד מג"ב על ידי מפקד מג"ב. עיקרי התחקיר הוצגו לבני משפחתה של לזר.