יונתן חבקוק נרצח בפיגוע באלעד ביום חמישי לאחר שנאבק בשני המחבלים וניסה למנוע מהם להמשיך במסע ההרג האכזרי. לפני שהתמוטט, הוא פצע את המפגעים ולדברי גורם ביטחוני "על גופם היו סימני חבלה ברורים. אחד מהם גם דימם". הוא נקלע למקום כשהסתובב באזור עם בנו בן השש וכשהבחין במפגעים, הוא רץ לעברם ותפס אותם, כך לפי משפחתו.
חבקוק הותיר אחריו אלמנה וחמישה ילדים. מאיר אילוז, גיסו, אמר כי "יונתן היה גיבור בחייו אבל לא ידענו כמה היה גיבור. הוא הציל יהודים רבים באומץ ובגבורה".
עוד בנושא הפיגוע באלעד
עוד סיפר כי חבקוק הסתובב באזור עם בנו בן ה-6 והחזיק את ידו. "יוסף אמר לו 'אבא יש להם משהו ביד'. הוא שחרר את היד של יוסף, רץ לעבר המחבלים, תפס אותם ורק חשב על איך להציל עוד אנשים", אמר. "הבן שלו גם גילה אומץ רב. הוא רץ למאבטח כדי שמישהו יעצור את מסע ההרג. איך ילד בן שש לא קופא במקום? הקדוש ברוך הוא הכניס להם כוחות לעשות את מה שעשו".
בתו של חבקוק הנציחה היום את אביה ושיתפה סרטון שלה לצדו ברשתות החברתיות תחת הכיתוב "אבא שלי גיבור שלי. סבתא שלי מהצד 'תשמרי על אבא'".