בערב יום חמישי, 12 באפריל 1984, בשעה 18:20 יצא אוטובוס מרצדס מהתחנה המרכזית בתל אביב לעבר יעדו - אשקלון, בקו מספר 300. ליד ההגה ישב הנהג אילן הלוי שנסיעתו הוקדמה ב-20 דקות. מאחוריו ישבו 40 נוסעים.
בצפון העיר, בגני התערוכה, נשלמו כבר ההכנות לכנס גדול של מפלגת השלטון, הליכוד, שבו התבקשו חברי מרכז המפלגה לבחור את מועמדה לראשות הממשלה בבחירות שיערכו עוד שלושה חודשים. יצחק שמיר, שהחליף את ראש הממשלה הפורש, מנחם בגין, מול אריאל שרון. שמיר ניצח כצפוי, אבל הסיפור האמיתי היה היקף התמיכה שלה זכה שרון. "אריק מלך ישראל", שרו תומכיו בסוף הערב ושמיר הבין שצומחת לו אופוזיציה במפלגה.
אולם, הדרמה האמיתית החלה להתפתח באוטובוס שנסע דרומה. בין הנוסעים ישבו גם ארבעה צעירים כבני 18 ובידיהם תיקים. בתחנת גן דרום שליד אשדוד ירד אחד הנוסעים שחשד באותם ארבעה צעירים. כשירד בתחנה צעק "מחבלים". בשלב זה זינקו ארבעת הצעירים ממקומותיהם. אחד מהם הגיע לנהג הלוי ביד אחת עם רימון רסס ובידו השנייה הצמיד סכין לצווארו של הנהג ופקד עליו להמשיך בנסיעה ולא לעצור.
עוד בוואלה!
מחבל נוסף עמד אחרי הנהג. מחבל שלישי עמד במרכז האוטובוס עם תיק ובו מטען חבלה מוכן להפעלה ומחבל נוסף עמד בקצה. אחד מהחוטפים פנה לנוסעים וקרא: "אל תזוזו ואל תגלו התנגדות. אין לנו מלחמה איתכם, אנחנו רק דורשים מהממשלה שלכם לשחרר את החברים שבמאסר".
אסתר בן חור, הנוסעת שהורדה מהאוטובוס סיפרה על הרגע הדרמטי לוואלה! NEWS כי "הייתי בהריון וזכרתי שבאירועי דומים באותן שנים, בהם נחטפו בני ערובה, שיחררו זקנים, אנשים חולים ונשים הרות. עשיתי לחוטפים הצגות שאני עומדת להתעלף. עשיתי להם רעש וזה הפריע למחבלים. המנהיג שלהם אמר לנהג לעצור בצד הכביש, בצומת עד הלום".
בן חור התייחסה אל הרגעים שחוותה ואמרה כי "חבר שלו שאל אותו למה הוא עושה את זה והוא ענה לו שהוא נותן רק לי לרדת. אלו היו רגעים ממש מפחידים. פחדתי שהוא יתקע לי את הסכין בגב. הנהג עצר ופתח את הדלת. אחרי שירדתי הגעתי לחנת דלק ומשם התקשרתי למשטרה. לא האמינו למה שאמרתי. אמרתי להם שבעלי אצלם במשטרה, אבל מתברר שדיברתי עם תחנת אשדוד ובעלי שרת באשקלון. לתחנת הדלק הגיע הנוסע שירד מהאוטובוס עוד לפני. רק אחרי שהוא סיפר גם כן על החטיפה, האמינו לנו".
ניידות משטרה החלו במרדף אחרי האוטובוס. המחבל שליד הלוי הצמיד את הסכין לצווארו ופקד עליו להאיץ. האוטובוס, כבר בתוך רצועת עזה, פרץ מחסום ונגח בניידות משטרה שעמדו כדי לחסום את דרכו. במחסום השני הצליחו שוטרים לירות בגלגלי הרכב השועט ולנקב אותם. כעשרה קילומטרים מדרום לעזה, סמוך לעיירה דיר אל בלח, האוטובוס נעצר.
תוך זמן קצר הגיעה למקום היחידה למלחמה בטרור (ימ"מ). שר הביטחון, משה ארנס, עודכן במתרחש ועזב את הבחירות לראשות המפלגה. בזירה כבר חיכו אנשי שב"כ, בהם מפקד השב"כ, אברהם שלום, סגנו ראובן חזק, אלוף פיקוד הדרום משה בר כוכבא וקצין חי"ר וצנחנים ראשי יצחק מרדכי.
בסמוך הוקם חפ"ק שבו היה גם הרמטכ"ל משה לוי וזרקורים שהוצבו הטיחו אלומות אור על האוטובוס. מסביב החלו להתאסף עיתונאים, צלמים וגם חיילים רבים שלא נועדו להיות במקום. בחפ"ק החלו דיונים קדחתניים על דרך חילוץ בני הערובה. למקום הגיעה כעת סיירת מטכ"ל ובמקום התפתח ויכוח איזו יחידה תשתלט על האוטובוס. האלוף בר כוכבא הכריע כי סיירת מטכ"ל תבצע את הפעולה. במקביל, צוות משא ומתן שוחח עם המחבלים שדרשו שחרור 500 מחבלים הכלואים בבתי סוהר בישראל. הם איימו כי אם יותקפו, יפוצצו את האוטובוס על יושביו.
השעות חלפו. הוחלט כי לפני שיעלה אור יום תתבצע הפעולה. אור לבוקר יום שישי, בשעה 4:50 החלו לוחמי סיירת מטכ"ל בהשתלטות. תוך שניות ירו למוות בשני המחבלים שעמדו ליד הנהג. הנוסעים ושני המחבלים האחרים נשכבו על הרצפה, החיילת עירית פורטוגז נורתה למוות בידי הכוח הפורץ. הלוחמים איתרו בין הנוסעים את המחבלים וחבטו בהם כדי לנטרל אותם, מחשש שיפעילו את מטען החבלה. ההשתלטות הסתיימה.
ראש השב"כ הורה לאנשיו להרוג את שני המחבלים
תא"ל מרדכי נכנס לאוטובוס והחל לתחקר את אחד המחבלים שהיה אחוז בידי חיילים. הוא סטר לו בניסיון להבין כמה מחבלים היו על האוטובוס ולקבל מידע מהיר ככל האפשר על מטען החבלה. לאחר מכן, הלך למחבל השני שהובל בידי שני חיילים ותיחקר גם אותו, תוך שהוא חבט בו בגופו עם ידו הימנית, בה אחז אקדח. המחבל אמר כי המטען יופעל באמצעות חוטים. מרדכי העבירו לידי אנשי השב"כ ושב לאוטובוס. חבלן משטרה שעלה איתו לאוטובוס ניטרל את המטען.
בחוסר הסדר ששרר מסביב התקבצו לצד הלוחמים והמחולצים גם צלמי עיתונות וכתבים. כמה צלמים תיעדו את המחבלים שמולכים מהמקום. היו שתיעדו את מרדכי הולך איתם והיו שצילמו את המחבלים בידי אנשי השב"כ.
על פי דברי צה"ל ושר הביטחון הפעולה הסתיימה במותם של שני מחבלים, אולם ככל שחלפו השעות החלו לדווח כי כל הארבעה נהרגו.
ראש השב"כ, שלום, הורה לאנשיו להרוג את השניים, כדי שתוצאותיו של פיגוע מיקוח יהיו כאלה שמפיגוע כזה לא יוצאים חיים. ראש אגף המבצעים בשב"כ אהוד יתום ופקודיו הכו את השניים למוות והביאו את גופותיהם לבית החולים.
כעבור יומיים דיווח עיתון ה"ניו יורק טיימס" כי אחד מחוטפי האוטובוס נלכד חי בידי אנשי הביטחון. יוסי קליין, עורך עיתון "חדשות", צוטט כמאשר גרסה זו. אלכס ליבק, צלם העיתון, סיפר כי אכן צילם זאת. לדבריו חיילים כעסו עליו ודרשו ממנו את סרט הצילום והוא העביר לידיהם סרט אחר. התמונה של המחבל נותרה בידיו.
חדשות אחרות השתלטו על סדר היום: "בידי חומייני, מנהיג איראן, תהיה פצצת אטום תוך שנתיים", הזהיר השבועון לענייני הגנה - "ג'יינס". רשת NBC ערכה תחקיר שבו נטען שישראל מוכרת נשק שלל מלבנון למורדים בניקרגואה והשב"כ חשף רשת טרור יהודי שביצעה שורת פיגועים ועמדה לפוצץ אוטובוסים על נוסעיהם.
אף אחד לא ידע אז ששר הביטחון, ארנס, הטיל על מבקר מערכת הביטחון, האלוף במילואים מאיר זורע, לעמוד בראש צוות שיחקור את המקרה. זורע לא שיער בנפשו שנציג שב"כ בוועדה מדליף למפקדיו חומרים ובאמצעותם מתאמים אנשי השב"כ עדויות שנועדו לחלץ אותם מצרה ולהביא לכך שהאשמה תטפול אל ראו של תא"ל מרדכי.
עיתון "חדשות" דיווח על קיומה של הוועדה ובהוראת הצנזור הראשי נסגר לארבעה ימים. הסכר נפרץ: שבועון "העולם הזה" פירסם בשער העיתון תמונה של ענת סרגוסטי, צלמת העיתון, בו נראה מחבל מובל חי אחרי ההשתלטות על האוטובוס. כעבור חודש גם עיתון חדשות פירסם תמונה של הצלם אלכס ליבק בה נראה מחבל מובל חי.
ועדת זורע הפנתה את האצבע המאשימה למרדכי ורק אחרי ששלושה בכירי שב"כ חשפו את מסכת בידוי הראיות נחשפה האמת. מפקד השב"כ, שלום, ופקודיו, בהם יתום, קיבלו חנינה מדי נשיא המדינה, חיים הרצוג, עוד בטרם הועמדו לדין. שלום עצמו טען כי הכול נעשה "בסמכות וברשות" של ראש הממשלה שמיר.
התפוצצות המורסה הביאה את השב"כ לטפל בהתנהגות המעוותת שנחשפה בפרשה: טפילת אשמה שקרית על תא"ל מרדכי, תיאום עדויות, שיבוש חקירה ומתן עדויות שקר. הפרשה גם הביאה לחשיפת מקרה נוסף - הרשעתו בריגול של קצין צה"ל, עיזאת נאפסו. פרשת נאפסו חשפה את תופעת העינויים בחקירות והביאה למינויה של ועדה בראשות השופט משה לנדוי.
מול הוועדה עמדו סוגיות חוקיות ומוסריות בנוגע לנהלים וגבולות של חקירות השב"כ, סוגיות שנובעות מאופי המלחמה בטרור על ביטוייו שכוללים פגיעה באזרחים ואלימות חסרת גבולות וסייגים.
הוועדה קבעה ש"אמצעי הלחץ צריכים להתרכז בעיקר בלחץ פסיכולוגי לא אלים של חקירה נמרצת וממושכת ובשימוש בתחבולות", אך "כאשר אלה אינם משיגים את המטרה, אין להימנע מהפעלת מידה מתונה של לחץ פיזי" שנובעת מתוך "הגנת הצורך". כלומר, לא תוטל אחריות פלילית למעשה שהיה דרוש באופן מיידי להצלת חיי אדם.
ממש בזמן עבודת הועדה כבר צצה פרשה חדשה לאחר שעציר בטחוני מת בכלא ישראלי בג'נין. העציר, עוואד חמדאן, נמצא מת בתאו. למשפחתו נמסרו הודעות סותרות, על ידי שירותי הביטחון, על נסיבות מותו. לאחר שהמשפחה עתרה פעמיים לבג"ץ החליט היועץ המשפטי לממשלה, יוסף חריש, להעמיד איש השב"כ לדין כנאשם בגרימת מוות מתוך רשלנות. בכתב האישום נטען כי מותו של העציר נגרם מחנק.
איש השב"כ זוכה לאחר שלא הוכח מעל לכל ספק סביר כי סיבת המוות הייתה חנק. החלטות ועדת לנדוי עמדו מעת לעת בפני ביקורת ובדיקה. בשנת 2002 נחקק חוק שירות הביטחון הכללי שבו לא מוזכר אמצעי של חקירה תחת לחץ פיזי. שיטות החקירה והטענות לעינויים עמדו מאז עוד כמה פעמים למבחנים משפטיים, גם במקרה של טרור יהודי, במקרה הצתת בית משפחת דוואבשה, בו נספו זוג הורים ובנם התינוק וילד נוסף נפצע קשה.