יממה לאחר פרסומו, התייחס אחר הצהריים (שני) הרמטכ"ל רב-אלוף בני גנץ, לראשונה, לדו"ח מבקר המדינה בפרשת "מסמך הרפז". בדברים שנשא בפני פורום הפיקוד המבצעי הבכיר של צה"ל לרגל פתיחת התחקיר למבצע "עמוד ענן", הזכיר גנץ את דבריו מדיון שנערך בפורום מטכ"ל ואשר צוטטו בדו"ח המבקר, בהם הביע חשש שהאווירה ששררה בזמן כתיבת המסמך תוביל ל"פגר" שימשיך להסריח. "אני קבעתי את המושג ?הפגר? ואני אומר לכם, שאני חי בצבא הזה עוד מעט שנתיים כרמטכ"ל ומה שאני מבין זה שהפגר יבש", אמר גנץ. "אם צריך להוציא עוד כמה עצמות ולנקות את החצר - זה מה שנעשה".
לקריאת דו"ח מבקר המדינה המלא בפרשת הרפז
"מדובר ביום עצוב לצה"ל, למדינת ישראל, לאזרחים ולכל מי שמצוי בסביבת הפרשה", פתח גנץ את דבריו בפני הפורום במכללה לביטחון לאומי והבהיר כי אינו מתכוון לשפוט בין הצדדים המעורבים בפרשה: "אטפל בחלקת האלוהים שלי בצה"ל שאיננה קטנה בכלל". גנץ התייחס לממצאי הדו"ח ואמר כי "נחצו קווים ונעשו צעדים פסולים בהיבטים תפקודיים, ערכיים ואתיים. לעיתים נוצלה שררה פיקודית ביחס לאנשים אחרים על ידי שימוש במידע כזה או אחר. לעיתים נעשתה פעולה טובה ונאמנה, אך חוצה קווים שאסור לחצות". הוא הבהיר: "אני לא יכול לקבל התנהגות שכזו, ככל שאעריך, ואני מאוד מעריך, את האנשים הנוגעים בדבר".
הרמטכ"ל התייחס לממצאים הקשים של מבקר המדינה אודות המערכים המסווגים ביותר של אגף המודיעין, התנהלות קצינים בכירים וחשיפת מידע מסווג בפניו של בועז הרפז. "ראינו בשולי הדו"ח הערות על התנהלות במערכים כאלה ואחרים. ראש אגף המודיעין הקודם (אלוף עמוס ידלין - א.ב) והנוכחי (אלוף אביב כוכבי - א.ב) פעלו זה מכבר ומרבית הלקחים בעניין זה מאחורינו", אמר. "מיננו עוד שתי ועדות על מנת להבטיח שאין לנו פרצות נוהליות ואחרות בתחומים השונים". כאמור, עיקר הביקורת כלפי קצינים בכירים במערכים המסווגים של אמ"ן ששיתפו את הרפז במידע מסווג וחלקם אף ראה בו חבר וקרוב מאוד של הרמטכ"ל לשעבר, רא"ל (במיל') גבי אשכנזי.
הרמטכ"ל הביט בפניהם של אלופי המטכ"ל והקצונה הבכירה של צה"ל, ביניהם מפקדי אוגדות וקצינים בכירים נוספים, ואמר: "חיכינו כמעט שנתיים ויש לנו אמת ייחוס, אפשר להמשיך לחקור בה - זה עניין של הגופים שאמונים על כך. מבחינתנו ומבחינתי כצבא יש אמת ייחוס. אני מתכוון לטפל בזה ולעסוק בזה - לא יישארו דברים באוויר".
הרמטכ"ל התייחס לטענות של שר הביטחון, אהוד ברק, שהקריא בעבר את חוק יסוד הצבא בפני פורום מטכ"ל על בסיס טענה כי הדרג הצבאי הבכיר לא הכיר בעובדה כי הוא כפוף לדרג המדיני. "אני לא חושב שהייתה אי פעם אי הבנה ואני חוזר ומדגיש - אין אי הבנה - באשר לבכירות הדרג המדיני על הדרג הצבאי", הדגיש גנץ. "אנחנו שמחים לדעת שאנחנו צבא של מדינה ולא מדינה של צבא. נמשיך למלא את הנחיות הדרג המדיני בכפוף לחוק - זה המצב היום וזה המצב שימשך בעתיד. מבחינתי, אנחנו צריכים להמשיך קדימה. אין לי כוונה להסתכל לאחור, יש לי כוונה לקבוע ולבסס את ההווה ולכוון את מגמות העתיד".
על הטענות כאילו הקוד האתי של צה"ל עשוי להתפורר כתוצאה מממצאי דו"ח מבקר המדינה והתנהלות הקצונה הבכירה, אמר הרמטכ"ל: "התשתית הערכית של צה"ל מוצקה, עמוקה והיא תמשיך להוות מצפן לפעולה. מה שיש לנו ומי שאנחנו חזק מאירועים מהסוג הזה ומפרשיות כואבות ככל שתהיינה. צה"ל ארגון חזק שיודע להתרומם לאחר תהליכים קשים. החברה בישראל מסתכלת עלינו ודורשת מאתנו להוות דוגמא ומופת ואנחנו נעמוד באתגר המתחייב. אני מאמין שבסופו של דבר נדע לבצע את תפקידנו, תוך שאנחנו נמנעים ממנעמי השררה ומהעוצמה שהיא נותנת, ואם אנחנו נזהרים בכבודנו ונמנעים מרכילות שאין לה בסיס אז יש לנו מזור. זה הצבא שאני מפקד עליו. אנחנו לא יכולים שלא לעמוד על עמדתנו המקצועית, הארגונית, הפיקודית. מוטלת עלינו ועליי אחריות גבוהה מאוד וזה יבוא רק מהמקום הנקי, החוקי, הנכון, האתי, ממקום של אמונה בכם כמי שמייצגים את הדרג הפיקודי שאתו אני עובד ואני בטוח ביכולת שלנו להתקדם קדימה".
גנץ סיכם את דבריו ואמר: "אני אנקוט בצעדים שאני צריך לנקוט כמפקד ואני מצפה מכם לעסוק בנושא. מדובר באירוע שאסור לו לחזור בשום פנים ואופן, לא במודל שבין דרג מדיני לצבאי ולא במודל שבין דרג צבאי אחד לצבאי אחר. כבוד האדם, הוגנות, קולגיאליות ולויאליות לצד עמידה על עמדתנו הם נכס צאן הברזל של הארגון".
הדו"ח, שמסכם בדיקה של למעלה משנתיים במהלכה נאספו אלפי מסמכים ונשמעו מאות עדויות, תיאר את היחסים העכורים בין לשכת שר הביטחון ללשכת הרמטכ"ל. "הדעת לא סובלת את איסוף המידע והטיפול ב'מסמך הרפז' כפי שתוארו בדו"ח. מערכת היחסים ששררה בין השר ברק לבין הרמטכ"ל דאז, רא"ל (מיל') אשכנזי, ובין לשכותיהם, עכורה ומורכבת ככל שתהיה, לא יכולה לשמש צידוק להתנהלות הפסולה של איסוף המידע אודות השר ברק וסביבתו על ידי עוזר הרמטכ"ל דאז, אלוף-משנה וינר, בידיעה - ולו חלקית - של הרמטכ"ל דאז, רא"ל (מיל') אשכנזי, וכן להתנהלותם של הרמטכ"ל דאז ועוזרו בקשר למסמך הרפז כפי שתוארו בדו"ח זה. גם העובדה שנמצאו פגמים בהתנהלות השר ברק כלפי הרמטכ"ל דאז, לא היה בה כדי להוות עילה ולהצדיק התנהלות כאמור של הדרג הצבאי כלפי הדרג המדיני הנבחר".