ראש המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים לשעבר, יצחק (חקה) חופי, מאשר כי ביולי 1980 ניסה המוסד לחסל את פושע המלחמה הנאצי אלויס ברונר, שנחשב לסגנו של אדולף אייכמן. חופי מספר כי המוסד שלח לברונר, שמצא מקלט בדמשק, בירת סוריה, מעטפת נפץ שהתפוצצה ופצעה אותו. "טיפלנו בו", אמר חופי, "אך לא הצלחנו להרוג אותו. הוא נפצע". לדברי חופי, ראש הממשלה דאז מנחם בגין אישר את פעולת החיסול.
מעטפת הנפץ שוגרה לאחר מבצע מדוקדק, שבו נלמדו פרטים רבים על אורח חייו של ברונר, הרגליו והשקפת עולמו. אנשי המוסד למדו כי ברונר האמין ברפואה טבעונית והיה לקוח קבוע של חברה אוסטרית, ששלחה לו ספרים בנושא. בשל כך, נמענה אליו מעיירה באוסטריה חוברת ממולכדת, עליה חתומה "אגודת הידידים של צמחי מרפא". כתוצאה מהפיצוץ רוסקו שתי ידיו של ברונר והוא איבד כמה מאצבעותיו. בבית החולים הצליחו הרופאים להציל את חייו.
בעבר רווחו הערכות של פרשנים ומומחים שונים כי המוסד אחראי לשיגור מעטפת הנפץ לברונר. עם זאת, מדובר בפעם הראשונה שראש מוסד מאשר בפומבי כי הארגון אחראי לניסיון החיסול של ברונר ולניסיונות לחסל פושעי מלחמה נאציים נוספים, שבשמם לא נקב. דבריו של חופי מופיעים בסרט תעודה על חייו מאת ירין קימור, שיוקרן החודש בערוץ 1.
ציווה על יהודים לעמוד 12 שעות, עירומים, בקור של נובמבר
ברונר נולד באוסטריה וב-1912 התגייס לאס.אס, שם שימש כעוזרו ויד ימינו של אייכמן. הוא היה מעורב ישירות בניהול גירושם למחנות השמדה של כ-130 אלף יהודי אוסטריה, סלובקיה, יוון וצרפת. ברונר נודע במיוחד בשל אכזריותו הרבה והעונשים המיוחדים שהטיל על חלק מהיהודים המגורשים.
עדויות שנאספו לאחר המלחמה מפי ניצולי שואה במחנות שבהם שהה ברונר, סיפרו על האכזריות הסדיסטית שלו. במקרה אחד אולצו יהודים לרוץ שעות במחנה ולהשליך את עצמם לתוך בוץ. לאחר שהתמוטטו באפיסת כוחות הם הוכו עד עילפון. במקרה אחר הוא הורה לפקודיו באס.אס לרצוח בדם קר ארבעה יהודים לעיני כל. עדויות נוספות סיפרו כיצד ציווה על תשעה יהודים לעמוד דום בעירום, בלילה קר של נובמבר, במשך 12 שעות רצופות במהלכן חבטו בהם שומרי האס.אס.
לאחר המלחמה נכלל שמו ברשימת פושעי המלחמה המבוקשים ביותר. הוא נעצר ונכלא במחנות שבויים של צבא ארצות הברית וצבא בריטניה, אך הצליח לחמוק מהם לאחר שהסתיר את עברו ושכנע את חוקריו לשחררו. הוא חזר לאוסטריה ובעזרת חבר, גיאורג פישר, שדמה לו דמיון רב, אמץ את זהותו השיג תעודות חדשות ונמלט למצרים. שם הוא פגש במנהיג הפלסטיני, המופתי חאג' אמין אל חוסייני, שנפגש במלחמת העולם השנייה עם אדולף היטלר. השניים מצאו מכנה משותף רחב ביותר שנאתם ליהודים - ואל חוסייני שכנע את "פישר" לעבור למקום בטוח יותר - סוריה. פישר-ברונר קבל את העצה ועבר לסוריה שבה התחזה לאיש עסקים וסוחר ממוצא גרמני. מתוקף זה טיפח קשרים עם אנשי השגרירות הגרמנית ולא מן הנמנע שהם אף עזרו לו להסתיר את עברו.
ב-1960 הוא נעצר בידי משטרת סוריה בחשד לסחר בסמים. כדי להוכיח את חפותו, הוא התוודה כי היה יד ימינו של אייכמן, לאחר שזה נחטף בידי המוסד בארגנטינה והובא למשפט בירושלים. משטרת סוריה ושירותי הביטחון במדינה לא רק שמיהרו לשחררו, אלא ששוכנעו לסייע לו בתכנית שהגה לשחרור הבוס שלו ממעצרו בישראל. התכנית לא יצאה לפועל, אך ברונר המשיך לשמש יועץ למשטרה ולשירותי הביטחון של סוריה ואימן אותם בטכניקות חקירות ועינויים. שירותי הביטחון הסוריים העניקו לו את חסותם והעמידו לרשותו מאבטחים.
אך למרות זאת היו לפחות שני ניסיונות לחסלו; בפעם הראשונה נשלחה אליו מעטפת נפץ כבר בספטמבר 1961. ברונר הגיע לאסיפה מבית הדואר בדמשק וכשפתח אותה החריד את המקום פיצוץ עז, שגרם למותם של שני פקידי דואר. ברונר נפצע קשה, איבד את אחת מעיניו, אך שרד את הפיצוץ. אף לא אחד נטל אחריות למעשה אך נראה כי המוסד עמד גם מאחורי המבצע הראשון.
במרוצת השנים הוציאו נגדו כמה מדינות - לרבות ישראל - צווי מעצר בינלאומיים. אך סוריה, שלא הודתה כי הוא מסתתר בשטחה, התעלמה מהצווים וסירבה להסגירו. בצרפת הוא הועמד לדין פעמיים שלא בפניו ואף הורשע ונדון למאסר עולם. בשנות ה-80' ברונר הגיח מעולם האפלה שבו חי והעניק ראיונות לכמה כלי תקשורת מגרמניה ומארצות הברית. מהראיונות התברר כי הוא המשיך להחזיק בהשקפת עולמו הנאצית ובשנאתו לגזע היהודי, שאת אנשיו כינה "בני שטן".
עד היום אין אישור רשמי באשר לגורלו. להערכת ד"ר אפרים זורוף, מנהל מרכז שמעון ויזנטל בירושלים, ברונר נפטר בשיבה טובה לפני כארבע שנים. קצין ביון לשעבר ב-BND - "המוסד" הגרמני, מסר לחוקר של מרכז ויזנטל כי על פי המידע שהגיע לארגון, ברונר מת בסוריה. לפני כשנה דווח בגרמניה כי ה-BND השמיד בשנות ה-90' ראיות הקשורות לברונר. הדיווחים עוררו חשד כי השמדת המסמכים נועדה לטשטש את העובדה כי ככל הנראה שימש ברונר כסוכן של הביון הגרמני ונהנה מחסותו ומהגנת פקידים בכירים בממשלים גרמניים שלאחר המלחמה.
האישור של יצחק חופי מהווה הפתעה כפולה. ראשית, עצם ההודאה כי המוסד אחראי לניסיון החיסול שלא הצליח. אולם הפתעה נרשמת גם מהעובדה שהמרדף אחר פושעי מלחמה נאציים נמשך, לפחות עד שנות ה-80'. ההערכה הייתה שהנושא ירד מסדר היום של המוסד הצי"ח (ציון ידיעות חיוניות) בשנות ה-60', בתקופת כהונתו של מאיר עמית בראשות המוסד.
למען האמת, המוסד מעולם לא התאמץ לחסל נאצים
האמת, מתברר, מורכבת יותר. מצד אחד, בניגוד למיתוס שהתקבע בזכות לכידתו של אייכמן - החיפוש והמרדף אחר פושעי מלחמה נאציים לא היה חשוב כל כך להראל וגם לא למחליפו מאיר עמית. "זה לא בער בעצמותיהם", אמר בזמנו צבי אהרוני, שהלך לעולמו השנה והיה מחוטפיו של אייכמן וכן עמד בראש אגף המבצעים "קיסריה" של המוסד עד 1970. הראל זקף לעצמו את תהילת חטיפתו של אייכמן, אף שבעצם יכול היה לפעול ביתר שאת כבר מ-1958. הראל גם לא ממש התאמץ להקציב את המשאבים הדרושים ולאפשר ללוחמי המוסד להתמיד במאמצים לאתר את ד"ר יוזף מנגלה.
בשנת 1964 החליף עמית את הראל בראשות המוסד, ובתפקידו החדש המשיך לאשר מבצעים בתחום, אך ראה בכך עניין צדדי. עם זאת, בתקופתו של עמית חיסלו לוחמי קיסריה, בראשות יוסף יריב ב-1965 במונטבידאו, את הפושע הנאצי ממוצא לטבי גנרל הרברטס צוקורס, שנודע בכינוי "התליין מריגה". כשנתיים לאחר מכן נעצרו במינכן, באפריל 1967, שני לוחמי מוסד של יחידת "קשת", בעת שניסו לפרוץ לדירה שבה התגוררה אשתו של ראש הגסטפו, היינריך מילר, בתקווה למצוא בה ראיות כי בעלה בחיים ולאתר את מקום המסתור שלו. לאחר שלושה חודשים בכלא, בהתערבות עמית וראש הממשלה לוי אשכול, הסכימה ממשלת גרמניה לשחררם.
אך בצד המרדף אחר פושעי המלחמה הנאציים, לא היססו במוסד להיעזר גם בקציני אס.אס כ"מנופים" לגיוס סוכנים ולפעולות ריגול בעולם הערבי. זו הייתה תועלתנות צרופה נטולת מוסר או זיכרון היסטורי. המקרה הבולט ביותר הוא של קולונל הוואפן אס.אס אוטו סקורצני (מחלצו של המנהיג האיטלקי בניטו מוסוליני מידי הפרטיזנים). רפי איתן, מבכירי יחידת המבצעים של שירות הביטחון הכללי (השב"כ) ואחר כך של המוסד, נפגש ב-1962 עם סקורצני במדריד, בפגישה בה נכח גם אברהם אחיטוב, לימים ראש השב"כ. השניים הפעילו אותו כך שמסר להם רשימות של מדענים ומהנדסים גרמניים, שעבדו בשירות מיזם הטילים של נשיא מצרים עבדול גמאל נאסר. המוסד ניסה לחסל חלק מהשמות שמסר סקורצני והטיל אימה על משפחותיהם של אחרים.
האמביוולנטיות הזו של רדיפה מצד אחד והעלמת עין מפשעי העבר, עברה כחוט שני במוסד, שחי בפיצול אישיות בין המשא ההיסטורי לצורכי הביטחון הלאומי בהווה. זה החל בשנות ה-50' בתקופתו של הראל, נמשך בשנות ה-60' תחת פיקודו של עמית ובשנות ה-70' וראשית ה-80' אצל צבי זמיר ויצחק חופי. ראש המוסד לשעבר, שבתי שביט, שמופיע גם הוא בסרטו של ירין קימור, ושהיה בתקופתו של חופי קצין מודיעין ואיש מבצעים, זוקף את חידוש המרדף אחר פושעי המלחמה הנאצים לראש הממשלה בגין: "בגין הורה לחקה להמשיך ולרדוף נאצים". הבעיה הייתה שרובם, או לפחות חשובים שבהם, כבר לא היו בין החיים.