לוואלה נודע כי סלע המחלוקת בין שר הביטחון ישראל כ"ץ למפקד פיקוד המרכז האלוף אבי בלוט הוא סביב המבצע הרחב במחנות הפליטים.
כאמור, שר הביטחון כ"ץ דחף עם כניסתו לתפקיד לכיבוש מחנות הפליטים באיו"ש בשומרון בדגש על ג'נין וטול כרם, כדי להביא לתפנית בלוחמה בטרור. לפי גורמים במערכת הביטחון, האלוף בלוט לא דחף ולא מיהר לצאת אל המבצע. עוד הוסיפו הגורמים כי התמורות של המבצע בשטח הן אסטרטגיות: המחבלים ברחו לכפרים, התשתיות הושמדו וצה"ל החזיר לעצמו את חופש הפעולה.
כעת, דוחף שר הביטחון למבצע נוסף במחנות פליטים נוספים אך לדברי גורמי ביטחון, מפקד פיקוד המרכז לא ממהר לקדם את המבצע הרחב בתקופה הנפיצה. לפי הערכות גורמי ביטחון, זה סלע המחלוקת בין הצדדים ומה שהגביר את המתיחות ביניהם עד הפיצוץ.
בתוך כך, גורמי ביטחון מתעקשים כי הבחירה באלוף דדו בר כליפא כמפקד פיקוד מרכז הבא הוכרעה כבר בחודש מאי בהמלצת הרמטכ"ל רא"ל אייל זמיר אך לא נקבע מועד ההחלפה בגלל סירוב של הרמטכ"ל לעסוק בזה. כך גם על מחליף מפקד אוגדת יו"ש וראש המנהל האזרחי שנותר ללא מפקד מאז שתא"ל הישאם איברהים עבר לכהן כמזכירו הצבאי של שר הביטחון.
לפי גורמי ביטחון וגורמי צבא, העיכוב בשלושת סוגיות כוח האדם נובעות מהמתח בין שר הביטחון והרמטכ"ל על המתרחש באיו"ש. בזמן ששר הביטחון דוחף למבצע רחב, בצה"ל גוררים רגליים בגלל העומס בזירות האחרות ביניהן: לבנון, סוריה, עזה, איו"שׁ ושאר הגבולות.
