היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב-מיארה הגישה הבוקר (ראשון) לבג"ץ את עמדתה נגד מינויו של האלוף רומן גופמן לראש המוסד, וטענה כי בפרשת הפעלת הקטין אורי אלמקייס נפלו פגמים חמורים בטוהר המידות. לדבריה, ההחלטה למנות את גופמן לתפקיד הביטחוני הבכיר ביותר "אינה יכולה לעמוד מבחינה משפטית".
בתגובה שהוגשה לבית המשפט העליון טוענת היועמ"שית כי הליך הבחינה שקיימה הוועדה למינוי בכירים היה פגום, וכי החלטת הרוב שאישרה את המינוי התבססה על תשתית עובדתית חסרה ולא ממצה.
לפי עמדת היועמ"שית, פרשת הפעלתו של אורי אלמקייס, שהיה קטין בעת האירועים, "מטילה צל כבד על טוהר המידות של גופמן וממילא על מינויו לתפקיד ראש המוסד".
במסמך נטען כי גופמן, שכיהן אז כמפקד אוגדה 210, היה מודע להפעלת אזרח ישראלי בידי האוגדה ואף אישר אותה - למרות שלא הייתה סמכות לבצע הפעלה כזו ללא אישור הגורמים המוסמכים. בנוסף נטען כי לאחר מעצרו של אלמקייס לא דווח לגורמים הרלוונטיים כי הופעל בידי האוגדה.
היועמ"שית אימצה למעשה את עמדת המיעוט של יו"ר הוועדה למינוי בכירים, נשיא העליון בדימוס אשר גרוניס, שקבע כי "אין זה מן הראוי למנותו לתפקיד ראש המוסד" בשל פגמים בטוהר המידות.
עוד נטען כי הוועדה לא שמעה עדויות מרכזיות, ובהן את אלמקייס עצמו ואת תא"ל פ', שהיה ראש חטיבת ההפעלה באמ"ן, וכן כי חלק מחברי הוועדה לא נחשפו לכלל המסמכים המסווגים לפני קבלת ההחלטה.
במסגרת התגובה נחשף גם כי לקראת הגשת עמדת היועמ"שית הועבר לידיה מכתב חסוי מטעם ראש המוסד הנוכחי דדי ברנע, שנועד לעיון בית המשפט בלבד בדלתיים סגורות. לפי המסמך, מדובר ב"מסמך מהותי" שמציג את ייחודיות הארגון ואת הרלוונטיות שלה לאופן בחינת טוהר המידות של מועמד לראשות המוסד.
לפי היועמ"שית, מדובר בתפקיד ייחודי ורגיש במיוחד, משום שראש המוסד עומד בראש ארגון שפועל "בחשאיות גמורה" וללא חוק המסדיר את פעילותו, ולכן נדרש רף מחמיר במיוחד בבחינת טוהר המידות של המועמד.
בסיום עמדתה קובעת היועמ"שית כי נוכח הפגמים שנמצאו, יש לקבל את העתירות נגד המינוי ולהורות על ביטול החלטת ראש הממשלה למנות את גופמן לראש המוסד.