בימים אלה פרסם משרד החינוך תיקון לתקנון פרסי ישראל, לפיו "לא יוכל להיות מועמד אדם אשר פעל לנקיטת הליכים משפטיים או מדיניים בינלאומיים, נגד חיילי צבא ההגנה לישראל בשל פעולה שביצעו במסגרת תפקידם, או נגד מדינת ישראל או מי ממוסדותיה, והכל, אלא אם חזר בו מהפעילות, או הביע חרטה בפומבי על ביצוע הפעילות". התיקון נועד לתת כיסוי למקרים בהם סירבו שרי החינוך לאשר המלצות של ועדות השופטים.
בשנת 2021 החליט שר החינוך יואב גלנט שלא לאשר את המלצת ועדת השופטים להעניק את פרס ישראל במתמטיקה ובמדעי המחשב לפרופ' עודד גולדרייך מכיוון שהוא חתם על עצומה הקוראת להחרים את אוניברסיטת אריאל, וכן בשל פנייה שלו לפרלמנט הגרמני לבטל את קביעתה שתנועת החרם על ישראל היא תנועה אנטישמית.
בחודש מרץ השנה סירב שר החינוך יואב קיש לאשר את המלצת ועדת השופטים להעניק את פרס ישראל בסוציולוגיה לפרופ' אווה אילוז "וזאת מן הטעם שהיא פנתה בעבר לבית הדין הפלילי הבינלאומי בפנייה חמורה ולפיה מוסדותיה החוקרים והמשפטיים של ישראל, לרבות בתי המשפט בישראל, אינם חוקרים ברצינות פשעי מלחמה, שביצעה ישראל בשטחים הכבושים בניגוד מוחלט לחוק הבינלאומי".
במקרה כזה קובע התקנון, כי ההמלצה תוחזר לדיון נוסף בוועדת השופטים והמלצתה תהייה סופית, אלא שבדיון המחודש לא הושגה הסכמה פה אחד ובמקרה כזה קובע התקנון שהפרס לא יוענק.
התערבותם של שרי החינוך בהחלטות וועדות השופטים של פרס ישראל זכתה לביקורת נוקבת אך יש לזכור, כי את הדלת להתערבות פתח דווקא בית המשפט העליון.
שמואל שניצר היה מן הפובליציסטים המובילים בישראל. היה זה אך טבעי שוועדת השופטים המליצה להעניק לו את פרס ישראל בתחום העיתונות הכתובה לשנת תשנ"ז. שר החינוך, זבולון המר, אישר את ההמלצה והודיע לשניצר על זכייתו בפרס. ח"כ אדיסו מסאלה עתר לבג"ץ נגד אישור המלצת הוועדה, וזאת בשל מאמר בוטה שפירסם שניצר שבו ביקר את העלאתם של בני הפלאשמורה, בראותו בהם נושאי מחלות שמסכנות את בריאות הציבור.
שר החינוך סירב לחזור בו מהחלטתו, בנימוק ש"הענקת הפרס צריכה להתבסס בראש ובראשונה על בסיס מקצועי". השר ציין כי בדרך זו פעל כל השנים, "גם במקרים בהם הופנה כנגדו לחץ ציבורי כבד לבטל את ההחלטה ".
למרות העובדה ש"מעולם לא עירער שר על המלצת ועדת הפרס, וההמלצות אושרו על ידי הדרג המיניסטריאלי בכל המקרים", החליט בית המשפט לבטל את החלטת השר ולהחזיר את ההמלצה לוועדת השופטים לדיון חוזר במסגרתו "תיתן את דעתה למאמר". בדיון החוזר חזר בו אחד משלושת השופטים מהמלצתו וכך נשלל הפרס משניצר.
הלכת שניצר פילסה את הדרך לשלל עתירות נגד הענקת הפרס לזוכה זה או אחר בגין מאמר או התבטאות. הגיעו הדברים עד כדי עתירה לשלול בדיעבד את הפרס מפרופ' ראובן פויירשטיין וזאת בגין מאמר שפרסם לפני למעלה מיובל שנים כשהוא עצמו הלך לעולמו לפני 11 שנים.
בכל המקרים נדחו העתירות כשבחלק מהן נומקה העתירה בכך שלא הוכח שהשופטים לא היו מודעים למאמר ה"פסול". עד שהגיעה עתירה נגד הענקת הפרס לרב יצחק יוסף וזאת בגין התבטאויות מזעזעות שלו שאף הובילו את נציב התלונות על שופטים ודיינים להמליץ על הדחתו מתפקיד הרב הראשי לישראל ועל העמדתו לדין משמעתי.
הפעם לא יכול היה בית המשפט להיזקק להנמקה המסורתית שוועדת השופטים לא הייתה מודעת להתבטאויותיו. לא נורא. בית המשפט נזקק לתירוץ חלופי: "פרס ישראל נועד, ככלל, לבטא את הערכת המדינה כלפי פועלו המקצועי של חתן הפרס; אך לא כלפי עמדותיו", זאת אף שהתבטאויותיו של הרב היו קשורות לתפקידו.
הלכת שניצר הכניסה את בית המשפט לתסבוכת שהוא מתקשה לצאת ממנה. לא זו בלבד אלא שהיא התבססה על הנחה שגוייה. אחד משלושת השופטים, גבריאל שטרסמן, אישר שהיה מודע למאמר ואילו שופט נוסף, מיכה ינון, סיפר שכלל לא נשאל האם היה מודע לו.
הכותב הוא ראש הוועדה לקשרים אקדמיים בינלאומיים של המרכז האקדמי פרס וסגן נשיא כבוד של האגודה הבינלאומית לשמירה על חופש הדת