תחקיר ראשוני של פיקוד העורף חושף כי ארבעת ההרוגים מהפגיעה הישירה הבוקר (שלישי) בבניין בבאר שבע שהו בתוך ממ"דים בעת הפגיעה, בניגוד להערכות הראשוניות. הפגיעה הקטלנית התרחשה כשאחד משני הטילים ששוגרו לעיר בשעות הבוקר פגע ישירות בקומה השישית של בניין בן שבע קומות, חדר לשתי דירות - והתפוצץ בתוך המרחבים המוגנים. שלושת ההרוגים הם בני אותה משפחה, והרוגה נוספת הייתה בדירה סמוכה.
הירי לעבר ישראל נמשך משעה 04:58 ועד 07:10 - במהלכו שוגרו כ-20 טילים, כל פעם למוקד אחר בארץ, במטחים קטנים בני טיל אחד עד שלושה. לבאר שבע נורו שני טילים: אחד יורט, והשני פגע ישירות בבניין.
במהלך האירועים, עולות טענות קשות מצד תושבי העיר: רבים מהם טוענים שלא קיבלו התרעה מסודרת לפני הפגיעה הקטלנית. לפי העדויות, התקבלה אזעקה ראשונה בשעה 05:07 - אך לאחריה לא נשמעה אזעקה נוספת, למרות שהמטח השני היה הקטלני. "בפעם השנייה לא קיבלו התרעה, אלא רק אזעקה ורבים לא הספיקו להיכנס לממ"ד", נמסר בתקשורת מקומית ובקבוצות התושבים. פיקוד העורף עצמו הודה כי שגה בכך ששחרר את האזרחים מהמרחב המוגן מוקדם מדי לאחר המטח הראשון.
נזק רב - ארבעה הרוגים ו26 פצועים
עדות קשה במיוחד מהשטח מספר יצחק בן שבת, שהגיע למקום זמן קצר לאחר הפיצוץ: "הגעתי לפה במהירות כדי לעזור. נכנסתי, וראינו פצועים אנוש. הדלת של הממד עפה, הקומות נפלו, הממ"דים לא עזרו", תיאר. "נכנסו לממד, היה פיצוץ גדול. יצאו מהבניין וראינו שכל הבניין הסמוך נפגע, ממש נהרס".
התוצאה קשה: ארבעה הרוגים, 26 פצועים ונזק רב למבנה ולבניינים סמוכים. "מדובר באירוע מורכב ומשמעותי", אמר מפקד מחוז דרום, ניצב חיים בובליל, בזירה עצמה. "סמוך לשעה שש בבוקר הורה מטח משמעותי לכיוון המחוז. יש פגיעה ישירה בבניין בבאר שבע. לצערי, יש נזק רב. מבנים נוספים נפגעו כתוצאה מהדף. אנחנו מדווחים לצערי על ארבעה הרוגים שפינינו מתוך המבנה".
לדבריו, עיקר המאמץ מתמקד כעת בסריקות לאיתור נעדרים. "אנחנו סורקים חדר-חדר. חיילי פיקוד העורף במבנה ויש חשש לקריסה. הסריקות מבוצעות באופן מבוקר. יש פה שלושה מבנים מאוכלסים גדולים עם אוכלוסייה רבה. פינינו אותם למרכזי החוסן יחד עם העירייה. אנחנו משתדלים לתת להם מענה ראשוני עד פתרון יותר מסודר. האירוע בשליטה".
בובליל הדגיש גם את הסכנה שבנוכחות אזרחים במקום: "יש פה מאות אזרחים. זה מותר ומסוכן ומשבש את עבודת המשטרה. אל תגיעו לפה. חשוב לשמור על הצירים פנויים". לדבריו, "אין לנו דיווח שמישהו אומר שחסר לו אדם, אבל אנחנו רוצים להיות בטוחים".