מועצת הרבנות הראשית לישראל עדכנה אמש (ראשון) את בג"ץ שהרב דוד יוסף אמנם מוסמך לכהן בתפקיד רב עיר, אך בניגוד לטענתו כפי שנמסרה לבג"ץ הוא לא עבר בחינות בעל פה ובכתב על מנת לקבל את תעודת רב העיר, אלא תעודה זו ניתנה לו תוך כדי שהוא קיבל פטור מלעבור בחינות. יש לציין כי ישנה אפשרות חוקית לקבל תעודה כזו על בסיס פטור שניתן על ידי מועצת הרבנות הראשית לישראל.
תגובת מועצת הרבנות הראשית נמסרה לבג"ץ על ידי פרקליטות המדינה, והיא נמסרה בעקבות עתירה שהוגשה על ידי עו"ד אילן קמינצקי, יו"ר נציגות בתי הכנסת הציוניים בירושלים, שטען כי יש לפסול את מועמדתו של הרב יוסף מתפקיד הרב הראשי הן בשל התבטאויות חריפות שהיו לו בעבר כלפי ציבורים שלמים בחברה הישראלית. התבטאויות שבגינם הרב יוסף היה צריך לעמוד לדין משמעתי, אך במקום זאת הוא בחר לפרוש מתפקידו כרב שכונת הר נוף בירושלים, והן בשל כך שתעודת הסמכות לכהן כרב עיר ניתנה לא ללא מבחנים.
אמש הודיעה הפרקליטות כי יש לדחות את העתירה משום שמדובר בעתירה מוקדמת, וכי הרב יוסף לא נבחר לתפקיד: "המדינה סבורה כי אין מקום בנקודת הזמן הנוכחית לבירורה של העתירה דנן - אשר הלוז שלה ועיקרה הוא למעשה כנגד כהונתו של הרב יוסף כרב הראשי לישראל - טרם שנקבעו המועמדים לרבנים הראשיים לישראל והתקיים הליך הבחירות למשרת הרבנים הראשיים לישראל, ועל כן מדובר למעשה בעתירה תיאורטית ומוקדמת, שדינה להימחק בשל כך. עמדת המדינה היא כי המועד המתאים לבירור שיפוטי של הטענות המועלות בגדרה של העתירה יהיה, אם בכלל, לאחר קיום הבחירות, ככל שמשיב 4 ייבחר לתפקיד הרב הראשי לישראל".
הרב דוד יוסף הוא בנו של הרב עובדיה יוסף ואחיו של הרב הראשי הספרדי הנוכחי יצחק יוסף, ונחשב קרוב לאריה דרעי. בשנת 2021 ניתן פסק דין על ידי שופטי בג"ץ יצחק עמית, ענת ברון ויעל וילנר, שקבע כי בעקבות פרישתו של הרב דוד יוסף מתפקיד הרב הראשי לשכונת הר נוף בירושלים, בית המשפט העליון לא יתערב בהחלטה שלא להעמיד אותו לדין משמעתי. עוד נקבע כי ככל שהוא ירצה להתמודד שוב לתפקיד בשירות המדינה, העמדתו לדין משמעתי תצטרך להישקל מחדש. כעת, כאמור, הוא שואף להתמנות לתפקיד הרב הראשי לישראל.
האמירות שבגינם הוא היה צריך לעמוד לדין נגעו ליחסו לנשות הכותל: "המטומטמות האלו מניחות תפילין, הן בועטות ברגל גסה בדברי חז"ל, כן? אז הן אפיקורסיות ממש... נשות הכותל זה פריצות". וכן לגבי התנועה הרפורמית: "הרשע של ההגדה זה הרפורמי", "צריך לעמוד בכל מקום ולספר את השקר של הרפורמים. התנועה שלהם, כל המהות שלה הייתה להידמות לגויים. הם בנו את הטמפל שלהם כמו כנסייה של נוצרים".