ראש הממשלה בנימין נתניהו ובני משפחתו מתכננים להיכנס למתחם הבונקרים התת קרקעי בירושלים שנועד לשמש את בכירי המדינה במקרה של מתקפה איראנית על ישראל בתגובה לחיסולים האחרונים. כך אמרו לוואלה מקורות בסביבת נתניהו.
בימים האחרונים פורסם כי שב"כ הכין לפעולה את בונקר הפיקוד התת קרקעי, המכונה המרכז לניהול משברים לאומיים (המנ"ל), שממוקם בעומק האדמה באזור ירושלים וממנו ראש הממשלה והממשלה אמורים לנהל את המדינה בחירום. לפי המקורות בסביבת רה"מ, גם רעייתו שרה נתניהו ובנו יאיר נתניהו, שנמצא כעת בישראל ולא במקום מגוריו במיאמי, מעוניינים להיכנס לבונקר המבוצר והממוגן ובוחנים את האפשרות ללון שם, אם וכאשר המתקפה האיראנית תתחיל. בלשכת ראש הממשלה מסרו בתגובה: "פייק ניוז. לא היה ולא נברא".
במשפחת נתניהו, כך לפי המקורות, חוששים מאיומים איראניים מפורשים על נתניהו שנשמעו בימים האחרונים, כמו חבר פרלמנט איראני שצוטט אתמול בכלי התקשורת אומר "לא נסתפק בפחות מראשו של נתניהו". לפי דיווח של אהוד יערי בחדשות 12, בעיתון שמזוהה עם המנהיג העליון באיראן נכתב כי התגובה האיראנית תכוון אל "מקומות המגורים של ראשי הפושעים".
המנ"ל הוא מתקן סודי ורגיש באזור ירושלים שהוקם בעלות של מיליארדים בעקבות המלצות ועדת וינוגרד אחרי מלחמת לבנון השנייה, שנועד לשמש את קברניטי המדינה ובכירי הצבא והממשלה לשהיה ממושכת בחירום ומשבר. המתקן יושב במתחם בונקרים אטומי תת קרקעי שממוגן מפני כל איום ומאפשר תקשורת מוצפנת עם גורמים חיצוניים וכן רמת מידור גבוהה יותר של הישיבות. בדומה ל"בור" בקריה, הגישה אליו אמורה להיות מוגבלת לגורמים ביטחוניים ומדיניים מסווגים בלבד.
בזמן התקיפה הקודמת של איראן על ישראל, בחודש אפריל, נתניהו ורעייתו עברו להתגורר בבית משפחת המיליארדר סיימון פאליק בירושלים, בו, לפי דיווחים, קיים מקלט מתקדם נגד טילים. כך גם בשבועות הראשונים של מלחמת ה7 באוקטובר, משפחת נתניהו עברה להתגורר בבית מקורבם פאליק, וחילקו את זמנם בין בין הבית שלו למעונם הפרטי בקיסריה, שנמצא כעת בשיפוצים. בנו הבכור של נתניהו, יאיר, ששהה במשך רוב חודשי המלחמה במיאמי, הגיע באחרונה לישראל; ולפי דיווח של העיתונאי אורי משגב, הוא שב לארץ עם הוריו מארה"ב בחשאי במטוס כנף ציון.