על רקע המגעים לעסקת חטופים, והמשך התמרון ברצועת עזה, לוואלה נודע כי בישראל חוששים שמצרים מעוניינת לתאם עמדות עם חמאס בכל מה שקשור להחזרת השליטה המצרית בציר פילדלפי ובמעבר רפיח. זאת אחת הסיבות שהמשא ומתן נמצא בשלב רגיש במיוחד, בו שני הצדדים בוחנים את האלטרנטיבות ליום שאחרי. ראש השב"כ רונן בר ערך נסיעה למצרים שנסובה סביב הנושא הזה, שם ישמע את העמדה המצרית, ויעביר את ההתעקשות הישראלית סביב הנושא הביטחוני וסיכול הברחות.
בחודשים האחרונים, וחרף הלחץ האמריקני, אוגדה 162 בפיקודו של תא"ל איציק כהן השתלטה על מעבר רפיח וציר פילדלפי, ומנהלת תמרון עצים במרחב העיר רפיח. במהלך התמרון, התגלו לאורך ציר פילדלפי עשרות מנהרות תת קרקעיות. תשתיות מתקדמות לטרור ולהברחות התגלו במעבר רפיח.
לפי הערכות בישראל, השתלטות הישראלית על ציר פילדלפי ומעבר רפיח גורמת לפגיעה קשה בבניין הכוח של חמאס, וביכולתו לשקם את עצמו. בעוד כל הערכות אמרות כי ארגון הטרור חדל מלהתקיים כמסגרת צבאית בתוך הרצועה, חמאס עושה כל שביכולתו כדי להפגין משילות, להשיב לעצמו את גביית המיסים ולשקם את כוחו. לשם כך, הוא פועל להברחת אמצעי לחימה, תחמושת, ציוד צבאי, חומרים דו שימושיים, ואמצעי ייצור כמו מחרטות.
גם בקרב המצרים סוגיית השליטה הישראלית בפילדלפי ובמעבר רפיח מעוררת ביקורת חריפה. בעוד מצרים עצמה מפסידה את הכסף שהיא מרוויחה בדרך כלל ממכירה, שינוע וגביית מיסים על הסחורות לרצועת עזה, הדבר מעורר כעס גם בקרב חוגים מסוימים בצבא המצרי, בקרב השבטים בסיני ואנשי העסקים בקהיר. לכן ראש המודיעין המצרי עבאס כאמל מעורב בעניין אישית, ולוחץ להחזיר את השליטה המצרית כמה שיותר מהר. בזמן שישראל רוצה להגיע להסכמות עם ארה"ב, קטאר ומצרים על מתווה שיאפשר להשמיד את כל המנהרות, ולפקח על הנעשה בציר גם בהמשך.
לפי מקורות בישראל, אחד מסלעי המחלוקת לגבי התקדמות ההסכם זה אופן השליטה על מעבר רפיח וציר פילדלפי. גורמי ביטחון אמרו כי אם הדרג המדיני לא ייצור תשתית קשוחה וברורה לרפיח ולציר, בגיבוי ובערבות ארה"ב, כל ההישגים של צה"ל בתשעת החודשים האחרונים עלולים לרדת לטמיון. אחד הגורמים אמר לוואלה כי ברגע שחמאס יקבל שליטה ולו חלקית מאוד בציר פילדלפי, או יכולת קלושה לבצע הברחות, ארגון הטרור לא יתמקד בהכנסת מזון לרצועה אלא אמצעי לחימה ותחמושת כדי להמשיך להילחם נגד ישראל.
הערכה במערכת הביטחון כי צה"ל הניח את כף רגלו על הצוואר של חמאס, ולכן, חרף השיח על מעבר לשלב ג' בו יובצעו יותר פשיטות ממוקדות, יש להמשיך ולהעמיק את ההישג בהרחבת מרחב החיץ סביב ציר פילדלפי וכך להעמיק את השליטה בו. זאת אחת הסיבות שרה"מ ושר הביטחון לחצו בשבועיים האחרונים על צה"ל להגביר את האש נגד חמאס, ולכופף את ידו של הארגון אף יותר. סיכול ממוקד של מח"ט חאן יונס, וככל הנראה, גם של מוחמד דף מסייעים להגברת הלחץ על חמאס.