לשכת ראש הממשלה, בנימין נתניהו, הגיבה הערב (שני) על שחרור מנהל בית החולים שיפא: "תקלה חמורה וכשל מוסרי. איש זה, שתחת אחריותו נרצחו והוחזקו חטופינו, מקומו בכלא. כבר בשעות הבוקר הנחה רה"מ לבצע בירור יסודי כיצד קרה הדבר".
עוד נמסר בהודעת לשכת נתניהו כי "ראש השב"כ צפוי להציג את מסקנות התחקיר לראש הממשלה ביממה הקרובה. ההחלטה על שחרור מנהל שיפא התקבלה ללא ידיעת הדרג המדיני או ראשי הארגונים. כדי שתקלה כזו לא תקרה שוב, הנחה רה"מ על הקמת צוות שיבחן ויאשר את זהות העצירים שחקירתם הסתיימה טרם שחרורם. הצוות יכלול נציגים של משרד הביטחון, צה"ל, השב"כ והמל"ל".
מנהל בית החולים שיפא שוחרר היום יחד עם כ-50 אסירים פלסטינים נוספים מבית הכלא בישראל בחזרה לרצועת עזה. דבר שחרורו של מנהל בית החולים שיפא עורר סערה באופוזיציה וגם בממשלה. השרים זעמו בקבוצת הוואצאפ של הקואליציה ודרשו הבהרה משר הביטחון ולפטר את ראש השב"כ.
בניגוד להודעה שנמסרה הערב, בלשכת ראש הממשלה הגיבו בבוקר לסערה שנוצרה וטענו כי "ההחלטה על שחרור האסירים באה בעקבות דיונים בבג"ץ בעתירה נגד החזקת אסירים במתקן המעצר שדה תימן. זהות האסירים המשוחררים נקבעת באופן עצמאי ע"י גורמי הביטחון על פי שיקוליהם המקצועיים. ראש הממשלה הנחה לערוך בירור מידי בנושא".
נתניהו טוען כי הדרג המדיני לא ידע על השחרור של מנהל בית החולים אך לא מתייחס בתגובתו כלל למצוקת מקומות הכליאה של האסירים הביטחוניים בשל הצפיפות במתקני הכליאה של השב"ס - שמוכרת לו ולכל שרי הממשלה היטב מאז הקמתה וביתר שאת מאז מלחמת חרבות ברזל.
רק באפריל האחרון הממשלה אישרה קיצוץ רוחבי של כ-600 מיליון שקלים בכל המשרדים למימון תוספת מקומות הכליאה. מבחינה מינסטריאלית, האחריות למתקני הכליאה של השב"ס היא על השר לביטחון לאומי, איתמר בן גביר, שקיבל תוספות תקציב נוספות בתקציב המלחמה כדי להתמודד עם הגידול במספר האסירים הביטחוניים אך לא עשה את הצעדים הנדרשים - כך לפי השב"כ.
נתניהו וחברי הקבינט המדיני ביטחוני ידעו גם על הצורך הקונקרטי בשחרור 120 מחבלים כדי לפנות מקום למחבלי נוחבה שנכלאו בשדה ניצן. לפי דיווח בחדשות 13 הנושא עלה בישיבת הקבינט המדיני ביטחוני האחרון והמל"ל - גוף שכפוף לרה"מ - עדכן את נתניהו והשרים כי נערכה עבודת מטה בנושא.