לפי דיווחים פלסטינים, צה"ל החל לרדד כוחות לוחמים באזור בית החולים שיפא ונסוג לאחור. גורמי ביטחון הסבירו כי בימים האחרונים הוצגו ההישגים לרמטכ"ל רא"ל הרצי הלוי ולשר הביטחון יואב גלנט והובהר כי הפעילות הגיעה למיצוי. מדובר בסיומה של פעולה שנייה במתחם בית החולים, שהפתיעה את בכירי חמאס וכללה מעצרים של מפקדים בכירים בארגון הטרור והריסת התשתיות באזור באופן מוחלט.
הפעולה הראשונה בבית החולים שיפא בראשית המלחמה שברה את מחסום הפחד בצה"ל והדרג המדיני. הפעולה הבהירה כי ניתן לפעול בתוך בית חולים, שהפך למפקדת טרור שחלקה נחפרה מתחת לקרקע. כוחות צה"ל השתלטו על המתחם ללא ירי של כדור אחד, אך יחד עם זאת צריך להדגיש כי לא היתה הלימה מובהקת בין התמונה שהציג דובר צה"ל לפני הפשיטה להיקף הממצאים בשטח. בכל זאת, צה"ל הוכיח את השימוש הציני והאכזרי שעשה חמאס בבית חולים לצורכי טרור, אחסנת אמצעי לחימה, תחמושת, והקמת חמ"לים.
לאחר שצה"ל נסוג מבית החולים שקעה המחשבה בקרב ראשי חמאס כי צה"ל לא יחזור אל המתחם הרפואי, במיוחד אחרי הביקורת החריפה בזירה הבינלאומית נגד פעילות צה"ל בבתי החולים בדרום הרצועה. לכן, החלו מפקדי שטח בכירים להתכנס שוב בבית חולים ולהקים חדרי פיקוד ולארגן מחדש את הפעילות. חמאס ניסה להשיב את השליטה על השטח ולהיערך להוציא אל הפועל פיגועים.
חמאס הופתע מאוד מהפעולה המהירה של אוגדה 162, בפיקודו של תא"ל איציק כהן, שהוכתרה כאחת הפעולות המבריקות והיצירתיות מאז תחילת המלחמה. מפקד האוגדה לקח סיכון מחושב כשכיתר את המתחם בלוחות זמנים קצרים כדי למנוע בריחה של מבוקשים מהמתחם ופעילי טרור, סיכון שהצליח בגדול.
תא"ל כהן הגיע לכמות הישגים כבירה בפעילות בשיפא. השליטה של צה"ל בשטחי רצועת עזה אפשרה כיתור, הגעה למתחמים מורכבים כמו בית חולים - שהוקף בינתיים בהגנות של חמושים, חוליות נ"ט, מטעני חבלה. בנוסף לזה, מפקדים התעקשו לטהר מתחמים שכבר צה"ל היה בהם, עוד דבר שהתברר כהצלחה.
עוד בנושא בית החולים שיפא:
בפעולה השנייה, הלחימה בשיפא כללה הרג של למעלה ממאה מחבלים ומאות עצורים. בין המחבלים שנעצרו נמצאים מפקדים בכירים בחמאס, שאת מרבית שמותיהם צה"ל לא פרסם אך הבהיר כי יש להם ערך מודיעיני גדול. חלק מהמפקדים שנעצרו עמדו בקשר עם צמרת חמאס, כשהם מבינים את ההיגיון הצבאי של הארגון וכוונותיו העתידיות, מכיר את שיטות הפעולה, התשתיות וסודות נוספים.
במערכת הביטחון מעריכים כי הפעולה של אוגדה 162, בפיקודו של תא"ל כהן בשילוב שייטת 13 וכוחות נוספים, ישנו את כללי המשחק בלחימה נגד חמאס - במיוחד לקראת תמרון למחנות המרכז, רפיח ובכלל. אחד מגורמי הביטחון מסר לוואלה! כי חמאס הופתעו, וכעת אין להם לאן לחזור. "התשתיות נהרסו, לכן לא היה להם ספק לרגע שהם ישתמשו בבית החולים שיפאא כמפקדה פעם שנייה", אמר הגורם. "אין להם משהו אחר, לא עניין שיש חולים בבית החולים - מבחינתם זה מגן אנושי".
"הם היו בהלם שצה"ל חזר", המשיך הגורם הביטחוני. "אחרי שאפשרו להם להכנע וחלק מהם בחר להילחם? בית החולים כבר לא נראה אותו דבר. הם פשוט חילקו את בית החולים לארגוני טרור, חלק לחמאס, לג'יהאד אסלאמי ואחרים. עכשיו הם יצטרכו לחשב מסלול מחדש בחלקים נוספים ברצועת עזה".