הדרישה של יו"ר יהדות התורה השר יצחק גולדקנופף לעצור את עבודות רכבת ישראל בשבת החזירה את המערכת הפוליטית לסערה דומה שהתרחשה לפני חמש שנים שבסיומה התפטר שר הבריאות יעקב ליצמן מתפקידו בממשלה. אז, כמו היום, הכול החל במכתב דרישה של ליצמן לעצור את העבודות, בהמשך מהתעלמות של ראש הממשלה, השרים וגורמי המקצוע ועד לרגע שבו כבר לא היה ניתן להחזיר את הגלגל לאחור. ההתפטרות של ליצמן עוררה כאב ראש לנתניהו, אך לא הפילה או פגעה משמעותית בממשלתו.
שני אירועים בהיסטוריה הפוליטית של ישראל הובילו להפלת ממשלות - בדצמבר 1976 פרץ משבר השבת הראשון שהוביל להפלת הממשלה ולהקדמת הבחירות. הסיבה: טקס ממלכתי לקבלת מטוסי F15 הראשונים בישראל, שהתקיים בבסיס תל נוף בצהרי יום שישי והתארך לאחר כניסת השבת, מה שגרם לחילול שבת של שרים בממשלה. בעקבות כך הגיש ח"כ הרב קלמן כהנא מפועלי אגודת ישראל הצעת אי-אמון בממשלה שבה נמנעו שניים משלושת שרי המפד"ל. ראש הממשלה דאז יצחק רבין נקט בצעד שכונה מאוחר יותר כ"התרגיל המבריק" - הוא בחר לראות בהצבעתם כהתפטרות ופיזר את הכנסת, מה שהוביל לבחירות מוקדמות ולעלייתו של הליכוד ומנחם בגין לשלטון.
בספטמבר 1999 פרץ משבר השבת החמור השני, שנקרא "משבר המשחן". הרקע: מבצע להעברת משחן - חלקי ענק של טורבינות של חברת החשמל - שהוחלט לקיימו בשבת כדי לצמצם ככל האפשר את שיבושי התעבורה. התוצאה הייתה פרישת יהדות התורה מהקואליציה של ממשלת אהוד ברק. המפלגה לא הייתה חברה בממשלה, שהמשיכה לכהן עד דצמבר 2000, אולם משבר המשחן היה הסמן הראשון לסדקים בה.
גולדקנופף הוא שחקן חדש בממשלה ובכנסת והחליף את קודמו בתפקיד - יעקב ליצמן. בתפקידו הקודם כיהן כיו"ר הוועדה למען השבת, הגוף שהיה אחראי על החרם החרדי נגד אל-על ורשת המזון AM-PM שפעלו בשבתות. גולדקנופף אינו שחקן עצמאי, גם הוא כמו ליצמן הוא נציגו של האדמו"ר מגור, רבי יעקב אריה אלתר. האחרון ידוע בקנאותו סביב ענייני שבת במרחב הציבורי, וגם במשבר הרכבת האחרון הוא זה שהורה לליצמן להניח את המפתחות ולהגיש את התפטרותו עד שחזר לשולחן הממשלה כעבור תקופה קצרה.
המשבר החל בחודש ספטמבר 2017 - לראשי המפלגות החרדיות הגיע מידע פנימי כי נתניהו שכיהן אז כראש הממשלה מתכוון להעניק היתר קבוע לפעילות של ענף הכדורגל בשבת, זאת בעקבות עתירה שהגושה בבג"ץ. הם מחו על כך, ובין ההסכמות, שר העבודה והרווחה דאז, ח"כ חיים כץ מהליכוד, התחייב כי לא יבוצעו עבודות תשתית ברכבת ישראל למשך תקופה של חודש ימים - במהלך החגים. אלא שעברו חודשיים, וליצמן שקיבל דיווחים על העבודות שנעשו בסופי שבוע - העביר מסר ללשכת נתניהו שיחרים את ההצבעות בוועדות השרים ובממשלה אם לא יקבל התחייבות שהן ייעצרו.
החרדים ונתניהו נפגשו באותה תקופה מספר פעמים, ועל השולחן עלו מספר הצעות כמו קידום חקיקה שבמסגרתה ייקבע כי אישור העבודות יינתנו תוך התחשבות ב"מסורת ישראל" או שהעבודות בסוף השבוע יבוצעו רק על ידי עובדים שאינם יהודים. באחד מסופי השבוע של חודש נובמבר הקשיח ליצמן את עמדתו, זאת בהוראת פטרונו הרוחני וביקש לעצור את כל העבודות שיבוצעו באותה שבת.
הוא הסביר אז למקורביו כי אינו מעוניין בבחירות כי מדובר ב"קואליציה טובה", אבל לטענתו "יש דברים שהם מעבר להישגים". לאחר שדרישתו לא התקבלה - ליצמן התפטר מתפקידו כשר הבריאות, והתפטרותו העמידה מעט במבוכה את שאר חבריו החרדים שלא נקטו בצעדים משמעותיים מלבד מחאה תקשורתית פומבית. עם זאת, הם התנחמו בכך שליצמן חזר לשולחן הממשלה מאוחר יותר.
בהסכם הקואליציוני האחרון שנחתם עם סיעות ש"ס ויהדות התורה נקבע כי נציג הרבנות הראשית לישראל יהיה חבר בוועדה למתן היתרי עבודה בשבת, זאת בניגוד למצב כיום. החרדים כנראה עוד לא הספיקו לממש את ההסכם, וגם אם כן - לא בטוח שהמציאות תשתנה. קשה לראות איך המשך העבודות יגרמו בתקופה כה מוקדמת של הממשלה למשבר קואליציוני משמעותי - אך מכתב של יו"ר יהדות התורה יכול גם לבסוף להגיע עד כדי התפטרות.