קהל רב גדש את היכל המוזיאון הטכני בקרקוב כשהתנועות הציוניות בעיר ערכו במקום אסיפה במחאה על יחסה האדיש של ממשלת רוסיה לפוגרום האכזרי ב-20-19 באוקטובר 1905, בו נרצחו 19 יהודים בעיר קישינב. באותן פרעות נפצעו מאות ובתי עסק רבים נבזזו ונהרסו. היה זה רק שנתיים וחצי אחרי הטבח ההמוני בו נרצחו בקישינב 49 יהודים. הזעזוע והכעס בקרב קהילות יהודיות ברחבי העולם היו גדולים. באסיפה בקרקוב הביעו הדוברים את זעמם על ממשלת רוסיה ופנו לממשלת אוסטריה כי תפעל בדרכים דיפלומטיות כדי להגן על יהודי רוסיה. הם גם פנו לבעלי ההון היהודים להחרים את ממשלת רוסיה.
"ההחלטות התקבלו בתרועה", נכתב ב-24 בנובמבר 1905 בעיתון "המצפה" שיצא בקרקוב, או "קרקא" כפי שנכתב בעיתון. "הסוציאליים הקימו שאון גדול, עד שהכרח היושב ראש לנעול את האספה בלא עתה. אחרי תום האסיפה עשו 'פועלי ציון' הפגנה בחוצות וישאו דגל שחור ודגל ציוני בראשם".
לקריאה נוספת בנושא מחאת הדגלים השחורים
הדיווח החדשותי בשבועון, שנכתב בעברית ושיצא בקרקוב בין השנים 1921-1904, מדווח על תהלוכת הדגלים השחורים הראשונה שיש לה אזכור בעיתונות בעברית. כן, מתברר כי גל המחאות ששוטף את ישראל בחודשים האחרונים, שאחד מסמליו הוא הנפת דגלים שחורים, נחשב ביטוי מקובל להבעת אבל או מחאה כבר יותר ממאה שנה.
מעיון באתר "עיתונות יהודית היסטורית" המחודש של הספרייה הלאומית ניתן ללמוד על ביטויי מחאה באמצעות הנפת דגלים שחורים בהקשר היסטורי רחב; כך אפשר למצוא כי 35 שנה אחרי ההפגנה בקרקוב פרסם עיתון "העולם" ב-25 בינואר 1940, קריאה למחאה חריפה והפגנה הכוללת הנפת דגלים שחורים נגד היחס ליהודי אירופה. וכך נכתב בשבועון שיצא לאור בין השנים 1907 ל-1950 והיה ביטאונה של ההסתדרות הציונית (השיבושים הלשוניים במקור): "ביום ראשון בשעה ארבע אחה"צ, יתאספו 300 רבנים שזכו לנתינות אמריקאית, לבלטימור, למקום קבוע, ומשם יוצאים ברגל כל אחד דגל שחור בידו, לעיר הבירה וואשינגטון, כדי להתייצב בפני הנשיא רוזבלט ולבקש ממנו, שהוא ישתדל בדבר שהרדיפות על אחינו בני ישראל בארצות שמעבר לימים יופסקו. החל מיום השישי, ערב הצום יהיו תלויים על כל בתי הכנסיות שבאמריקה וקנדה דגלים שחורים - אות אבל".
שנתיים אחר כך התקיימה הפגנה דומה בארץ ישראל, עליה נכתב בעיתון "הצפה" ב-26 בנובמבר 1942: "אלפי אנשים יצאו אתמול בתל אביב להפגנה ספונטאנית לרחובות העיר, מדוכאים מבשורות הזוועה מפולין. בשעה עשר בבוקר התאספו עשרות אנשים ברחוב נחלת בנימין ליד משרדי הסוכנות היהודית והתחילו לצעוד עם דגל שחור לבניין העירייה".
גם שאלת המהגרים החוקיים וכאלה שאינם חוקיים אינה סוגייה חדשה, ומתועדת בהקשר של מחאת הדגלים השחורים. כך, אפשר למצוא בעיתון "דאר היום" מ-7 אפריל 1925 דיווח על הפגנה גדולה שנערכה ברחובות סלוניקי בשעה שבעיר כונסה ועידה שדנה בנושא פליטים יוונים שגורשו מטורקיה. וכך נכתב בכתבה: "בשעת הפתיחה נערכה הפגנה עצומה של כל אלה שגורשו מתורקיה. במקומות רבים הורמו דגלים שחורים לאות אבל ולאות מחאה".
דוגמה נוספת למחאה פוליטית של שקיבלה ביטוי בדרך של הנפת דגלים שחורים היא מחאה שהביעו ערביי ירושלים לציון יום השנה ה-12 להצהרת בלפור. המחאה מתוארת בעיתון "דאר היום" ב-3 בנובמבר 1929 (הטעויות במקור): "ירושלים קיבלה אתמול פני עיר שובתת כולה. הדגלים השחורים שהיו תלויים על החנויות נתנו לעיר השובתת צורה מיוחדת. גם חנויות הערבים ברובעים היהודיים, כגון שני בתי הקפה שבשכונת נחלת שבעה, גם שתי המספרות, ומצחצח הנעלים הארמני אשר רוב לקוחותיהם הנם יהודים, נסגרו כאות מחאה להצהרת בלפור. בוודאי ידעו הלקוחות היהודים להסיק מזה את המסקנא הדרושה. לא כל הנוצרים שברחוב יפו ורחוב טנקרד תלו דגלים שחורים".
המובאות ההיסטוריות למחאות הדגלים השחורים הוצאו כאמור מתוך אתר העיתונות ההיסטורית של הספרייה הלאומית. בימים אלו עלה האתר והוא כולל 537 עיתונים שיצאו בשלושים מדינות. אוסף העיתונות היהודי והישראלי הדיגיטלי של הספרייה הלאומית בישראל, נחשב לאחד הגדולים - בוודאי מבחינת הגיוון הגיאוגרפי והלשוני שלו - והוא מהווה מאגר עשיר ונדיר של עיתונים מודפסים - החל מסוף המאה ה-18 ועד לימינו אנו, ובמעל 15 שפות שונות.
בין העיתונים שנסרקו ונגישים באתר: "המאסף" - מהעיתונים היהודיים הראשונים שיצא בפרוסיה מסוף המאה ה-18; עיתוניו של אליעזר בן יהודה שיצאו לאור בארץ ישראל החל מסוף המאה ה-19 - "הצבי", "חבצלת" ו"השקפה"; העיתונות בערבית מתקופת המנדט הבריטי והאימפריה העות'מאנית; העיתונים שיצאו לאור בישראל לאורך מרבית המאה ה-20 ונסגרו במהלך שנות ה-80 וה-90 כמו דבר, הצופה ועל המשמר, לצד עיתונים שיוצאים לאור ברציפות כבר עשרות שנים ובהם מעריב והארץ; חלק מעיתוני הילדים שיצאו בארץ מחצית השנייה של המאה הקודמת; מאות עיתונים יהודים מקהילות יהודיות בכל רחבי תבל במגוון שפות: אנגלית, יידיש, לאדינו, ערבית-יהודית, ספרדית, פולנית, רוסית, ועוד.
לדברי אייל מילר, מנהל אתר עיתונות היסטורית, "ייחודו של האתר החדש הוא בכינוסם של אתרים שונים תחת קורת גג וירטואלית אחת. יש בו את אתר העיתונות היהודית ההיסטורית (בשותפות עם אוניברסיטת תל אביב); את ג'ראייד - ארכיון עיתונות בערבית בארץ ישראל העות'מאנית והמנדטורית; את עיתונות ילדים של פעם וכן את e-תונות - אתר העיתונות היומית היוצאת לאור בישראל".
באתר החדש אפשרות לבצע חיפוש רוחבי ומתקדם על כל אוסף העיתונות הדיגיטלית, לרבות אפשרות לצפות בכל העיתונים שיצאו לאור לפי תאריך מסוים, אפשרויות חיפוש וסינון לפי פרמטרים של שפה, תדירות הופעה, לפי מרחב גיאוגרפי ועוד. כמו כן, נמצאת באתר מערכת תיוגים מתקדמת ברמת כתבה, גיליון וכותר שמאפשרת לכל אחד לתרום ולהעשיר את המידע על האוסף.
לדברי מילר "אתרי העיתונות ההיסטורית והדיגיטלית של הספרייה הלאומית נחשבים לאהודים ולפופולריים מאוד הן בקרב הציבור הרחב והן על קהילת החוקרים בכלל ואנשי תקשורת בפרט".
לדברי מנהל הספרייה הלאומית, אורן וינברג, האתר החדש אינו גרסה חדשה לאתר העיתונות הישן, אלא עולם חדש לחלוטין המכיל מגוון רחב יותר של מידע. "לא תרגמנו מערכת אחת למערכת שנייה, אלא נעשה ניסיון אמיתי לבנות מערכת חדשה ומתקדמת שתיתן מענה לצרכים המגוונים של הקהל", אמר. "זו מערכת שנבנתה במחשבה על ציבור המשתמשים, ואנו נעשה כל מאמץ להמשיך ולפתח ולעדכן אותה כדי שתעמוד בסטנדרטים הגבוהים ביותר".