מרכיב משמעותי במלחמה החשאית של ישראל וארצות הברית בתכנית הגרעין של איראן הוא התמקדות במדענים העוסקים בתחום, ועשויים להביא לפריצת דרך בהיבט הצבאי שלו, אם וכאשר טהראן תבחר במסלול זה.
המצוד אחרי המוחות האיראנים אפיין את תחילת העשור הקודם במלחמה, אז חוסלו ארבעה מדענים בתוך שנתיים, בימים שבהם הנשיא מחמוד אחמדינג'אד האיץ את פיתוח תכנית הגרעין. לצד הפגיעה הפיזית במתקנים, כמו עם וירוס סטוקסנט שעשה שמות בצנטריפוגות, המטרה, לפי פרסומים זרים, הייתה לשלול מטהראן את הידע הטכנולוגי הדרוש לשלבים הרגישים של התכנית.
אחרי הפוגה מסוימת לאחר ההסכם בין איראן לבין המעצמות ב-2015, התחדשה המלחמה בתכנית הגרעין ביתר שאת לאחר שנשיא ארצות הברית דונלד טראמפ פרש מההסכם ב-2018. ארצות הברית, בעידוד ישראל, סברה כי "הלחץ המקסימלי" יחזיר את איראן לשולחן המשא ומתן, אך היא הפרה בתגובה לסנקציות האמריקניות את מחויבויותיה שלה וחזרה להעשיר אורניום בקצב מואץ, תוך שימוש בצנטריפוגות מתקדמות.
ייתכן שלמוחסן פחריזאדה, מי שנחשב לאבי תכנית הגרעין הצבאית של איראן, הייתה מעורבות רבה בפעילות הגרעינית המתחדשת אחרי שנים שבהן ההערכה הייתה שהוא נדחק לשוליים. וגם אם לא והפגיעה בו הייתה יותר סמלית ונועדה לשלוח מסר לאיראן לקראת תום כהונת טראמפ, היא עדיין משמעותית ובעלת השלכות פסיכולוגיות על מדעני גרעין אחרים באיראן.
גל חיסולי המדענים החל ב-2010. ב-12 בינואר באותה נהרג מסעוד עלי-מוחמדי בפיצוץ מטען שהופעל מרחוק. באופן רשמי תואר הפרופסור לפיזיקה על ידי הרשויות באיראן כמדען גרעין, אך ללא קשר לסוכנות לאנרגיה אטומית שלה.
עם זאת, גורמים במערב אמרו אז כי הפרופסור, שהיה מרצה באוניברסיטת טהראן, עבד מקרוב עם פחריזאדה ועם פריידון עבאסי-דוואני. שניהם היו נתונים לסנקציות של האו"ם בשל עבודתם על פיתוח נשק גרעיני. אותו פרויקט סודי, שכונה "אמאד", הופסק ב-2003, אך ראש הממשלה בנימין נתניהו אמר בעת חשיפת ארכיון הגרעין באפריל 2018 כי פחריזאדה המשיך לעבוד על מיזמי גרעין סודיים אחרים.
המארב שהוצב אתמול לפחריזאדה היה במועד סמלי: יומיים לפני יום השנה העשירי להתנקשות במג'יד שהריארי, שנהרג יחד עם אשתו בפיצוץ מכונית בטהראן. באיראן אמרו כי ישראל או ארצות הברית אחראיות למתקפה שנועדה לפגוע בתכנית הגרעין שלה, וכי לשהריארי היה תפקיד באחד ממיזמי הגרעין המרכזיים שלה. הוא שימש מרצה באוניברסיטת שהיד בהשתי.
באותו יום, ב-29 בנובמבר 2010, ניצל עבאסי-דוואני - שותפו של פחריזאדה - מפיצוץ מכונית נוספת. הוא ואשתו נפצעו, אך שרדו. בטהראן אמרו אז כי ניסיון החיסול היה פעולה של ה-CIA, המוסד או ה- MI6 הבריטי. עבאסי-דוואני, שעמד בראש לימודי הפיזיקה באוניברסיטת אימאם חוסיין, מונה כמה חודשים לאחר מכן להיות סגן נשיא וראש הסוכנות לאנרגיה אטומית של איראן, אך הודח מתפקידו באוגוסט 2013.
הבא ברשימת המחוסלים היה דריוש רזאי, שנורה למוות במזרח טהראן ב-23 ביולי 2011. הוא היה ד"ר לפיזיקה, ותפקידו בתכנית הגרעין של איראן נותר לא ברור אחרי הצהרות סותרות מצד הרשויות האיראניות בימים שלאחר חיסולו.
בינואר 2012 חוסל אחמדי-רוושן, שהיה בוגר הנדסה כימית, בפיצוץ מטען שהוטמן במכוניתו על ידי אופנוען בטהראן, בשיטת הפעולה שבה חוסל שהריארי בנובמבר 2010. איראן אמרה כי הוא היה מדען גרעיני שפיקח על מחלקה במתקן העשרת האורניום בנתנז, והאשימה את ישראל ואת ארצות הברית בהתנקשות.