שר הביטחון לשעבר משה (בוגי) יעלון, פנה היום (ראשון) במכתב ליועץ המשפטי לממשלה ד"ר אביחי מנדלבליט, וביקר אותו על האופן בו ניהל את חקירת תיק 3000: "אני פונה אליך בעקבות סיום חקירת משטרת ישראל את 'פרשה 3000' - אופן ניהול החקירה מעלה בעיני שאלות קשות, הקשורות בהתנהלות החקירה שהובלה על ידך, של ניסיון מכוון שלא לחשוף את כל האמת בפרשה הזו, שעוסקת בקודש הקודשים של ביטחון המדינה". יעלון שאל בין היתר: "מדוע היססת בפתיחה בחקירה מיד לאחר התחקיר ולאחר שפניתי אליך בנושא? מדוע הודעת שוב ושוב על כך שראש הממשלה אינו מעורב בפרשה, כאשר היו בידי החוקרים שני המסמכים המוכיחים את ההיפך?".