את הקרב על בית הכנסת בעמונה ראו מפוני המאחז מעפרה הסמוכה, דרך אמצעי התקשורת. בלילה ובמהלך היום הם שהו במדרשת היישוב והמראות הקשים, לראשונה במהלך הפינוי, הציתו שוב את אש המחאה.57 בני אדם, בהם 42 אנשי כוחות הביטחון ו-15 אזרחים, נפצעו בעימותים במהלך הפינוי ופונו לבתי חולים. כשראו תושבי עפרה ושכניהם המפונים איך הסתיים הקרב, הם נשברו.
לקראת סיום הפינוי נעצרו הנערים שהתבצרו בבית הכנסת והועלו לאוטובוס. הם ניפצו את שמשות האוטובוס וניסו להימלט. חלקם נתפסו בידי כוחות הביטחון. המקרה אירע בפתח המדרשה בעפרה, בה שוהים המפונים. כמה מהם יצאו החוצה והצטרפו למתקהלים.
לקריאה נוספת:
למרות האלימות הקשה נגד השוטרים בעמונה: רק 3 פעילי ימין נעצרו
מעבירים את בעלי החיים, מפרקים את היקב: שלב ב' של מבצע פינוי עמונה
המתבצרים ריססו צלב קרס על קיר בית הכנסת בעמונה: "ציונאצים"
האוטובוס חולץ מהמקום, תוך כדי עימותים בין הפעילים לבין שוטרי יס"מ שאבטחו את נסיעתו לאורך היישוב, עד היציאה לכביש 60. כמה דקות לאחר מכן, נקלעה למקום ניידת משטרה ובתוכה נער עצור.
המתקהלים, רבים מהם תושבי עפרה שראו את המראות לאורך יום וחצי עד שהגיעו לנקודת רתיחה, חסמו את הכביש והחלו לדפוק על הניידת. אחד מהם הביא אבן וחבט על השמשה האחורית שהתנפצה. הבודדים מבין המתנחלים שניסו להרגיע את הרוחות נהדפו. כולם הקיפו את הניידת, פתחו את הדלת הקדמית אך לא הצליחו לחלץ את העצור.
שוטר שהיה בתוך הניידת התחנן במערכת הכריזה: "די, אני לא רוצה אלימות", קרא. "תביאו כבר צוות". ייתכן שהתבלבל בין מכשיר הקשר לרמקול. מישהו השליך דלי צבע, ונראה היה שכמה אחרים מסביב לניידת שקלו לרגע לנסות להפוך אותה, אך לבסוף ויתרו בשל העציר שישב בתוכה.
הזעם הכבוש בקרב מפונים ושכניהם התפרץ. הם התעמתו עם שוטרים שהגיעו לסייע, השליכו דליי צבע ואבנים. אישה עם תינוק קטן בידיה, עטוף בשמיכה, נשכבה על הכביש. מתנחלים, לא שוטרים, ניסו להקים אותה, כלומר קודם כל את התינוק. "תעזבו", היא צעקה. "זה טוב לו".
העימות בבית הכנסת החל סמוך לשעה 13:00 בצהריים כשכוחות הביטחון ניסרו את דלתות בית הכנסת ופרצו אותו, אלא שהפעילים שהתבצרו בפנים הגיבו באלימות קשה. הם הפעילו מטפי כיבוי, השליכו מוטות ברזל והתיזו חומצה, צבע ואקונומיקה על השוטרים בניסיון למנוע מהם לאחוז בהם. אחרי כשעה של עימותים הצליחו הכוחות לחדור לבית הכנסת ופינו בכוח את המתבצרים לאוטובוסים ומשם למעצר.
אחרי יותר מיממה שהפכה לאלימה, השלימו אחר הצהריים כוחות הביטחון את מבצע פינוי המאחז הבלתי חוקי. יותר מאלף פעילים שאינם תושבי המאחז הוצאו מהמבנים ברחבי היישוב, ועד הצהריים פונו גם כל 42 המשפחות שהתגוררו ביישוב. 13 בני אדם נעצרו ביומיים האחרונים. עם השלמת פינוי בית הכנסת נמצאו על קירות המבנה כתובות נאצה שכתבו המתבצרים. בין היתר, רוסס על הקיר צלב קרס ותחתיו "משטרת ישמעאל", "ציונאצים" ו"מוות לציונים".
(עדכון ראשון: 23:26)