ראש היחידה הארצית לחקירות הונאה (יאח"ה) במשטרה, תת-ניצב אפרים ברכה, מאשים את הרב יאשיהו פינטו, הטוען כי ברכה קיבל ממנו שוחד, בניסיון לנקום בו משום שהביא למפלתו. בתגובה שהגיש תנ"צ ברכה, באמצעות עו"ד אפרת נחמני בר, לעתירה שהגישה נגדו תנועת אומ"ץ לבג"ץ בדרישה להורות לפתוח בחקירה פלילית נגדו, הוא טען: "קבלת העתירה משמעה הפיכת מערכת אכיפת החוק לכלי שרת בידי שאיפת הנקם של עבריין".
פינטו נאשם שהעביר לברכה סכום של כ-400 אלף שקלים בתמורה למידע בנוגע לחקירות משטרה, אולם ברכה דיווח על כך לממונים עליו. הן במהלך עדותו של הרב פינטו במשטרה והן בכלי תקשורת, סיפרו הוא ומקורביו כי אף שברכה נוקה לחלוטין מחשדות של קבלת שוחד, מלבד הסכום שנחשף הוא העביר לו כספים נוספים לאורך שנים. בעתירה של תנועת אומ"ץ נטען כי כתב האישום שהוגש נגד פינטו מעלה חשדות לקבלת טובות הנאה ושוחד ולעבירות מרמה והפרת אמונים מצד ברכה.
בתגובת ברכה לעתירה, שהגיעה לידי וואלה! חדשות, הוא תקף את פינטו ואמר כי מדובר בעלילות שווא. לטענתו, הרב ניסה להדיח אותו לדבר עבירה ו"להשחית את מידותיו", אך הוא לא שיתף עמו פעולה. "חרף המניע הגלוי לעין של פינטו להתנקם בברכה, לפגוע בו ו'להשיב לו כגמולו', נערכה בדיקת עומק של טענותיו בהקשר זה ולא נמצא בהן ממש", צוין בתגובה. "דבריו של פינטו אינם יוצרים ולו תשתית ראייתית ראשונית ומינימלית המצדיקה פתיחת חקירה במקרה זה". לטענת ברכה, פתיחת חקירה פלילית נגד קצין חקירות בכיר בנסיבות הנוכחיות יהיה בגדר "מתן פרס לחוטא והגשמת תכניתו של העבריין להתנקם באיש חוק".
עוד על פרשת פינטו:
העיתוי הבעייתי של חתימת הסכם עד המדינה עם פינטו
הפרת הסדר הטיעון עם פינטו: המדינה דורשת הבהרות
3 מפרקליטיו של הרב פינטו ביקשו להתפטר מייצוגו
בתגובה פירט ברכה בנוגע לקושי שלו להפליל את הרב, לאחר שבמשך שנים נמנה עם חסידיו. "לנוכח הרגישות של ההצעה הפלילית ואף שברכה היה חסידו של הרב, היה ברור כי יש לדווח על ההצעה, מתוך מטרה שתיערך חקירה סמויה נגד פינטו. על כן, ברכה מציין כי סיפר לראש אגף החקירות והמודיעין (אח"מ י"א) בלבד", נכתב. על הטענות על כך שהתעכב בדיווח על הצעת השוחד מפינטו, אמר: "הדיווח לראש אח"מ בוצע בהזדמנות הראשונה האפשרית, עם שובם של ברכה וראש אח"מ מחופשה שבה שהו, כל אחד בנפרד".
ברכה ציין עוד כי במסגרת בדיקת הטענות שהועלו נגדו תוחקרו עדים רבים, ובהם אישים בכירים במשטרה ובשב"כ, שלטענת פינטו דווח להם על מתן הכספים ואלה הכחישו את הדברים וסתרו אותם. כמו כן, לדבריו נעשו "מחקרי תקשורת, בדיקת חשבונות הבנק של ברכה ושל בני משפחתו וחיקור דין בנוגע לטענת פינטו שקיבל 'אישור' מה-FBI למתן כספים לברכה, והוא העלה כי לא נמצא כל בסיס לטענותיו".
קצין המשטרה דחה מכול וכול את הטענות שהסכים לקבל טובות הנאה מהרב פינטו מלבד במסגרת החקירה הסמויה נגדו, שהייתה מתואמת עם מפקדיו. "ברכה סירב והבהיר כי הוא קצין משטרה וכי אינו מקבל טובות הנאה. אז הציע פינטו להעביר את הכספים לאשתו, וגם על כך סירב ברכה", נכתב בתגובה. כמו כן, הוא הכחיש כי העביר לפינטו מידע מתוך חקירות: "לאורך כל הקשר ביניהם לא נמסר כל מידע חקירתי, מידע פנימי וכיוצא בזה לפינטו או למי מטעמו".