מבקר המדינה, השופט יוסף שפירא, העביר לפני כשנה דוח ביקורת מיוחד לראש הממשלה, בנוגע לפעילות הלשכה האחראית לקשרים בין ישראל לבין יהדות ברית המועצות לשעבר. הדוח, שהותר לפרסום היום (ראשון), קובע כי לשכת הקשר חרגה מסמכויותיה ומתחומי עיסוקה והרחיבה את פעילותה במדינות ברית המועצות לשעבר לתחומים שנמצאים תחת אחראיות משרד החוץ. כמו כן, קובע הדוח כי בלשכה התגלתה התנהלות "שאינה עולה בקנה אחד עם סדרי מנהל תקין, שקיפות ציבורית ואמות מידה שוויוניות".
לשכת הקשר "נתיב" הוקמה בשנת 1952 ושימשה במשך עשרות שנים כגורם המקשר, באופן גלוי וחשאי, בין מדינת ישראל לבין יהדות ברית המועצות שחיה מאחורי "מסך הברזל". במשך רוב שנות קיומה, פעילות לשכת הקשר הייתה חשאית, והיא נחשבה למעשה ליחידה סודית במשרד ראש הממשלה. לאחר נפילת ברית המועצות בתחילת שנות ה-90, הפכה פעילותו של הארגון לגלויה לחלוטין, ועם גל העלייה הגדול ממזרח אירופה השתנו דפוסי הפעילות שלה.
דוח המבקר קובע כי במציאות החדשה שנוצרה בקרב יהדות מזרח אירופה, החלה לשכת הקשר למלא תפקידים שבפועל אינם נמצאים תחת סמכותה, ואמורים להיות תחת אחריותם של משרדי ממשלה אחרים. בין השאר, מוזכרת בדוח פעילות הלשכה בתחומי ההסברה במדינות הבלטיות, ומעורבות לשכת הקשר בפרויקט "בית שלי" של משרד הקליטה, שנועד לעודד ישראלים המתגוררים בחו"ל לשוב לישראל.
הפעילות בארגון לא נבחנה מאז 1998
כמו כן, מציין הדוח שורה של תחומים בפעילות הארגון שבהם נמצאו אי-סדרים וחריגה מהמנהל התקין הפעלת השליחים, העסקת עובדים ויועצים ונסיעות לחו"ל. הדוח מצביע גם על חריגה ממנהל תקין בקשרים בין לשכת הקשר לבין המרכז האוניברסיטאי באריאל, שכן לשכת הקשר העניקה עדיפות לגוף זה על פני מוסדות אחרים להשכלה גבוהה בישראל, וקידמה פרויקטים של המרכז האוניברסיטאי בחו"ל.
הדוח מזהיר גם מכך שהממשלה אינה מקיימת בקרה ראויה על פעילות הארגון. "מבקר המדינה רואה כליקוי משמעותי במיוחד את העובדה כי מאז 1998 לא נבחנו המבנה הארגוני ומאפייני הפעילות של 'נתיב' אל מול יעילותו, התועלת שהוא מביא ועמידתו ביעדים שקבעה לו הממשלה, חרף קביעות של הממשלה שתעשה בחינה כזו", נכתב בדוח. המבקר ציין גם כי "בחינה כזו נדרשת, בעיקר נוכח השינויים שהתחוללו בתקופה זו במרחבי הפעולה של הארגון".