מפקד המשטרה הצבאית, תא"ל מאיר אוחנה, החליט בתום התייעצויות למנות את סא"ל גיל ממון לעמוד בראש הצוות שיחקור את הרמטכ"ל לשעבר, רא"ל במיל' גבי אשכנזי, ואת עוזרו לשעבר, אל"מ ארז וינר, שנמצא בימים אלו בתהליך פרישה מצה"ל, בעקבות ממצאי דו"ח מבקר המדינה בעניין מסמך הרפז. סא"ל ממון, עד לאחרונה מפקד הימל"מ (היחידה המרכזית במשטרה הצבאית לחקירות מיוחדות) יצא ללימודים, אך בשל הרגישות של הפרשה וכדי למנוע ניגוד עניינים, הוחלט כי סא"ל ממון יזומן במיוחד מחופשת לימודים ויעמוד בראש הצוות. גורם במשטרה הצבאית סיפר כי אל סא"ל ממון תצטרף חוקרת בכירה, נגדת בדרגת רס"ר, הידועה כאחת החוקרות הקשוחות במצ"ח.
הגורם הוסיף כי סא"ל ממון ניהל בשנים האחרונות את הפרשיות החמורות ביותר בצה"ל, ביניהן חשיפת רשת בפיקוד דרום שהבריחה סמים קשים וסחרה בהם בהיקפים של כמיליון שקלים ופרשיות אחרות של סחר באמצעי לחימה. סא"ל ממון ידוע כקצין מבריק בעל נתונים אישיים גבוהים, שמציבים אותו כמועמד מוביל לתפקיד מפקד מצ"ח. מפקד המשטרה הצבאית, תא"ל אוחנה, ציין בשיחות סגורות כי מצ"ח תפעל ללא משוא פנים כדי להגיע לחקר האמת בפרשת מסמך הרפז על בסיס המנדט שנתן היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, לפרקליט הצבאי הראשי, האלוף דני עפרוני.
עם זאת, ציין תא"ל אוחנה כי החקירה והיחס לנחקרים יתנהלו ברגישות רבה, ובשל כך נשקלת האפשרות שלא לחקור את הרמטכ"ל לשעבר בבסיס צבאי. גורם במשטרה הצבאית ציין כי לסא"ל ממון לא היה מעולם קשר ישיר לאשכנזי, שכן מפקד מצ"ח או מפקד המשטרה הצבאית הוא זה שמציג לרמטכ"ל נתונים, אך בהחלט תהיה לו מוטיבציית יתר לנהל את החקירה מאחר שהוא מועמד בולט לקידום.
יצוין, כי אל"מ ארז וינר הגיש עתירה לבג"צ באמצעות עו"ד עודד סבוראי נגד ממצאי דו"ח מבקר המדינה בפרשת מסמך הרפז, בטענה שהתקבלו לגביו מסקנות אישיות. אל"מ וינר טען כי אי אפשר לקבל לגביו מסקנות מהסוג הזה מאחר שמילא פקודות. המדינה הגיבה לעתירה וטענה באופן לקוני כי דו"ח המבקר מיצה את עצמו ויש לדחות את העתירה על הסף. בית המשפט העליון ימנה הרכב של שלושה שופטים, אך טרם נקבע מועד לדיון בעתירה.