היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, פנה הערב (שני) לשר הביטחון אהוד ברק וביקש הבהרות בנוגע למינויו של גדי אייזנקוט לתפקיד סגן הרמטכ"ל, זאת לאור הנחייה שהוציא וינשטיין בעבר לפיה יש להימנע ממינויים בכירים בתקופת בחירות. היועץ המשפטי של משרד הביטחון, אחז בן-ארי, חיבר חוות דעת ברוח ההנחיה של וינשטיין והעבירה לשר הביטחון, אולם ברק החליט בכל זאת להמשיך בהליך המינוי. מלשכת ברק נמסר בתגובה כי "מדובר במינוי חשוב וחיוני".
מוקדם יותר היום הכריז ברק על מינויו של אייזנקוט לסגן הרמטכ"ל הבא, לאחר שקיבל את המלצתו של הרמטכ"ל, רב-אלוף בני גנץ, בעניין. אלוף אייזנקוט יחליף בתפקידו את אלוף יאיר נווה ועיתוי כניסתו לתפקיד ייקבע על ידי הרמטכ"ל בהמשך.
וינשטיין ניקה את אייזנקוט מ"פרשת הרפז"
החלטתו של ברק מגיעה לאחר שורה של ראיונות שערך למועמדים אפשריים לתפקיד ולמרות ששמו של אייזנקוט, אלוף פיקוד הצפון בתקופת אשכנזי, נקשר ב"פרשת הרפז". כזכור, שמו של אייזנקוט נקשר בפרשה כמי שידע על פרטי המסמך ולא דיווח על כך לשר הביטחון, למרות הקרבה ביניהם. גורם צבאי בכיר אמר לאחרונה כי "אלוף אייזנקוט לא ניזוק בפרשה. הכל כבר ידוע. אין חדש תחת השמש, ונראה ששר הביטחון מחכה לפרסום הסופי של הדו"ח כדי להכריז עליו כסגן רמטכ"ל".
בספטמבר הכשיר היועץ המשפט לממשלה, יהודה וינשטיין, את מינויו של אייזנקוט לתפקיד סגן הרמטכ"ל. זאת, לאחר שהפרקליט הצבאי הראשי, דני עפרוני, פנה ליועץ המשפטי בבקשה לבדוק אם יש באזכורו של אייזנקוט בטיוטה הכמעט סופית של דו"ח מבקר המדינה בפרשת בועז הרפז כדי לפסול אותו. וינשטיין קבע כי בהתייחסויות לאייזנקוט בטיוטה של הדו"ח אין כל מניעה משפטית לקידומו.