במלאות 40 שנים לרצח י"א הספורטאים הישראלים באולימפיאדת מינכן בלילה שבין 5 ל-6 בספטמבר 1972, חושף ארכיון המדינה קובץ ובו 45 תעודות העוסקות באירוע הטרגי. הקובץ כולל מסמכים של המוסד, השב"כ, פרוטוקולים של ישיבות ממשלה, מברקים סודיים משגרירויות ישראל ודיונים חשאיים של ועדת החוץ והביטחון של הכנסת. התעודות פורסות יריעה מדאיגה על השאננות וההתעלמות של קהילת המודיעין מידיעות והתראות על תכניות אש"ף לבצע פיגוע בעל "אופי בינלאומי" בראשית ספטמבר, את כישלון השב"כ לאבטח את המשלחת ואת הניסיונות של ראש השב"כ לאחר הרצח להתנער מאחריותו וכל זאת כל רקע דיונים סוערים בממשלה הטחת האשמות ומשבר ביחסים עם גרמניה.
40 שנה אחרי הטבח - מסמכי מינכן נחשפים
40 שנה לטבח מינכן: המחדל הישראלי באבטחת הספורטאים
40 שנים לטבח מינכן: איך לא שמרו על הבחורים שלנו?
צפו בסרט "היום ה-11: ניצולי מינכן 72'"
כבר בדיווח שמסר ראש המוסד צבי זמיר לצוות שרים ב-6 בספטמבר 1972, לאחר הטבח, הוא סיפר ששאל את מקבילו הגרמני גרהארד וואסל מה יקרה אם המחבלים יחטפו מטוס של חברת התעופה הגרמנית לופטהנזה ויתבעו לשחרר את מחבלי מינכן שנותרו בחיים. ראש המוסד הגרמני ענה שאינו יכול להבטיח שזה לא יקרה. על הערכה זו חזרה ראש הממשלה ב-11 בספטמבר בישיבת הממשלה כוועדת שרים לענייני ביטחון כשאמרה: "איני מוכנה לערוב כי הגרמנים לא ישחררו את המחבלים אם יחטפו מטוס לופטהנזה, ודאי ישחררו אותם". מסיבה זו אף דנה הממשלה באפשרות לבקש את הסגרתם של שלושת המחבלים לישראל, אך דחתה אותה.
ב-29 באוקטובר התאמתו החששות. שלושה מחבלים חטפו ב-8:00 בבוקר מטוס לופטהנזה, שהיה בטיסה מבירת לבנון ביירות למינכן. לאחר תדלוק בניקוסיה בקפריסין ובזגרב שביוגוסלביה איימו החוטפים שבכוונתם לטוס למינכן ולפוצץ את המטוס אם לא ישוחררו שלושת חבריהם שנותרו בחיים לאחר ההתקפה על המשלחת הישראלית לאולימפיאדה. בסופו של דבר חזרו המחבלים לזגרב, חגו מעל לשדה התעופה ודרשו ששלושת המחבלים יוטסו גם הם לעיר ולא - יפוצצו את המטוס על נוסעיו.
בישראל נערכו התייעצויות ראשונות של שרים ובכירים בגופי המודיעין ואת סיכומיהן רשמו והשר ללא תיק ישראל גלילי ושר החוץ אבא אבן בכתב ידם עבור ראש הממשלה. בהתייעצויות אלו ובישיבת הממשלה, שהתכנסה בשבתה כוועדת שרים לענייני ביטחון, הוחלט להפציר בממשלת גרמניה שלא תיכנע לשום תביעה סחטנית. "שחרור הרוצחים יוסיף על אסון מינכן", קבעה הממשלה. ממשלת גרמניה התעלמה מדרישת ישראל וכעבור כמה שעות נכנעה לדרישות החוטפים. שלושת המחבלים שוחררו והוטסו לזגרב. לאחר משא ומתן המריא לבסוף מטוס לופטהנזה ובו שלושת החוטפים, שלושת המחבלים המשוחררים וצוות המטוס ונוסעיו מזגרב ללוב. לימים התברר (ומסמכים גרמניים שפרסם השבוע "דר שפיגל" מצביעים כל כך) כי הכניעה היתה חלק מקנוניה רחבה יותר בין ממשלת גרמניה לאש"ף.
שחרור המחבלים מבצעי הרצח במינכן עורר זעם עצום בישראל. אמצעי התקשורת לא חסכו בביטויים קיצוניים נגד גרמניה המערבית, והפעם, בניגוד לימים שלאחר הרצח י"א הספורטאים במינכן לא הצניעו את ההשוואה שבין מעשי גרמניה דאז לבין עברה הנאצי וארגונים ומוסדות ביטלו יציאות של משלחות לגרמניה. בעקבות המהלך הגרמני חל משבר דיפלומטי בין ישראל לגרמניה המערבית שהיה מהקשים ביותר בתולדות היחסים הרשמיים בין שתי המדינות מאז כוננו בשנת 1965. ממשלת ישראל לא הסתירה את כעסה הרב על ממשלת גרמניה המערבית. שר החוץ אבן נפגש עם שגריר גרמניה בישראל ומסר לו במילים קשות את כעסה של ממשלת ישראל: "התוצאה העיקרית היא ששלושת הטרוריסטים שוחררו, ועכשיו הם חופשיים לבצע פשעים נוספים ולרצוח עוד ישראלים. במידה מסוימת כאילו הפעולה מבטאת פסק דין מוות על ישראלים אחרים".
למחרת מסרה ראש הממשלה גולדה מאיר הודעה חריפה בכנסת, שבתורה, יצאה בגינוי נזעם של מעשי ממשלת גרמניה. שגריר ישראל בגרמניה המערבית אלישיב בן-חורין הוזמן ארצה "להתייעצויות". ב-5 בנובמבר קיימה הממשלה דיון בשחרור רוצחי מינכן בהשתתפות השגריר. השגריר מסר דיווח על השתלשלות העניינים, על הצעדים שנקט במגעיו עם נציגי הממשלה הגרמנית ועל התגובות בגרמניה לאירועים ולביקורת החריפה שנשמעה מצד ישראל בימים של ערב בחירות. הוא מסר שבגרמניה "ישנם ביטויים של תחושת בושה, אזלת יד ולא-יוצלחות", בעקבות האירועים במינכן ובזגרב.
בדברי השרים נשמעה הפעם ביקורת קשה על גרמניה, ועל רקע הלך הרוח בציבור התייחסו כל הדוברים לקשר בין אירועי ההווה לבין העבר העגום ביחסי גרמניה והיהודים. שר החוץ אבן תיאר את הפתעת הגרמנים לנוכח התגובות החריפות בישראל, וציין שהם אמנם מכירים ברגישות הרבה בישראל בכול הקשור לגרמניה, "אך אינם מקבלים את ההערות שזה קשור איכשהו עם השואה או הנאציזם". דוברים גרמנים רשמיים מצדם לא נשארו חייבים. הם הזכירו לישראל כי כארבע שנים קודם לכן היא בעצמה נכנעה לסחטנות הטרור כששחררה מחבלים לאחר שנחטף מטוס של אל-על לאלג'יר ביולי 1968.
שר הדתות מטעם המפד"ל, זרח ורהפטיג, מתח מעין קו ישיר בין אז להיום וקבע ש"רצח שישה מיליונים יהודים הייתה לו השפעה על מצב העניינים במזרח התיכון". הוא אף רמז על אפשרות שבשחרור המטוס עשו הגרמנים יד אחת עם המחבלים וכי בציבור מרננים כי "אולי הייתה כאן קנוניה בין השלטונות הגרמניים לבין הטרוריסטים, כדי להיפטר מהר מהרוצחים אשר העיקו לא על מצפונם של הגרמנים אלא על השקט והאינטרסים שלהם". גם ראש הממשלה רמזה על אפשרות של קנוניה. "הכול הלך כל כך מהר" אמרה, "לא ניסו אפילו להתמקח אתם. כאילו היו ההליקופטרים מוכנים עבור המחבלים".
בדיון התפתח ויכוח נוקב על אופי התגובה שעל ישראל לנקוט. היו שרים שדרשו תגובה חריפה גם במחיר פגיעה ביחסים עם גרמניה. גולדה מאיר תקפה אמנם בחריפות את מעשי ממשלת גרמניה, את התבטאויותיהם של דובריה ואת גישתם המתרפסת כלפי הערבים. עם זאת הדגישה "לא הייתי קושרת את מה שקרה עכשיו עם השואה. אי-אפשר לזרוק את זה לברנדט", בהתייחסה לקנצלר ווילי ברנדט, שהתנגד למשטר הנאצי ופעל במחתרת נגדו. גולדה סברה כי יש לבחור בדרך המתינות. "מובן שתהיה זו איוולת לנהוג בדרך שתזיק לנו, אך הגרמנים צריכים להרגיש שהעניין בעינו עומד, ולא סולק".
עמדתה התקבלה. הממשלה פרסמה הודעת סיכום שמגנה בחריפות את שחרור המחבלים ואת ההתבטאויות בגרמניה בעניין זה. התגובות החריפות בישראל, ובעיקר ההתבטאויות שהשוו בין מעשיה העכשוויים של ממשלת גרמניה לבין התקופה הנאצית, התקבלו בכעס בגרמניה ופגעו אישית בקנצלר ברנדט.
הוא שלח שדר אישי אל ראש הממשלה גולדה מאיר ובו הסביר שהחלטת ממשלות גרמניה ובוואריה לשחרר את המחבלים נבעה מחוסר ברירה ומרצון למנוע סיכון חיים. לדברי ברנדט, אין משמעות ההחלטה כניעה לטרור, והממשלה הפדרלית תעשה כל מאמץ להילחם בנחישות בטרור. הוא הביע כאב לנוכח ההתבטאויות נגד גרמניה שנשמעו בישראל ומחה בתוקף על השוואת האירועים האחרונים לתקופות אפלות בתולדות גרמניה. הוא קרא לגולדה מאיר לעשות מאמץ משותף למנוע פגיעה ביחסי שתי המדינות.
לנוכח השדר של ברנדט נקטה גם גולדה מאיר גישה מפויסת עוד יותר. היא נפגשה עם שגריר גרמניה בישראל והבהירה שלא הייתה כל כוונה לפגוע בקנצלר והדגישה ש"אנו יודעים יפה מאוד להבדיל בין מה שקרה בשבוע שעבר לבין התקופה האיומה של השואה". היא ביקשה הבנה מצדו לתגובות החריפות בישראל על רקע הטראומה הקשה של רצח הספורטאים במינכן, ומחתה נגד התבטאויות שנשמעו בגרמניה.
השדר של ברנדט ופגישת גולדה עם השגריר הגרמני נתנו במידה רבה את האות להנמכת הלהבות בהתנצחות בין גרמניה לישראל סביב פרשת שחרור מחבלי מינכן. בשבועות הבאים התמתנו ההתבטאויות והיחסים בין שתי המדינות החלו לחזור למסלולם.