המועצה הצבאית העליונה במצרים דחתה בקשה אמריקאית לשחרורו של אילן גרפל, כך דיווח הבוקר (שני) העיתון המצרי "אל-אהראם". לפי הדיווח, סגן ראש המועצה, סאמי ענאן, טען בפני האמריקאים כי אין באפשרותו להתערב בשיקולים משפטיים המתנהלים במדינה.
לפי דיווח נוסף בכלי התקשורת במצרים, שר ההגנה האמריקאי רוברט גייטס, פנה אף הוא למועצה הצבאית המצרית. הוא שוחח עם העומד בראשה - שליט המדינה בפועל, מוחמד חוסיין טנטאווי, ואמר לו כי אם גרפל לא ישוחרר, הדבר עלול לפגוע ביחסים בין המדינות. עוד דווח כי גם ראש המטות המשולבים של צבא ארצות הברית, מייקל מאלן, פנה בנושא לשלטונות המצרים, אך הם דחו את בקשתו.
ב-25 ביוני האריך בית המשפט את מעצרו של גרפל ב-15 יום. גורמים בתביעה בקהיר אמרו כי גרפל, שנעצר ב-12 ביוני, יישאר במעצר כדי להשלים את החקירה בעניינו. המצרים חושדים כי גרפל, שהגיע למצרים ב-28 בינואר, ריגל למען ישראל. בירושלים מכחישים בכל תוקף את החשדות, וטוענים כי הוא אינו אלא צעיר תמים, שנקלע לתקרית דיפלומטית שלא באשמתו.
מספר ימים לפני הארכת מעצרו האחרונה של גרפל ביוני, דיווחו כלי התקשורת במצרים כי יצחק מולכו, יועצו של ראש הממשלה נתניהו, נסע לקהיר ודן עם בכירים מצרים בנושא שחרורו. עם זאת, לא דווח במצרים מה הציע מולכו בתמורה לשחרורו. בלשכת ראש הממשלה סירבו להתייחס באופן מפורש לדיווח המצרי.