קציני מפקדת התיאום והקישור של צה"ל ברצועת עזה מנהלים קשר טלפוני עם מנהלי בית החולים שיפא. הקצינים מסור לפני זמן קצר (רביעי) לצוות שפעילות צה"ל לא מכוונת נגדם או נגד החולים אלא נגד מחבלי חמאס. קיימת טענה כי הקצינים הזהירו את מנהלי בית החולים להרחיק חולים מחלונות כדי שלא יפגעו מהדי פיצוצים אם יהיו.