שר הביטחון, אהוד ברק, הגיב הבוקר (שלישי) לאירועי תקיפת בסיס צה"ל הלילה ואמר כי "הפעולות נושאות אופי של טרור מתוצרת עצמית שאין לקבלו". לדבריו, הוא רואה בחומרה את האלימות של קבוצות עברייניות של קיצוניים באזור יהודה ושומרון. עוד נמסר כי ברק "הנחה את צה"ל לפעול בנחישות, בכל האמצעים, על מנת לבלום תופעות חמורות אלה, ללכוד במהירות את הפורעים ולהביאם לדין" וכי "שר הביטחון נחוש לפעול לעקירת התופעות הללו וקורא להנהגת ההתיישבות באיו"ש ולחברה כולה, להוקיע מעשים נפשעים אלה שאין להם מקום בחברה מתוקנת וחפצת חיים". ברק ציין כי מכלול האירועים "מסיטים את צה"ל מביצוע משימותיו, ובתוכן ההגנה על התושבים. בנוסף יש בהם מימד של סיכון חמור לחיי אדם והם מאיימים לפגוע ברקמה העדינה של יחסי מדינת ישראל עם שכניה". בתוך כך הודיע שר הביטחון כי יקיים דיון עם גורמי הביטחון השונים בעקבות האירועים.