הדעות חלוקות במערכת הביטחון לגבי עתיד החמולות הבדואיות החמושות שפועלות במספר גזרות ברחבי רצועת עזה כנגד האינטרסים הביטחוניים של חמאס. לפי דיווחים היום (ראשון) של גורמי ביטחון, בשיאן נלחמו בזרוע הצבאית של חמאס והסבו להם הרוגים רבים. מאז הכרזת הפסקת האש הן מסייעות באבטחת קו הצהוב, המרחב ממערבה לו, איתור אמצעי לחימה ותשתיות טרור מעל ומתחת לקרקע.
"פעילות החמולות האנטי חמאסיות היא אינטימית, נשמרת בצללים וטוב שכך", אמר גורם ביטחוני והוסיף כי "היא מאוד אפקטיבית ופועלת לפי התוכניות". אך מנגד יש גם קולות אחרים במערכת הביטחון שמתריעים מפני הסיכונים שבטיפוח אותן חמולות לקראת "היום שאחרי", שכן בעבר היו מפקדיה מעורבים בפעילות פלילית בה נלחמו גם חמאס וגם צה"ל.
לוואלה נודע כי בכירי מועצת השלום בגיבוי ותמיכה של ארה"ב, רוצים ש"ביום שאחרי" החמולות הבדואיות שיושבות ביותר משלושה מוקדים ברחבי רצועת עזה יפורקו מנשקן. ובזמן שבמערכת הביטחון מתכננים להשאיר חלק מהן בתוך הקו הצהוב באחריות מבצעית של צה"ל כדי שלא יאונה להם רע, חושבים במועצת השלום שיש להחזיר אותן לשטח הפלסטיני במסגרת נסיגה עתידית של צה"ל אל קו הגבול הרגיל.
כך או כך, טוענים גורמים במערכת הביטחון שמדובר ב"מוקש" שהדרג המדיני לא ממהר לעסוק בו ומחזיק אותו כשוט נגד הנהגת חמאס ומועצת השלום. אחד הגורמים הזהיר, כי ברגע שישללו מהחמולות את הנשק הם יחזרו לפעילות הקודמת שלהם: הברחות.
יצוין, כי בשלב זה חרף הפעילות ההדוקה והיומיומית בין צה"ל ושאר גופי הביטחון בישראל וגורמים אמריקאים עם החמולות הבדואיות לא הועלתה אפשרות להעביר אותן לשטח ישראל. בספטמבר 2025, נודע כי במקביל לתמרון הקרקעי של צה"ל ברצועת עזה והסלמת הלחימה מול חמאס, חמולות חמושות ברחבי רצועת עזה הפגינו משילות בשטח בו הן מתגוררות, כך לפי מקורות בפיקוד הדרום.
לפי אחד המקורות הצבאיים, אותן חמולות הציבו מאות פעילים בכניסות לטריטוריות שונות במטרה להדוף מנגנוני ביטחון של חמאס שמטרתם להגביר את אחיזתם בשטח. בין אותם מנגנונים קיימת "יחידת חץ" - יחידת חמאס כוחנית ואלימה שעוסקת במעצרים, תקיפה ורצח של משתפי פעולה עם ישראל.