הממשלה ושר הביטחון ישראל כ"ץ הגישו הבוקר (שני) תגובה מקדמית לבג"ץ נגד העתירות המבקשות לבטל את החלטת הממשלה לסגור את גלי צה"ל, וטענו כי ההחלטה התקבלה בסמכות חוקית מלאה, במסגרת מרות הממשלה הנבחרת על צה"ל, על בסיס תשתית משפטית "מוצקה" ובליווי הייעוץ המשפטי למערכת הביטחון. לפי המדינה, גלי צה"ל הוקמה בהחלטת ממשלה בשנת 1950, ולכן גם ההחלטה על סגירתה התקבלה כדין בהחלטת ממשלה - לאחר הליך מנהלי תקין.
בתגובה נטען כי עצם פעילותה של התחנה, הכוללת עיסוק באקטואליה ובפוליטיקה במסגרת יחידה צבאית, היא "אנומליה" שאין לה מקבילה בדמוקרטיות המוכרות, וכי היא גוררת את צה"ל "בעל כורחו" אל לב המחלוקות הציבוריות בישראל. המדינה הדגישה כי קיימת בעיה ערכית בכך שחיילים בשירות חובה עוסקים בסיקור ובפרשנות של סוגיות פוליטיות וחברתיות נפיצות, וכי הדבר עלול לפגוע בתדמיתו הא-פוליטית של צה"ל, במיוחד בתקופות של קיטוב חברתי ומלחמה.
עוד נכתב כי לאורך השנים נשקל שוב ושוב עתידה של התחנה, וכי "לא הייתה ממשלה, לא היה שר ביטחון ולא היה רמטכ"ל שלא שקלו את אפשרות סגירתה". המדינה ציינה כי שורה של חוות דעת משפטיות בעבר - בהן של היועמ"ש לשעבר אביחי מנדלבליט, המשנה ליועמ"ש דאז מאיר לוין, הפצ"ר לשעבר שרון אפק ויועצים משפטיים במערכת הביטחון - קבעו כי סגירת גלי צה"ל מצויה בסמכות הממשלה והרמטכ"ל ואינה מחייבת חקיקה ראשית.
לטענת הממשלה, "המצב הנורמטיבי לא השתנה. הממשלה השתנתה", ולכן אין מקום לטעון שהדין המנהלי משתנה רק בשל חילופי שלטון. בנוסף נטען כי פעילות התחנה יוצרת גם עיוות מבני בשוק התקשורת, בין היתר בשל שילוב של תקציב ציבורי עם הכנסות מפרסומות וחסויות. המדינה ביקשה מבית המשפט לדחות את העתירות, וסיכמה: "מן הדין ומן הצדק שכך יעשה".