המוקש הגדול והראשון של הרמטכ"ל הנבחר האלוף במיל' אייל זמיר יהיו התחקירים המטכ"ליים אודות הכישלון ההיסטורי של צה"ל ב-7 באוקטובר. כאמור, שר הביטחון ישראל כ"ץ הקפיא שני מינויים: מפקד חטיבת הצנחנים ומפקד יחידת יהל"ם, ולאחר מכן עדכן כי לא יאשר לבצע דיוני שיבוצים בצה"ל עד לסיום התחקירים המטכ"ליים בסוף חודש ינואר. צה"ל לא עמד ביעד שהציב לו שר הביטחון ולא ברור עד כה האם כ"ץ אישר הארכת זמן או שימתין לכניסת הרמטכ"ל הנבחר האלוף זמיר לתפקידו בחודש הבא.
התחקירים המטכ"ליים, כוללים שני לוחות זמנים, הראשון מהלילה של שישה באוקטובר 2023 ועד השעה 06:29 בשבעה באוקטובר 2023, ובחלק ב' מהשעה 06:29 בשבעה באוקטובר 2023 וימים קדימה.
הרמטכ"ל היוצא, רא"ל הרצי הלוי, רצה לפני כשנה למנות את הרמטכ"ל לשעבר שאול מופז לעמוד בראש ועדה שתחקור את אירועי הלילה ואת הרמטכ"ל, אך בעקבות ביקורת ציבורית ופוליטית ובתוך המערכת הביטחונית - כמו שזה עלה כך הרעיון ירד ונגוז, ולמעשה, אין תחקיר מטכ"לי אודות תפקוד הרמטכ"ל והשיחות שניהל במהלך הלילה.
התחקירים המטכ"ליים התנהלו בכמה מישורים: אגפים, זרועות, חילות, פיקודים מרחביים וקרבות. רק בשבוע שעבר הוצג תחקיר למטכ"ל במשך יותר מ-22 שעות, שבסופן הוחלט לבצע השלמות. גורמים המצויים בתהליך טוענים כי "קצינים מדברים בתחקיר מדם ליבם, ומבקשים להציג עובדות ועדויות במלואן כדי לשקף את מה שקרה ולכן הזמן התארך".
התחקיר הראשון בראשות האלוף במיל' מיקי אדלשטיין שהוצג לציבור התמקד בקרבות בקיבוץ בארי. חרף הביקורת על איכות התחקיר והאירועים סביב "הבית של פסי", נסללה דרכו של תא"ל ברק חירם לפיקוד על אוגדת עזה.
התחקיר השני התמקד בחטיבת המבצעים באגף המבצעים במטכ"ל בפיקודו של האלוף שלומי בינדר שסוכם על ידי רא"ל הרצי הלוי, והוצג לשר הביטחון דאז יואב גלנט. בתוך כך, הוא הובא לידיעתו של ראש הממשלה לפני ההכרעה במינויו של האלוף בינדר לראש אגף המודיעין.
לפי מקורות המצויים בתהליך כתיבת התחקירים המטכ"ליים, צמרת צה"ל לא בשלה להציג את התחקירים מאחר ויש חילוקי דעות מהותיים בין האלופים - הן על האופן שבו מתארים את המציאות ומידת האחריות של הקצונה הבכירה לאירועים השונים, והן בנוגע לתהליך קבלת ההחלטות שרובו תועד באמצעים אלקטרוניים אך מקבל פרשנות שונה. עוד נודע לוואלה, כי התחקירים מסוכמים ללא מסקנות אישיות.
לכן, שאלות רבות עוד עומדות להגיע לפתחם של שר הביטחון ישראל כ"ץ והרמטכ"ל הנבחר זמיר. האם לקבל את התחקירים המטכ"ליים שיגיש רא"ל הלוי עד לסיום תפקידו? האם בינתיים לאשר דיוני שיבוצים במטכ"ל כדי לשחרר את הלחץ בקרב הקצונה הזוטרה והבכירה? או אולי בכלל להמתין לכניסתו של זמיר לתפקיד?
וברקע אלה, יש לא מעט תהיות הנוגעות בשאלה האם הרמטכ"ל הנבחר מסוגל או רוצה לערער על איכות התחקירים ולפתוח אותם מחדש, כשברקע האתגר הגדול ביותר שלו: החזרת האמון הציבורי במטכ"ל בפרט ובצה"ל בכלל. זאת, לצד השיקום, העלאת הכשירות והמוכנות של צה"ל ותוך התעקשות על שקיפות שלא קיימת בחלק מהחילות והזרועות על רקע החשש מהטלת אחריות אישית של מפקדים.
יצוין כי בקרוב מאוד יידרש אייל זמיר להכריע בשאלה אודות סגן הרמטכ"ל במקומו של האלוף אמיר ברעם, כשלתפקיד זה יש שני מועמדים: האלוף אורי גורדין והאלוף תמיר ידעי. כמו כן, מינוי של מפקד פיקוד דרום במקומו של האלוף ירון פינקלמן שהודיע על פרישה, ועוד אלופים הצפויים לפרוש על רקע אחריות ישירה ועקיפה לכישלון השבעה באוקטובר - והרשימה לא קטנה.