במהלך הלילה (שני) התקבל מודיעין על פיו בוצעה הערכת מצב באוגדה 162 בפיקוד תת אלוף איציק כהן. בהתאם להערכות הוחלט כי שלושת צוותי הקרב החטיבתיים: גבעתי, נח"ל והיחידה הרב ממדית יערכו במארבים הכוללים תצפיות, קלעים, וצלפים ותוף סיוע חיל האוויר ועמדות קרב על מנת לזהות מחבלים שינסו לברוח אל העיר עזה מתוך מחנה הפליטים ג'באליה.
במהלך יום שבת ויום ראשון נעצרו 250 מחבלים בבית החולים כמאל עדואן, ועוד מאות אזרחים וצוותים הועברו לעיר עזה. מחבלים ששהו בדירות מסביב לבית החולים בתצפיות עם טילי נ"ט, נשק קל, קלעים, ופצצות מרגמה החליטו לסגת לעיר עזה.
לפנות בוקר זיהו התצפיות תנועה מאסיבית של מחבלים למוקדים שונים ופתחו לעברם באש מהקרקע ומהאוויר. יחידת רפאים הצליחה להרוג מספר גדול של מחבלים בתמיכת סיוע אווירי של מטוסי קרב.
דובר צה"ל הודיע שלוחמי אוגדה 162 חיסלו עשרות מחבלים במהלך פעילות הכוחות בצפון רצועת עזה: "הכוחות זיהו וחיסלו עשרות רבות של מחבלים על ידי ירי וירי פגזים לעברם, זאת בעקבות מודיעין מקדים על ניסיונות בריחה של מחבלים, תחבולה והערכות הכוחות על בסיס מארבים".
"פעילות זו מתבצעת, בהמשך לפעולה בבית החולים כמאל עדואן במהלך סוף השבוע ובמהלכה נעצרו יותר מ-240 מחבלים. חוליות מחבלים רבות חוסלו במארבים של הכוחות, לאחר שנצפו בורחים עם נשקים בידיהם. הכוחות ממשיכים לפעול במרחב, לאתר אמצעי לחימה, להשמיד תשתיות, פירים ומבנים צבאיים".
צוות הקרב החטיבתי 401 בפיקודו של אל"מ מאיר בידרמן נלחם בג'באליה כבר שלושה חודשים. בתקופה האחרונה הצביעו שב"כ ושאר גורמי המודיעין על בית החולים כמאל עדואן כמפקדת טרור של חמאס והג'יהאד האסלאמי, זאת לצד הטיפול בחולים ופצועים. בליל שישי הוחלט לכרוז אל האזרחים והצוותים הרפואים לעזוב את בית החולים ולפזר במתחם כרוזים. ביום שבת בשעה 03:00 לפנות בוקר, צוותי הקרב הגדודיים 52 ו-424 כיתרו את בית החולים תוך שעה אחת ממתן הפקודה - והותירו את המחבלים המומים. שתי חוליות שניסו להימלט מבית החולים הותקפו מהאוויר. מפקד דחפור מגדוד 601 זיהה מטעני חבלה רבי עוצמה וסייע בהשמדתם.
הכוחות כרזו למנהל בית החולים לצאת החוצה, ולאחר שיח עמו התבקש להעביר מסר לכלל האזרחים הבלתי מעורבים בטרור לצאת החוצה, כולל צוותים רפואיים וחולים. הובהר לו כי בית החולים פועל כמפקדת טרור ולכן הוא יפונה. כ-900 בני אדם שהו בבית החולים. לאחר העברתם לנקזי ביטחון תוך חקירות שב"כ ואמ"ן קצרות, הוחלט לעצור 240 מהם. לטענת דובר צה"ל - מתוכם 15 השתתפו במתקפת 7 באוקטובר בעוטף. היתר הועברו אל העיר עזה והחולים הועברו לבית החולים האינדונזי הקרוב יחד עם הציוד הרפואי, הסולר והגנרטורים. תוך כדי הפעילות ניסו מחבלים לשגר טילי נ"ט וירי מנשק קל על הכוחות אך תצפיות ומארבים של צה"ל פגעו בהם. סך הכל נהרגו 17 מחבלים.