צוות הקרב החטיבתי 401, לשעבר בפיקודו של אל"מ אחסן דקסה שנפל בקרב וכעת בפיקודו של אל"מ מאיר בידרמן, נלחם בג'באליה כבר שלושה חודשים. בתקופה האחרונה הצביעו שב"כ ושאר גורמי המודיעין על בית החולים כמאל עדואן כמפקדת טרור של חמאס והג'יהאד האסלאמי, זאת לצד הטיפול בחולים ופצועים. לפני מספר חודשים צוות הקרב 460 ביצע בבית החולים סריקות ועצר בו חשודים, אך חמאס חזר בסוף לבית החולים. לפני היציאה למבצע מפקדי אוגדה 162 הגדירו את בית החולים כ"מבצר האחרון של חמאס" בג'באליה.
המבצע החל לפני כשבועיים כשצוות הקרב 401 החל לכתר את בית החולים בסיוע חיל האוויר. צירי הגישה אל בית החולים מולכדו על ידי פעילי חמאס והיה צריך לחשוף אותם באמצעות כלים הנדסיים והרס מבנים.
בליל שישי, החל השלב האחרון של המבצע. הוחלט לכרוז אל האזרחים והצוותים הרפואים לעזוב את בית החולים ולפזר במתחם כרוזים. ביום שבת בשעה 03:00 לפנות בוקר, צוותי הקרב הגדודיים 52 ו-424 כיתרו את בית החולים תוך שעה אחת ממתן הפקודה - והותירו את המחבלים המומים. שתי חוליות שניסו להימלט מבית החולים הותקפו מהאוויר. מפקד דחפור מגדוד 601 זיהה מטעני חבלה רבי עוצמה וסייע בהשמדתם.
הכוחות כרזו למנהל בית החולים לצאת החוצה, ולאחר שיח עמו התבקש להעביר מסר לכלל האזרחים הבלתי מעורבים בטרור לצאת החוצה, כולל צוותים רפואיים וחולים. הובהר לו כי בית החולים פועל כמפקדת טרור ולכן הוא יפונה.
כ-900 בני אדם שהו בבית החולים. לאחר העברתם לנקזי ביטחון תוך חקירות שב"כ ואמ"ן קצרות, הוחלט לעצור 240 מהם. לטענת דובר צה"ל - מתוכם 15 השתתפו במתקפת 7 באוקטובר בעוטף. היתר הועברו אל העיר עזה והחולים הועברו לבית החולים האינדונזי הקרוב יחד עם הציוד הרפואי, הסולר והגנרטורים. תוך כדי הפעילות ניסו מחבלים לשגר טילי נ"ט וירי מנשק קל על הכוחות אך תצפיות ומארבים של צה"ל פגעו בהם. סך הכל נהרגו 17 מחבלים.
שייטת 13 סרקה את בית החולים לאחר פינוי החולים ומצאה אמצעי לחימה. על בסיס מודיעין אותרו סביב בית החולים מצבורי נשק. בצה"ל מסיקים ששיטת הפעולה של המחבלים כללה להתחפש לחולים ולהשאיר את רוב האמל"ח מחוץ למתחם בית החולים.
בשלושת החודשים האחרונים הרגה חטיבה 401 כ-900 מחבלים במרחב ג'באליה, ועצרה 350 מחבלים. בין העצורים מתוך בית החולים היו אחראי הנדסה בכיר מאחד מגדודי חמאס, בכירים במערך ההסברה של חמאס, פעילים רבים ביניהם כאילו שפשטו על העורף הישראלי ב-7 באוקטובר, ומחבלים שלדברי צה"ל
מחזיקים במידע רב ערך. בשלב הזה אין כל כוונה להרוס את בית החולים, אך יש כוונה לאחוז בו כדי למנוע חזרה של חמאס אל המתחם.