על רקע בקשת מבקר המדינה לבטל את הצו המורה על הקפאת הביקורות בצה"ל ובשב"כ, ובכך להתחיל בקיום עשרות ביקורות באופן מיידי - המדינה הגישה את עמדתה לבג"ץ. לטענתם, המצב הביטחוני לא מאפשר קיום עשרות ביקורות בהיקפים גדולים בו זמנית בזמן מלחמה עצימה.
עוד נמסר כי צה"ל הציע כבר מלפני כחודשיים להתחיל ביקורות בכל נושא שאינו פוגע בקשב הפיקודי, אך עד כה המבקר דחה הצעות אלו.
בבסיס עמדת צה"ל נטען כי התחלת כל הביקורות באופן גורף משמעותה פגיעה בקשב הפיקודי, בדגש על הפיקוד העליון של צה"ל, ובפגיעה ממשית בביטחון מדינת ישראל. לדבריהם יש לתת למערכת הביטחון להתמקד אך ורק בהשלמת מטרות המלחמה: להשמיד את היכולות הצבאיות והשלטוניות של החמאס, להחזיר את החטופים הביתה ולהחזיר את תושבי הצפון לביתם בבטחה.
עוד הוסיפו כי מאז החלטת בג"ץ האחרונה בנושא, המצב הבטחוני החמיר, וישראל נכנסה למערכה עצימה גם בלבנון ומערכה ישירה מול איראן. לטענתם, ביצוע ביקורות מרובות יביא מפקדים לבחור בין ביצוע משימות מבצעיות לבין מתן מענה יסודי וראוי לתהליך הביקורת.
במענה לבג"ץ, צה"ל חזר על הצעתו להתחיל בכל ביקורת שאינה פוגעת בקשב הפיקודי ושנוגעת בנושאים ובגופים שביחס אליהם הפגיעה בפעילות המבצעית תהיה הפחותה ביותר. מדובר על כשליש מנושאי הביקורת שנמצאים בשלב א', בסוגיות אותן בחר המבקר לבחון. מתווה זה הוצג למבקר ונדחה על ידיו מספר פעמים.
בתגובה לבקשת המבקר לקבלת התחקירים הצבאיים השיבו בצה"ל כי התחקור טרם הושלם וכי לא ניתן להעביר חומרים ותחקירים בטרם הם סוכמו ואושרו ע"י הרמטכ"ל. כמו כן, בצה"ל חוששים כי לאור הצהרת המבקר שיוסקו מסקנות אישיות, תחקירים אלו יזוהמו מחשש של קצינים וחיילים לשיתוף פעולה עם תחקירים אשר ישמשו כנגדם בעתיד. עוד נמסר כי התחקירים, לאחר שיסוכמו, יוצגו למשפחות החללים, לציבור הרחב, לוועדת החוץ והביטחון וכמובן גם למבקר המדינה.
תגובה זו מטעם צה"ל מגיעה על רקע מכתב שהתקבל בלשכת הרמטכ"ל ממבקר המדינה, שמודיע על פתיחת הביקורת בעניין מחדל 7 באוקטובר, כפי שפורסם בוואלה בינואר האחרון.
במכתב ביקש המבקר לקבל לידיו מסמכים בנושא: הגנת הגבול בעזה, מוכנות כיתות הכוננות באזור, תפיסת הביטחון הלאומי וההשפעה על הדרג המדיני וצה"ל, תחמושת וחלפים לפני המלחמה ובמהלכה, ההיערכות לפעילות תת קרקעית, וכן את כל תהליכי העבודה בקהיליית המודיעין ומול הדרג המדיני על המידע לתוכניות התקפיות של חמאס והבקרה בגופי המודיעין.
עוד נודע אז לוואלה, כי חלק מהבכירים עד לא מזמן בצה"ל כבר נפגשו עם עורכי דין פליליים מהשורה הראשונה על מנת שאלו ייצגו אותם בהליכים מול המבקר וייסעו להם בהקמת קו ההגנה המשפטי בוועדת החקירה, במידה ותקום.