ביום שישי, תחילת אוקטובר 1948, יומיים לפני ראש השנה תש"ט, התכנסה מועצת המדינה הזמנית לישיבה. ראש השנה הראשון בחיי המדינה צויין באווירה של קדושה ושל מעשה בראשית, אך גם במתח ודאגה לקראת מה שעוד צפוי במלחמה הקשה על עצמאותה של ישראל. "בניין הבית ויום הדין" הייתה כותרת מאמר בעיתון "דבר", כותרת שתימצתה את אווירת אותם ימים.
יום קודם, נחת בישראל הפרופסור חיים ויצמן, נשיא מועצת המדינה והוכרז שהוא יהיה נשיאה הראשון של מדינת ישראל. כל דבר היה ראשוני והיסטורי. כך, לדוגמא, מטוס ה"סקיימסטר" שבו הגיע ויצמן לישראל היה "האוירון העברי הראשון שנרשם אצל שלטונות התעופה הישראלים", הדגישו בעיתון "הצופה". "צוות העובדים הכפול שכלל 14 איש- היו כולם יהודים", ציינו בכתבה.
באותה ישיבה של מועצת המדינה, דיווח דוד בן גוריון, ראש הממשלה ושר הביטחון, על החלטתו שלא לגייס בחורי ישיבה. כבר שבעה חודשים קודם, עוד לפני הכרזת העצמאות, הורה ישראל גלילי, ראש המטה הארצי, למפקדי החטיבות כי, "בני הישיבות, לפי רשימות מאושרות, פטורים משירות בצבא". הנחיה זאת, ציין, תקפה לשנת תש"ח.
אבל הנה בפתחה של תש"ט בן גוריון האריך את ההנחיה. זמן קצר אחר כך נוקב בן גוריון לראשונה במספר הפטורים מגיוס; חבר הכנסת מאיר גרבובסקי (ארגוב) שואל אותו בישיבה של ועדת הביטחון של הכנסת "האם נכון שאין חובת הגיוס חלה על תלמידי ישיבות, והאם נכון שכתוצאה מזה גדל מספרן של הלומדים בהן?". בן גוריון השיב לו כי, "פנו למשרד הביטחון אנשי האגודה, שיש 400 בחורי ישיבה, שהם כולם בגיל צעיר ושאם הם יחויבו בגיוס - צריך יהיה לסגור את בתי הישיבות". בנוגע לשאלה האם מספרם של תלמידי הישיבה גדל כתוצאה מהפטור, השיב ראש הממשלה כי איננו יודע על כך והוא יברר זאת. "יען אם זה נכון - זה מערער במידה ידועה את התביעה". עם זאת, הבהיר לראשי ישיבות שביקשו ממנו כי שחרור בחורי ישיבה שמשירות צבאי יעוגן בחוק, כי לא יעשה זאת. ההסבר שלו היה כי שחרור בחורי הישיבה מתאפשר על פי החוק הקיים ש"מרשה לשחרר אנשים מהצבא מטעמי חינוך, משק, משפחה ובריאות. על יסוד זה נשתחררו בחורי ישיבה". בקשתו כי התלמידים הפטורים משירות יעברו אימון צבאי בסיסי, נדחתה על ידם, למרות שניסה לשכנע בטענה שגם משה רבנו ויהושע בן-נון היו מצביאים.
העיתונאי וההיסטוריון תום שגב, טוען בביוגרפיה שכתב על בן גוריון כי המדיניות שלא להגדיר בחוק את מהות היחסים בין דת למדינה, הייתה אחת מהעקרונות עליו הוא ביסס את קשריו עם מנהיגי הציבור הדתי. לטענתו, בן גוריון האמין כי יש להימנע ככל האפשר מעימותים תיאולוגיים, ולהסדיר את חילוקי הדעות באופן פוליטי. על פי שגב, עקרון נוסף שהנחה את ראש הממשלה הראשון ביחסיו עם הציבור הדתי הוא ההכרה שאין סימטריה בין דתיים וחילוניים. כלומר, הדתיים מוכנים להגן בקנאות על יסודות אמונתם. רוב החילוניים קנאים פחות. התוצאה של עיקרון זה היא ותרנות רבה יותר של החילוניים, כפי שהדבר בא לידי ביטוי בהסכמתו לפטור לבחורי ישיבה.
לא עבר זמן רב, והנושא עלה לסדר היום הציבורי, בעיקר נוכח הגידול במספר המשוחררים בנימוק ש"תורתם אומנותם". ב-1958, בעת כהונתו השניה כראש ממשלה, כתב בן גוריון לרב הראשי, יצחק הרצוג, סבו של הנשיא יצחק הרצוג, מכתב שממנו משתמע כי הבין כבר שכוונתו המקורית לפטור תלמידי ישיבה משירות, כדי להציל את עולם התורה שכמעט נכחד בשואה, עברה שינוי מרחיק לכת. "כשפטרתי לפני עשר שנים את בחורי הישיבה משירות בצבא היה מספרם מועט וגם, כפי שנאמר לי אז, היתה זו הארץ היחידה, שבה נשארו לומדי תורה לשמה. אם כי עליי לציין בשמחה כי בחורי הישיבה לקחו חלק במלחמה על הגנת ירושלים כשאר צעירי ירושלים. במהלך מלחמת העצמאות חרדים התגייסו להגנת הארץ - ולא רק בירושלים", כתב ראש הממשלה לרב הראשי.
"המצב מאז נשתנה", המשיך בן גוריון וקבע. "בחורי הישיבה רבו. אינני יודע אם יש יסוד לאשמה כי יש כאלה שהולכים לישיבה לשם השתמטות. אני רוצה להניח כי אין לטענה זו שחר. אבל אין ספק כי משך הזמן רבו בחורי הישיבה, ומספרם הגיע לאלפים. בארצות הנכר אין הגויים נזקקים למגיני ישראל. פה כולנו יהודים, וביטחוננו תלוי אך ורק בנו; וזוהי קודם כל שאלה מוסרית גדולה אם ראוי הדבר, שבן אמא פלונית ייהרג להגנת המולדת, ובן אמא אלמונית ישב בחדרו ולומד בבטחה, כשרוב צעירי ישראל מחרפים נפשם למות".
עם הזמן, הסדר הפטור שונה להסדר דחיית שירות ובהדרגה מספר הנכללים בהסדר הלך וגדל. ב-1975 עמד מספרם על 7,357. הטפטוף האיטי שהביא לגידול במספרם של תלמידי הישיבה שלא התגייסו הפך לזרימה משמעותית אחרי המהפך הפוליטי בשנת 1977. ממשלתו של מנחם בגין הרחיבה בהסכמים קואליציוניים עם המפלגות החרדיות את הפטור משירות צבאי. כעת נכללו בהסדר גם תלמידי ישיבות תיכוניות ומקצועיות. אחד מסעיפי ההסכם קבע כי "לא תהיינה הגבלות למספר הישיבות ולמספר התלמידים שיוכלו ללמוד בישיבה". מדי כמה שנים שב ועלה הצורך להסדיר את הסוגיה ובינתיים מספר הפטורים מגיוס בנימוק ש"תורתם אומנותם" מגיע לכ-63,000. כמו קונפליקטים נוספים לא מטופלים בחברה הישראלית, הועבר בסוף תפוח האדמה הלוהט להכרעת בית המשפט.