גורמי צבא מתעקשים כי מתחקיר ראשוני שבוצע בצה"ל, התקיפה ברפיח, שכוונה לפגיעה בראש מטה הגדה ברצועת עזה, לא התרחשה במרחב ההומניטארי בניגוד לטענות הפלסטינים. עוד טוענים גורמי צבא כי הטענות על כך שהתקיפה בוצעה באמצעות שבעה חימושים במשקל טון הינן שקריות.
לדבריהם, התקיפה בוצעה באמצעות שני חימושים בעלי ראש קרב מוקטן המותאמים בדיוק לתקיפת מטרות מסוג זה. ההערכה היא שאמצעי לחימה או חומרי בערה שהיו סמוך לדירה התלקחו והביא לפגיעה באזרחים - ולא החימושים של צה"ל.
כאמור, הפרקליטה הצבאית הראשית, האלופה יפעת תומר ירושלמי, הנחתה את מנגנון התחקור המטכ"לי לתחקר את התקיפה ברפיח. שלשום תקף כלי טיס של צה"ל יעדי טרור משמעותיים ברפיח, בהם בכירים במטה הגדה של ארגון הטרור חמאס, שהכווינו פיגועים של פעילי חמאס ביהודה ושומרון וביצעו פיגועים רצחניים כנגד אזרחי מדינת ישראל. התקיפה התבצעה על בסיס מידע מודיעיני מקדים על הימצאותם של המחבלים במקום.
טרם התקיפה ננקטו צעדים רבים על מנת לצמצם את הסיכוי לפגיעה בבלתי מעורבים, הכוללים בדיקת חוזי מהאוויר, שימוש בחימוש מדויק ומידע מודיעיני נוסף, שעל בסיסם הוערך כי לא צפוי היה להיגרם נזק לאזרחים בלתי מעורבים. האירוע מתוחקר על ידי מנגנון התחקור המטכ"לי, גוף עצמאי שאחראי על בחינת אירועים חריגים בלחימה. המנגנון מתחקר את הנסיבות למותם של אזרחים במרחב התקיפה.
מוקדם יותר היום דווח ברשת ABC האמריקנית כי בישראל מעריכים שרסיס שפגע במיכל דלק גרם לשריפה הגדולה במחנה הפליטים ברפיח. לפי הדיווח, מיכל הדלק שהוצת היה במרחק 100 מטרים מהיעד לתקיפה האווירית, והוא הביא להתלקחות של האוהלים בסביבתו. עוד נכתב כי לארה"ב אין די מידע כדי לאשר או להפריך את ההערכה הזו, והיא עדיין בודקת את הנושא באופן עצמאי. בהמשך תחליט איך להגיב לכך, כך לפי גורם אמריקני.
אמש מסר צה"ל כי בתקיפה ברפיח חוסלו המחבלים יאסין רביע, ראש מטה הגדה של ארגון הטרור חמאס וחאלד נגאר, בכיר במטה הגדה של ארגון הטרור חמאס. לפי צה"ל התקיפה בוצעה במרחב תל אלסלטאן שבצפון-מערב רפיח, ועל בסיס מודיעין מדויק. מטה הגדה בארגון הטרור חמאס אחראי על הכוונה, מימון ותמיכה בהוצאת פיגועים בשטחי יהודה ושומרון ובפנים הארץ.
המחבל יאסין רביע ניהל את כלל המערכים הצבאיים של מטה הגדה של ארגון הטרור חמאס, עסק בהעברת כספים למטרות טרור והכווין פיגועים של פעילי חמאס ביהודה ושומרון. יאסין ביצע בעברו מספר פיגועים רצחניים, בהם פיגועים בשנים 2001 ו-2002 בהם נהרגו חיילי צה"ל.
המחבל חאלד נגאר, בכיר במטה הגדה של ארגון הטרור חמאס הכווין פיגועי ירי ומתווי טרור נוספים ביהודה ושומרון, ועסק בהעברות כספים שיועדו לטרור עבור ארגון הטרור חמאס ברצועת עזה. בעברו, ביצע המחבל חאלד מספר פיגועים רצחניים ובהם פיגועים בשנים 2001-2003 בהם נרצחו אזרחים ישראליים, נהרגו ונפצעו חיילים נוספים.