חשיפת מיקום גופות החטופים בצפון הרצועה מאפשרת הצצה למאמץ העצים המתרחש מסביב לשעון עוד מראשית המלחמה לאיתור החטופים. זאת, תחת מפקדת השו"ן בפיקוד האלוף במיל' ניצן אלון שמרכז תחתיו את כלל המידע המודיעיני בתחום זה מכלל הגופים הביטחוניים והמודיעיניים, היחידות המיוחדות והכוחות הקרקעיים המתמרנים ברצועת עזה.
האלוף במיל' אלון והחיילים תחתיו בסיוע ארגוני הביטחון לא רק עסוקים באיסוף המידע, אלא במיצוי המחקר, הצלבות מידע וכן אימות במטרה אחת - לסייע בקביעת גורל החטופים ואיתורם בשטח הפלסטיני. זאת, כשבחודשים האחרונים חלו תפניות משמעויות באיסוף המודיעין בנושא, בעקבות איתור מחשבי בכירים, שרתים, אלפי נחקרים שמסרו פרטים, מסמכים, ופריטים שאותרו בשטח ושופכים אור על השאלות המורכבות.
בפועל, לאחר איסוף החומר המודיעיני, ומיצויו לרבות הצלבות מידע, מתנהל תהליך מבצעי מקיף הכולל בחינה של מיקום החטופים ופעולות מבצעיות תוך נטילת סיכון וסיכוי להביא לפתרון התעלומה. כל מידע שכזה נשקל ברגישות ומובא אל בכירי המטה הכללי והדרג המדיני. בלא מעט מקרים בהם אותרו גופות חטופים נדרשה גם נחישות גדולה, בלא מעט מקרים המחבלים השקיעו מחשבה רבה בהסתרת הגופות.
בשלב הזה, בצה"ל מפעילים מאמץ גדולה לשמור את המידע שהצטבר עד כה ברמת סיווג גבוהה כדי למנוע מחמאס ושאר ארגוני הטרור את היכולת לבנות תמונה מלאה על היכולות של צה"ל והמידע שלרשותו.
דובר צה"ל תא"ל דניאל הגרי אמר לפני ארבעה ימים, זמן קצר לאחר שליווה את הרמטכ"ל רא"ל הרצי הלוי לסיור עומק השטח הפלסטיני במרחב רפיח, כי מפקדי החטיבות שפועלים באזור העלו כי ישנם חטופים במרחב רפיח ובצה"ל מתכוונים לעשות הכל על מנת להשיבם.
לפי ההערכה במערכת הביטחון, התמרון שצה"ל מבצע ברצועת עזה, היציאה מחאן יונס, והתמרון במזרח רפיח מייצרים הזדמנויות לבניית תמונה נוספת על החטופים, והמקומות בהם הם מוחזקים על ידי ארגוני הטרור בהם חמאס, ג'יהאד אסלאמי, וכן חמולות מקומיות. עוד מעריכים במערכת הביטחון כי חמאס שולט באותן חמולות ומעודכן במצב החטופים.