בזמן המלחמה, מנכ"ל משרד ראש הממשלה, יוסי שלי, אישר לבצע תיקונים בבית ראש הממשלה, ובהם גם שיפוץ הבריכה - כך נחשף הערב (שני) בעיתון "הארץ". מקור המעורה בפרטים מסר כי הבקשה לשיפוץ הוגשה טרם פרצה המלחמה וכי הוא יכלול בין היתר תיקון של מדרגות הבריכה וטיפול בנזילות ממנה.
לפי הדיווח, בעקבות ההחלטה לאשר את השיפוץ, התגלעה מחלוקת בין מנכ"ל משרדו של נתניהו לבין חשב המשרד, רועי בנבנישתי. האחרון, הסתייג מהבקשה בטענה שמדובר בהוצאה פרטית, אולם המנכ"ל אישר אותה בכל זאת. בנבנישתי, כך דווח, אפילו ביקש לעזוב את תפקידו על רקע העימותים בנוגע למימון הוצאות משפחת נתניהו, אך במשרד התקשו למצוא מחליף.
מקור במשרד ראש הממשלה אמר לעיתון כי "כל התיקונים עומדים בכללים". והדגיש: "מדובר במימון לתחזוקת הבית ולא להשבחתו. ראש הממשלה משתמש בבריכה בקיץ".
ועדת הכספים אישרה בחודש פברואר האחרון להגדיל את הוצאות מעון ראש הממשלה. בין היתר, אישרו חברי הוועדה, ברוב של תשעה תומכים מול ארבעה מתנגדים, את העלאת הוצאות הביגוד וההופעה ל-80 אלף שקלים. עוד אושר מימון מלא להשתתפות אשת ראש הממשלה באירועים וכנסים בארץ ומחוצה לה, הכפלת מספר העובדים במעון ראש הממשלה ומימון של שני בתי המשפחה, בקיסריה וברחוב עזה בירושלים.
בהתאם לכך, על פי הבקשה, המדינה תישא בכל ההוצאות הנדרשות לתפעול ולתחזוקה של המעון הרשמי וכן בהוצאות אירוח. לפי בקשת נתניהו, המדינה תישא גם בכל הוצאות הבית הפרטי בקיסריה. באופן חריג אישר יו"ר הכנסת אמיר אוחנה לוועדה להמשיך בדיון על בקשת נתניהו עד 11:30 למרות שמדובר בזמן כינוסה של מליאת הכנסת. יו"ר הוועדה גפני הודיע כי בכל מקרה ההצבעה לא תיערך היום: "לפני ההצבעה תביאו את כל התשובות לשאלות שעלו כאן".
במהלך הדיון הסוער בוועדה אז הודו אנשי לשכת נתניהו כי מעולם לא היה מקרה שבו המדינה נשאה בהוצאות של שני מעונות ראש ממשלה. מנכ"ל המשרד שלי הוסיף כי ההוצאות השוטפות של המעון בבלפור היו 1.6 מיליון שקלים ולדבריו "כעת זה יהיה פחות". ח"כ טלי גוטליב מהליכוד הזדעקה בתגובה לביקורת מהאופוזיציה: "ראש הממשלה לא יגור בים, אין היום מעון רשמי. ראש הממשלה שלכם צריך לגור במעון רשמי". חברי האופוזיציה בליאק וחמאד עמר השיבו לה: "אבל למה שני בתים?".
המנכ"ל הסביר בפתח הדיון את הבקשה שהגיש ואמר כי "הבית בבלפור נהרס, אין בו שום דבר שלם. עברה שנה וחצי מאז שהשלטון התחלף ונדרשות עוד שנתיים לפחות עד לסיום השיפוץ, זה הרבה זמן. לראש הממשלה הוצעו מספר חלופות למגורים והוא בחר לאחר בחינת הדברים להתגורר במעונו הפרטי. זה יהיה מעין יצור כלאיים, גם מעונו הפרטי בירושלים שישמש כמעון רשמי וגם ביתו הפרטי. אחרי שנאשר את הבקשה, הכל כפוף לנהלים".