תחקיר שפורסם הלילה (שבת) בניו יורק טיימס חושף ממצאים חדשים על הכשלים בהתנהלות צה"ל שהובילו למתקפה הפתע ב-7 באוקטובר. בתחקיר, שהתבסס על עדויות לוחמים, תיעודים מהשטח ו"מסמכים צבאיים שטרם נחשפו" נטען כי באותו הבוקר צה"ל נתפס לא מאורגן למתקפה, כשהוא במחסור של כוח אדם וללא תוכנית צבאית סדורה לפלישת מחבלים בסדר גודל כזה לאדמת ישראל.
על פי גורם שמצוטט בתחקיר, עולה כי מפקד אוגדת עזה היה הראשון לדווח לבכירי צה"ל בבסיס הקרייה על המתקפה - אך לא ידע לאמוד על גודלה. בשעה 07:43, בקריה הוציאו את הנחיות הפעולה הראשונות לאותו היום והורו על כוחות החירום וכל היחידות הפנויות לצאת דרומה במהירות. עם זאת, גם במתן הפקודה, שעה לאחר תחילת המתקפה ומטח הטילים הכבד שנורה לעבר יישובי הדרום, טרם אמדו בצה"ל את גודל המתקפה.
בשעה שבצה"ל העריכו כי כמה מחבלים חדרו לשטח ישראל דרך גדר הגבול - בפועל, היא נפרצה ב-30 מוקדים שונים, וגדודי המחבלים כבר צבאו על מוקדים בעומק הדרום. "הצבא אינו מכין את עצמו לתרחישים שהוא מגדיר כ'בלתי אפשריים'", גרס אלוף במיל' יעקב עמידרור.
ההחלטה להעביר שתי פלוגות למוקדים ביהודה ושומרון ולשחרר לוחמים לחופשת חג - ימים בודדים לפני התקיפה, החריפה את מצוקת הכוחות בדרום, כששלוש פלוגות בלבד נותרו לשמור על הגבול.
רס"ן במיל' דוידי בן ציון טען כי בצה"ל מעולם לא נערכו לגיוס מילואים נרחב בהתראה מיידית. "ההלין מציין כי על גדוד המילואים להיות מוכן לקרב בתוך 24 שעות. התאמנו עליו במשך שנים". מחבלי חמאס זיהו את זמן התגובה האיטי וניצלו אותו: הם השתלטו על בסיס "רעים", בו פועלת אוגדת עזה, ומלכדו צירי תנועה מרכזיים.
ההשתלטות על בסיס "רעים" גרמה לשיתוק השרשרת הפיקודית באזור. רבים מהחיילים שהגיעו לשטח, בהם כוחות חיל האוויר ולוחמי יחידת מגל"ן, לא קיבלו הנחיות ברורות על מוקדי הלחימה. הסתמכו על תקשורת בקבוצות וואטסאפ ארעיות שנפתחו, ואספו מידע דרך פרסומים ברשתות החברתיות. מפעילי מסוקים הונחו לבדוק קבוצות טלגרם כדי לזהות מטרות קרב, ולוחמים בשטח יצרו קשר עם תושבים מקומיים להשגת מידע וצילומים מהשטח.
המחבלים חסמו דרכים רבות, בין היתר לאחר על ידי הצתת כלי רכב של קורבנות הטבח. הם מלכדו צמתים מרכזיים ובכך מנעו מהלוחמים להיכנס ליישובים שהיו תחת אש. "כל צומת הובילה לעיכוב בתנועת הכוחות. הבנו שאנחנו מתעכבים - שהקיבוצים תחת אש והתושבים שם נרצחים", טען לוחם מילואים.
הרשויות בישראל, כך חושף התחקיר, הוזהרו במשך שנים על תוכניות חמאס להשתלט על הבסיס. הן ביטלו את ההתרעות, יחד עם תרחיש אפשרי של פלישה, כ"בלתי סבירות". גם במאי, כשהתקבל מידע מודיעיני אודות אימוני מחבלים סמוך לגבול, ישראל לא תגברה את כוחותיה באזור הגבול.
אפילו בשעות הצהריים, כך חושף התחקיר, בישראל העריכו כי 200 מחבלי חמאס בלבד הצליחו לחדור לשטח ישראל - כשבפועל, כך התגלה מאוחר מדי, אלפים כבר צבאו על יישובי הדרום וביצעו את זוועות אותה השבת השחורה.