מאז תחילת מלחמת חרבות ברזל נקלטו בשב"ס 2,601 כלואים ביטחוניים, זאת על פי הודעת שירות בתי הסוהר. בשבוע האחרון החלו תהליכי קליטתם באחד ממתקני שב"ס, כולל מבצע מיוחד לקליטת מחבלי הנוח'בה. עד כה לא נספרו אירועים חריגים. נציבת שירות בתי הסוהר רב-גונדר קטי פרי: "בשבוע האחרון התחלנו בהליך קליטת מחבלי נוח'בה בשב"ס. מדובר במחבלים המסוכנים ביותר המוחזקים בישראל ואנו נוקטים בכל אמצעי הביטחון הדרושים, ברמה המבצעית המאובטחת ביותר. סוהרי שב"ס חזקים, חדורי מוטיבציה ומוכנות לעמוד מול כל תרחיש ואיום."
לאחר פתיחת חזית הלחימה בגזרה הדרומית (7.10.23), הוחלט כי לאחר סיום חקירות גורמי הביטחון, יועברו מחבלי הנוח'בה לידי שירות בתי הסוהר. מצבת האסירים בשב"ס נכון להיום (חמישי) עומדת על 18,862 אסירים ועצורים פליליים וביטחוניים. מאז תחילת המלחמה נקלטו בשב"ס 2,601 כלואים ביטחוניים. בנוסף, הודיעו בשב"ס כי מראשית הלחימה אותרו כ-170 טלפונים מוסלקים וכ- 150 אמצעי אמל"ח קר. הציוד הוחרם והאסירים נענשו בדין משמעתי ופלילי.
בהתאם להחלטת נציבת בתי הסוהר, נקבעו תנאי כליאתם של מחבלי הנוח'בה ובכלל זה סדרי אבטחה מחמירים - הם יוחזקו באגפים נפרדים בתנאים מבודדים. בשל מסוכנותם, ועל מנת לשמור על הסדרי הביטחון במתקני הכליאה ולמנוע פח"ע, הם יאזקו בהתאם לצרכים המבצעיים. בנוסף, מאז תחילת המלחמה צומצמו תנאי מחיית כל האסירים הביטחוניים. לדוגמה, בתי הסוהר הביטחוניים נמצאים במצב "מנעול" (סגורים בתאים), הפסיקו את זרימת החשמל בשקעים בתאי הביטחוניים, הביקורים בוטלו ומנעו את אפשרות הגישה לקנייה בקנטינה.
כליאת כמות גדולה של מחבלים מסוכנים כמו הנוח'בה הוא אירוע אליו השב"ס מתכונן בתשומת לב מקסימלית. נציבת שב"ס קטי פרי אמרה על ההכנה שלהם למבצע: "אנחנו לומדים את היכולות שלהם. ראינו את המתקפה הרצחנית ב-7 לאוקטובר", סיפרה. "אנחנו לומדים עליהם ומתאימים את התנאים לקליטה שלהם. מדובר במחבלים קיצוניים ביותר, אלימים ובלתי צפויים שיש להם התמחויות, אם זה לפעול באוויר, בים וביבשה. למדנו את זה כדי לדעת מי עומד לפנינו, מעבר למה שכל מדינת ישראל נחשפה". בכל תא כלואים בין 4 ל-8 מחבלים מהנוחבה, כשתוגברה אבטחה סביב בתי הכלא בצפון ובדרום, ברקע ההסלמה הביטחונית וירי הטילים זאת לצד כלא הביטחוני עופר ליד ירושלים.
על האופן שבו יראה שב"ס ביום שאחרי אומרת הנציבה פרי כי "מה שהיה הוא לא מה שיהיה אנחנו נוביל למדיניות שונה, אחרת, מצמצמת כלפי האסירים הביטחוניים. אני מקיימת לא מעט דיונים וסיעור מוחות גם עם גורמים חיצוניים וגם מול סגל הפיקוד בנושא תנאי כליאת האסירים הביטחוניים. נדרש ויש מה לשנות. נציג את המסקנות מול משרד המשפטים והביטחון לאומי, מול המל"ל והדרג המדיני".