הפקודות הראשונות לביצוע הטבח בעוטף עזה הגיעו לפני השעה 4:00 לפנות בוקר בעזה - בדיוק היום לפני חודש. העיתון הבריטי "גרדיאן" פרסם היום (שלישי) כתבה נרחבת על ההכנות למתקפה הקטלנית הענקית של חמאס, שבה נחשף כי כל מי שתכנן להגיע לשטחי האימון ולא למסגדים, קיבל הוראה להגיע להתפלל במסגדים. שעה לאחר מכן, כשהשמש אט-אט עלתה - הגיעו פקודות נוספות למחבלי חמאס שהועברו מפה לאוזן: להביא את כל כלי הנשק והתחמושת שבידיכם לנקודות שהוכתבו להם.
אלא שגם באותה נקודת זמן לא אמרו למחבלים מה הולך לקרות בדיוק והכול נשמר בסוד. לפי הדיווח, המבוסס על גורמי ביטחון ישראלים, ההוראות הועברו תחילה רק למפקדי הגדודים, לאחר מכן למפקדי המחלקות שתחת פיקוד כל אחד מהם 20-30 איש ומהר מאוד השמועה הופצה לכל עבר - חברים, שכנים ובני משפחה שהצטרפו למחבלי חמאס בפריצה לישראל. רק כשאלפי המחבלים הגיעו לנקודות הכינוס, הם קיבלו תחמושת נוספת - רימונים, מקלעים כבדים, רובי צלפים וחומרי נפץ.
בשעה שש בבוקר השמש זרחה והפקודות האחרונות נמסרו למחבלים ואלו הגיעו לנקודות בגדר המערכת שנפרצו עבורם. בנוסף לאזרחים רבים שהחליטו להצטרף למחבלי חמאס, גם מחבלי הג'יהאד האיסלמי הצטרפו למתקפה מבלי שהיו מעודכנים עליה מראש.
כל חוליית מחבלים קיבלה משימה נפרדת ויעד שעליה להשתלט: בסיס צבאי, קיבוץ או כביש. לרבות מהחוליות היו מפות ומידע מודיעיני שנאסף בחודשים שלפני הטבח על ידי פלסטינים שעבדו בישראל. לפי הערכות, מסיבת הטבע ברעים שבה נרצחו 260 צעירים לא הייתה בין המטרות המתוכננות באותה שבת.
החוליות קיבלו שלוש משימות עיקריות: קבוצה ראשונה נדרשה להכריע את בסיסי הצבא בגבול עם עזה או לתקוף אזרחים בבתיהם. מחבלים שנתפסו ונחקרו בארץ אישרו שקיבלו הנחייה "לרצוח כל מי שראינו". המשימה השנייה שקיבלו חוליות אחרות הייתה לארוב בצירים ובכבישים ולהילחם בצבא שמגיע לאזור. המשימה השלישית הייתה לחטוף כמה שיותר אנשים ולהביא אותם אל גדר המערכת הפרוצה, שם המתינו להם יחידות מיוחדות שהעבירו את בני הערובה למנהרות מתחת לעזה.
לפי הדיווח בעיתון, המבוסס כאמור על גורמי ביטחון ישראלים, ההנהגה המדינית של חמאס בחו"ל לא עודכנה בפרטי המבצע אם כי ייתכן שהיו מודעים לכך שמתוכנן דבר-מה. גורמים בחמאס סיפרו כי תכנון המתקפה החל לפני כשנתיים.